More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0995 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02138  fused predicted multidrug transport subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  69.84 
 
 		 547 aa  771    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1447  cyclic peptide transporter  69.84 
 
 		 547 aa  771    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.638888  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3315  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  94.16 
 
 		 548 aa  1020    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2510  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.84 
 
 		 547 aa  771    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2360  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.29 
 
 		 547 aa  768    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0729  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.65 
 
 		 547 aa  769    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.723573  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2399  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.65 
 
 		 547 aa  769    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2489  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.65 
 
 		 547 aa  770    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1039  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  70.05 
 
 		 557 aa  788    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0995  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  100 
 
 		 548 aa  1107    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3349  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.65 
 
 		 547 aa  770    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.271374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2350  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.84 
 
 		 547 aa  771    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2791  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.29 
 
 		 547 aa  774    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.46753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2925  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  71.72 
 
 		 553 aa  798    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3852  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  71.64 
 
 		 550 aa  772    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.604854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2503  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.65 
 
 		 547 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.45068  hitchhiker  0.000119936 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2606  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.65 
 
 		 547 aa  769    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.421304  normal  0.757942 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02097  hypothetical protein  69.84 
 
 		 547 aa  771    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1439  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.84 
 
 		 547 aa  771    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.216906 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2447  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  69.65 
 
 		 547 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2872  cyclic peptide transporter  53.71 
 
 		 558 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.27305 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1501  cyclic peptide transporter  50.36 
 
 		 557 aa  558  1e-157  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1007  cyclic peptide transporter  44.55 
 
 		 551 aa  470  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1530  ABC transporter ATP-binding protein YojI  40 
 
 		 546 aa  437  1e-121  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1938  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  37.8 
 
 		 543 aa  437  1e-121  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1758  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  37.61 
 
 		 543 aa  437  1e-121  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1575  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  37.43 
 
 		 543 aa  435  1e-120  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1528  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  38.83 
 
 		 542 aa  426  1e-118  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1655  ABC transporter ATP-binding protein YojI  38.32 
 
 		 544 aa  405  1e-111  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1757  ABC transporter ATP-binding protein YojI  37.55 
 
 		 514 aa  343  4e-93  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1307  cyclic peptide transporter  37.1 
 
 		 560 aa  332  1e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1850  cyclic peptide transporter  36.28 
 
 		 552 aa  318  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4216  cyclic peptide transporter  35.83 
 
 		 552 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33690  pyoverdine biosynthesis protein PvdE  36.99 
 
 		 549 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00697095  hitchhiker  0.00612682 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5068  cyclic peptide transporter  36.9 
 
 		 546 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0505  cyclic peptide transporter  35.9 
 
 		 548 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3540  cyclic peptide transporter  34.9 
 
 		 551 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.495743  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2788  cyclic peptide transporter  35.16 
 
 		 581 aa  305  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.441384  normal  0.126304 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1091  pyoverdine ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.01 
 
 		 564 aa  300  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2862  pyoverdine biosynthesis protein PvdE  32.95 
 
 		 550 aa  297  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.519418  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1681  cyclic peptide transporter  34.4 
 
 		 562 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1963  cyclic peptide transporter  33.46 
 
 		 558 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.787784  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1928  ABC cyclic peptide efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  35.61 
 
 		 564 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00990563  normal  0.428537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4089  cyclic peptide transporter  34.21 
 
 		 550 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0319097  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2153  pyoverdine ABC transporter, ATP-binding/permease protein  32.84 
 
 		 554 aa  286  7e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105223  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1557  cyclic peptide transporter  34.39 
 
 		 581 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.931443  normal  0.535209 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4785  ABC cyclic peptide/siderophore export pump, fused ATPase and inner membrane subunits  33.94 
 
 		 581 aa  280  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.257895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1536  cyclic peptide transporter  34.21 
 
 		 581 aa  280  5e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345189  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3313  cyclic peptide transporter  37.33 
 
 		 558 aa  279  7e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473343  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4040  cyclic peptide transporter  34.57 
 
 		 597 aa  280  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26810  pyoverdine synthetase E, pdvE  32.39 
 
