266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4619 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4619  4-oxalocrotonate decarboxylase  100 
 
 
263 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3543  4-oxalocrotonate decarboxylase  100 
 
 
263 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0271382  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5692  4-oxalocrotonate decarboxylase  92.78 
 
 
263 aa  479  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3342  4-oxalocrotonate decarboxylase  87.4 
 
 
262 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2272  4-oxalocrotonate decarboxylase  82.44 
 
 
268 aa  427  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866391  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2784  4-oxalocrotonate decarboxylase  80.08 
 
 
262 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965988  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08680  4-oxalocrotonate decarboxylase.XylI  68.7 
 
 
262 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1318  hydratase/decarboxylase  67.56 
 
 
262 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288999  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  66.67 
 
 
262 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3781  hydratase/decarboxylase  66.28 
 
 
262 aa  360  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0303669  decreased coverage  0.000202677 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2773  hydratase/decarboxylase  67.56 
 
 
262 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000493793  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2958  4-oxalocrotonate decarboxylase  64.89 
 
 
262 aa  354  6.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3090  4-oxalocrotonate decarboxylase  67.18 
 
 
262 aa  353  2e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30600  4-oxalocrotonate decarboxylase; LapH  59.39 
 
 
267 aa  311  6.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000150281  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3324  4-oxalocrotonate decarboxylase  55.34 
 
 
264 aa  293  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  46.43 
 
 
261 aa  228  6e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2158  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.77 
 
 
262 aa  211  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.04 
 
 
257 aa  205  7e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.3 
 
 
269 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00468493  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0537  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.49 
 
 
260 aa  194  9e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  37.69 
 
 
260 aa  185  8e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  38.08 
 
 
260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  40.32 
 
 
267 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0534  2-oxopent-4-enoate hydratase  44.07 
 
 
267 aa  182  7e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  41.02 
 
 
264 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  36.54 
 
 
260 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.23 
 
 
261 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  38.31 
 
 
262 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.61 
 
 
261 aa  177  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4208  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.39 
 
 
261 aa  176  5e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3524  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  37.45 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4144  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.93 
 
 
260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.246439 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.58 
 
 
260 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1618  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.74 
 
 
259 aa  171  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3612  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.91 
 
 
261 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  39.92 
 
 
260 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  39.92 
 
 
260 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0222  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.6 
 
 
262 aa  169  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.54 
 
 
261 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1189  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (BphH)  39.62 
 
 
264 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  39.46 
 
 
259 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  37.11 
 
 
260 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.66 
 
 
261 aa  165  9e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01662  putative hydratase protein  37.34 
 
 
265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103932  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  38.91 
 
 
261 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30610  2-Hydroxypent-2,4-dienoate hydratase; LapE  36.68 
 
 
265 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000960153  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3325  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.68 
 
 
266 aa  163  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0965  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  37.22 
 
 
267 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  35.5 
 
 
262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10590  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  36.84 
 
 
267 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3178  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.23 
 
 
267 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128545  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2155  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase, putative  41.18 
 
 
255 aa  161  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4313  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.19 
 
 
268 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1150  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.37 
 
 
254 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454229  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4445  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.34 
 
 
267 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.549639  normal  0.132657 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04192  hypothetical protein  33.83 
 
 
273 aa  158  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2460  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.63 
 
 
260 aa  158  7e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.768834  normal  0.296337 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04226  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  33.83 
 
 
267 aa  158  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3706  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.83 
 
 
267 aa  158  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.29388 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4580  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.83 
 
 
267 aa  158  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1787  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.09 
 
 
267 aa  158  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.995557  normal  0.779131 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4271  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.7 
 
 
268 aa  157  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.623769  normal  0.550033 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  35.91 
 
 
261 aa  157  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2961  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.22 
 
 
260 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.665549  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1200  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.83 
 
 
267 aa  155  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.775184  normal  0.780949 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1215  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.83 
 
 
267 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.033694  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1169  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.83 
 
 
267 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135295  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1180  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.83 
 
 
267 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.850117  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4279  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.21 
 
 
268 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00917502  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  34.87 
 
 
264 aa  155  6e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20020  2-oxohept-3-enedioate hydratase  32.05 
 
 
261 aa  155  7e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1158  2-keto-4-pentenoate hydratase  32.71 
 
 
267 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1730  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.85 
 
 
267 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4661  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.29 
 
 
261 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.930854  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.01 
 
 
263 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4749  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.29 
 
 
261 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0856703  normal  0.088822 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.78 
 
 
268 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5044  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.68 
 
 
261 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.11 
 
 
264 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1064  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.83 
 
 
267 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5829  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.34 
 
 
267 aa  153  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193631  normal  0.310568 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0943  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.85 
 
 
267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1708  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.83 
 
 
268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.899066  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1061  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  32.33 
 
 
267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.88697  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1135  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioate hydratase  35.85 
 
 
267 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5928  hydratase/decarboxylase  34.36 
 
 
268 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.85 
 
 
267 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0105  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.85 
 
 
267 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.274919  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1508  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.85 
 
 
267 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.576593  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1028  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.85 
 
 
267 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3851  hydratase/decarboxylase  39.02 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0976371  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3088  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.21 
 
 
266 aa  152  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.325663  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5210  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.18 
 
 
254 aa  151  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.39218  normal  0.210604 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  39.82 
 
 
265 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0630  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.59 
 
 
267 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.337949  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2875  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.72 
 
 
268 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0367853 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1627  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.21 
 
 
267 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.72873 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1480  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.11 
 
 
254 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1520  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.76 
 
 
261 aa  150  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4209  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.59 
 
 
264 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>