267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3342 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3342  4-oxalocrotonate decarboxylase  100 
 
 
262 aa  533  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2272  4-oxalocrotonate decarboxylase  87.02 
 
 
268 aa  454  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866391  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4619  4-oxalocrotonate decarboxylase  87.4 
 
 
263 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3543  4-oxalocrotonate decarboxylase  87.4 
 
 
263 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0271382  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5692  4-oxalocrotonate decarboxylase  86.64 
 
 
263 aa  448  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2784  4-oxalocrotonate decarboxylase  83.52 
 
 
262 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965988  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3781  hydratase/decarboxylase  71.26 
 
 
262 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0303669  decreased coverage  0.000202677 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08680  4-oxalocrotonate decarboxylase.XylI  70.61 
 
 
262 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1318  hydratase/decarboxylase  69.85 
 
 
262 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288999  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3090  4-oxalocrotonate decarboxylase  71.76 
 
 
262 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2773  hydratase/decarboxylase  69.47 
 
 
262 aa  363  2e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000493793  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2958  4-oxalocrotonate decarboxylase  66.79 
 
 
262 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  66.67 
 
 
262 aa  358  7e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30600  4-oxalocrotonate decarboxylase; LapH  60.15 
 
 
267 aa  316  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000150281  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3324  4-oxalocrotonate decarboxylase  57.63 
 
 
264 aa  300  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  47.67 
 
 
261 aa  241  6e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2158  4-oxalocrotonate decarboxylase  43.08 
 
 
262 aa  211  1e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0537  4-oxalocrotonate decarboxylase  45.67 
 
 
260 aa  202  6e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  46.58 
 
 
269 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00468493  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  44.58 
 
 
257 aa  199  3e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  41.5 
 
 
267 aa  193  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  41.73 
 
 
264 aa  183  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  39.08 
 
 
262 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4208  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.96 
 
 
261 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0534  2-oxopent-4-enoate hydratase  41.54 
 
 
267 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  38.08 
 
 
260 aa  177  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  39.6 
 
 
259 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  36.92 
 
 
260 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4144  4-oxalocrotonate decarboxylase  43.31 
 
 
260 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.246439 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  40.84 
 
 
261 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1189  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (BphH)  42.52 
 
 
264 aa  175  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  36.54 
 
 
260 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.38 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01662  putative hydratase protein  39.66 
 
 
265 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103932  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  41.18 
 
 
260 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  41.18 
 
 
260 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1618  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.08 
 
 
259 aa  172  6.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.43 
 
 
260 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.52 
 
 
260 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.08 
 
 
261 aa  169  5e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3524  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  37.45 
 
 
261 aa  169  6e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0222  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.98 
 
 
262 aa  168  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3612  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  37.07 
 
 
261 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.55 
 
 
261 aa  166  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4313  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.67 
 
 
268 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  38.91 
 
 
261 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1469  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.29 
 
 
257 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1061  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.34 
 
 
267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.88697  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1158  2-keto-4-pentenoate hydratase  35.34 
 
 
267 aa  163  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  37.02 
 
 
262 aa  163  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4271  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  38.2 
 
 
268 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.623769  normal  0.550033 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1787  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  37.36 
 
 
267 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.995557  normal  0.779131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4279  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.7 
 
 
268 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00917502  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4445  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.47 
 
 
267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.549639  normal  0.132657 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3178  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.98 
 
 
267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.128545  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.37 
 
 
263 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1708  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.33 
 
 
268 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.899066  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3851  hydratase/decarboxylase  40.24 
 
 
256 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0976371  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2155  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase, putative  39.22 
 
 
255 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2460  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.47 
 
 
260 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.768834  normal  0.296337 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.55 
 
 
264 aa  159  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1730  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.98 
 
 
267 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0943  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.98 
 
 
267 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1135  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioate hydratase  36.98 
 
 
267 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.98 
 
 
267 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1028  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.98 
 
 
267 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0105  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.98 
 
 
267 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.274919  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1150  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.8 
 
 
254 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454229  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0911  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.68 
 
 
277 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.625128 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1508  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.98 
 
 
267 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.576593  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  38.58 
 
 
265 aa  158  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04226  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  34.5 
 
 
267 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30610  2-Hydroxypent-2,4-dienoate hydratase; LapE  37.07 
 
 
265 aa  157  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000960153  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04192  hypothetical protein  34.5 
 
 
273 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4580  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.5 
 
 
267 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3706  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.5 
 
 
267 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.29388 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7643  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.92 
 
 
257 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.905012 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1480  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.43 
 
 
254 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3589  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  36.33 
 
 
268 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal  0.773607 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5829  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.71 
 
 
267 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193631  normal  0.310568 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3325  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.45 
 
 
266 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5210  4-oxalocrotonate decarboxylase  41.07 
 
 
254 aa  156  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.39218  normal  0.210604 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3512  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.14 
 
 
269 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7646  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.4 
 
 
274 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.573554 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1477  4-oxalocrotonate decarboxylase  39.19 
 
 
264 aa  155  4e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1200  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.46 
 
 
267 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.775184  normal  0.780949 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1169  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.46 
 
 
267 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135295  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1215  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.46 
 
 
267 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.033694  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1180  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.46 
 
 
267 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.850117  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0965  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  36.78 
 
 
267 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3088  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  34.75 
 
 
266 aa  154  9e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.325663  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10590  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  36.78 
 
 
267 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2961  4-oxalocrotonate decarboxylase  38.61 
 
 
260 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.665549  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  34.87 
 
 
264 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0912  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.95 
 
 
259 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.704461  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0630  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  35.34 
 
 
267 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.337949  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1064  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  33.46 
 
 
267 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2125  4-oxalocrotonate decarboxylase  37.65 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.740862  normal  0.868744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2033  putative 2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase(HpaH)  34.59 
 
 
267 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25595  normal  0.0822961 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  35.97 
 
 
261 aa  152  8e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>