 		 553 aa  278  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4071  cyclic peptide transporter  30.82 
 
 		 588 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.324358 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1614  cyclic peptide transporter  34.89 
 
 		 607 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170963  normal  0.0520134 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0524  ABC cyclic peptide efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  31.15 
 
 		 562 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1599  cyclic peptide transporter  33.33 
 
 		 581 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181378  hitchhiker  0.00126952 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1159  cyclic peptide transporter  34.89 
 
 		 607 aa  274  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.216015  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1639  cyclic peptide transporter  34.89 
 
 		 607 aa  274  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0715869  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3437  cyclic peptide transporter  36 
 
 		 556 aa  274  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4746  cyclic peptide transporter  33.74 
 
 		 571 aa  273  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235902 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1823  cyclic peptide transporter  30.89 
 
 		 555 aa  271  2e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774131  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3118  cyclic peptide transporter  35.41 
 
 		 556 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.150881  normal  0.779975 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2613  cyclic peptide transporter  32.73 
 
 		 566 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104435  normal  0.36301 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2419  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.54 
 
 		 562 aa  269  1e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.232259  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3724  cyclic peptide transporter  34.16 
 
 		 564 aa  268  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1183  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.54 
 
 		 562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141269  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2085  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.54 
 
 		 562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130982  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0289  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.54 
 
 		 562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.243685  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0872  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.54 
 
 		 562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0361195  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1926  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein MbaE  32.54 
 
 		 562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0312938  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1626  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  32.54 
 
 		 562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.667512  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3736  cyclic peptide transporter  33.94 
 
 		 563 aa  267  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1940  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein MbaE  32.35 
 
 		 562 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0387498  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1531  cyclic peptide transporter  33.33 
 
 		 554 aa  263  8e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229527  normal  0.420973 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2571  cyclic peptide transporter  31.12 
 
 		 552 aa  260  4e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0512743  normal  0.0935023 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6469  cyclic peptide transporter  31.8 
 
 		 567 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2327  cyclic peptide transporter  31.6 
 
 		 579 aa  253  6e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0354402  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3060  cyclic peptide transporter  29.74 
 
 		 576 aa  248  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.640427  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1497  cyclic peptide transporter  32.65 
 
 		 557 aa  247  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.353256  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1675  cyclic peptide transporter  29.5 
 
 		 551 aa  247  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1783  cyclic peptide transporter  29.96 
 
 		 1055 aa  242  1e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2333  cyclic peptide transporter  30.17 
 
 		 650 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03729  ABC transporter ATP-binding protein  33.61 
 
 		 555 aa  232  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.525568  normal  0.456711 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1956  cyclic peptide transporter  30.43 
 
 		 544 aa  228  2e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.154959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2389  cyclic peptide transporter  29.81 
 
 		 1032 aa  220  3.9999999999999997e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2101  cyclic peptide transporter  28.66 
 
 		 541 aa  218  2e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3420  cyclic peptide transporter  26.19 
 
 		 554 aa  211  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00388229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3708  putative ABC transporter ATP-binding protein  32.24 
 
 		 557 aa  208  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.835875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5194  ABC transporter related  24.87 
 
 		 549 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202589  normal  0.0685542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2036  ABC transporter related  25.38 
 
 		 544 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.221493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  24.68 
 
 		 597 aa  102  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25.68 
 
 		 605 aa  102  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1245  ABC transporter related  24.14 
 
 		 594 aa  100  7e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00497584  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3416  ABC transporter-related protein  23.25 
 
 		 602 aa  99.4  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6542  ABC transporter related  31.6 
 
 		 362 aa  96.7  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0867904 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00588  lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA  24.8 
 
 		 569 aa  96.3  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.232531  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2201  ABC transporter related  25.85 
 
 		 618 aa  96.3  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0878043  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0157  ABC transporter related protein  34.33 
 
 		 675 aa  96.7  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1246  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  24.12 
 
 		 606 aa  95.9  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2703  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  31.84 
 
 		 359 aa  94.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.76714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6329  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  31.65 
 
 		 386 aa  94.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>