More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5194 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5194  ABC transporter related  100 
 
 
549 aa  1122    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202589  normal  0.0685542 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3420  cyclic peptide transporter  38.99 
 
 
554 aa  429  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00388229  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2101  cyclic peptide transporter  31.17 
 
 
541 aa  300  5e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1956  cyclic peptide transporter  29.67 
 
 
544 aa  240  4e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.154959  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2389  cyclic peptide transporter  29.12 
 
 
1032 aa  226  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1783  cyclic peptide transporter  26.65 
 
 
1055 aa  225  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1307  cyclic peptide transporter  29.02 
 
 
560 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3540  cyclic peptide transporter  27.53 
 
 
551 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.495743  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5068  cyclic peptide transporter  25.23 
 
 
546 aa  216  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2571  cyclic peptide transporter  26.64 
 
 
552 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0512743  normal  0.0935023 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26810  pyoverdine synthetase E, pdvE  28.83 
 
 
553 aa  213  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1681  cyclic peptide transporter  28.01 
 
 
562 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2333  cyclic peptide transporter  26.32 
 
 
650 aa  211  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33690  pyoverdine biosynthesis protein PvdE  26.82 
 
 
549 aa  208  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00697095  hitchhiker  0.00612682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1850  cyclic peptide transporter  28.12 
 
 
552 aa  206  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3313  cyclic peptide transporter  29.53 
 
 
558 aa  206  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473343  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1039  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  26.02 
 
 
557 aa  203  6e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4089  cyclic peptide transporter  26.74 
 
 
550 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0319097  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2872  cyclic peptide transporter  30.98 
 
 
558 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.27305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4216  cyclic peptide transporter  27 
 
 
552 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0505  cyclic peptide transporter  26.29 
 
 
548 aa  198  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2613  cyclic peptide transporter  26.58 
 
 
566 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104435  normal  0.36301 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1823  cyclic peptide transporter  27.69 
 
 
555 aa  197  5.000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774131  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1599  cyclic peptide transporter  27.18 
 
 
581 aa  194  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181378  hitchhiker  0.00126952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3437  cyclic peptide transporter  29.58 
 
 
556 aa  194  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1501  cyclic peptide transporter  25.28 
 
 
557 aa  194  5e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1557  cyclic peptide transporter  27.79 
 
 
581 aa  194  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.931443  normal  0.535209 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2862  pyoverdine biosynthesis protein PvdE  26.06 
 
 
550 aa  193  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.519418  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1536  cyclic peptide transporter  27.59 
 
 
581 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345189  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1928  ABC cyclic peptide efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  26.45 
 
 
564 aa  192  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00990563  normal  0.428537 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1159  cyclic peptide transporter  26.98 
 
 
607 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.216015  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6469  cyclic peptide transporter  27.61 
 
 
567 aa  192  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1639  cyclic peptide transporter  26.98 
 
 
607 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0715869  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4785  ABC cyclic peptide/siderophore export pump, fused ATPase and inner membrane subunits  26.98 
 
 
581 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.257895  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4071  cyclic peptide transporter  27.94 
 
 
588 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.324358 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1614  cyclic peptide transporter  26.98 
 
 
607 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170963  normal  0.0520134 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2419  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  27.95 
 
 
562 aa  190  7e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.232259  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0524  ABC cyclic peptide efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  27.02 
 
 
562 aa  189  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1091  pyoverdine ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.46 
 
 
564 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3118  cyclic peptide transporter  29.23 
 
 
556 aa  189  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.150881  normal  0.779975 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1528  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  29.68 
 
 
542 aa  187  3e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2788  cyclic peptide transporter  27.14 
 
 
581 aa  188  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.441384  normal  0.126304 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1575  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  27.16 
 
 
543 aa  187  5e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3708  putative ABC transporter ATP-binding protein  27.54 
 
 
557 aa  187  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.835875  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1758  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  26.97 
 
 
543 aa  186  9e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03729  ABC transporter ATP-binding protein  25.1 
 
 
555 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.525568  normal  0.456711 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1926  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein MbaE  27.76 
 
 
562 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0312938  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1183  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  27.76 
 
 
562 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141269  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2085  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  27.76 
 
 
562 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130982  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1938  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  27.16 
 
 
543 aa  186  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0872  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  27.76 
 
 
562 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0361195  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1626  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  27.76 
 
 
562 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.667512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0289  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  27.76 
 
 
562 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.243685  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1940  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein MbaE  27.02 
 
 
562 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0387498  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2153  pyoverdine ABC transporter, ATP-binding/permease protein  27.53 
 
 
554 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105223  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1963  cyclic peptide transporter  27.55 
 
 
558 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.787784  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3315  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  24.69 
 
 
548 aa  179  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1007  cyclic peptide transporter  27.51 
 
 
551 aa  179  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1531  cyclic peptide transporter  27.66 
 
 
554 aa  174  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229527  normal  0.420973 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4040  cyclic peptide transporter  28.14 
 
 
597 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3724  cyclic peptide transporter  25.66 
 
 
564 aa  172  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1530  ABC transporter ATP-binding protein YojI  25 
 
 
546 aa  171  2e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3349  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.26 
 
 
547 aa  172  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.271374  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4746  cyclic peptide transporter  27.19 
 
 
571 aa  171  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235902 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1439  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.05 
 
 
547 aa  171  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.216906 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2510  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.05 
 
 
547 aa  171  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121773  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02138  fused predicted multidrug transport subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  25.05 
 
 
547 aa  171  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1447  cyclic peptide transporter  25.05 
 
 
547 aa  171  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.638888  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02097  hypothetical protein  25.05 
 
 
547 aa  171  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0995  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.2 
 
 
548 aa  171  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2350  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.05 
 
 
547 aa  171  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0729  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.05 
 
 
547 aa  171  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.723573  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2360  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.05 
 
 
547 aa  170  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1675  cyclic peptide transporter  34.13 
 
 
551 aa  170  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2489  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.56 
 
 
547 aa  169  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2399  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.56 
 
 
547 aa  169  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2606  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.56 
 
 
547 aa  169  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.421304  normal  0.757942 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2925  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  24.47 
 
 
553 aa  169  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3736  cyclic peptide transporter  28.29 
 
 
563 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1655  ABC transporter ATP-binding protein YojI  25.75 
 
 
544 aa  168  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2447  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.36 
 
 
547 aa  168  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2791  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  24.24 
 
 
547 aa  167  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.46753  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3060  cyclic peptide transporter  26.41 
 
 
576 aa  167  5e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2503  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.36 
 
 
547 aa  167  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.45068  hitchhiker  0.000119936 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2327  cyclic peptide transporter  24.38 
 
 
579 aa  166  8e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0354402  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3852  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  25.09 
 
 
550 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.604854  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1497  cyclic peptide transporter  26.37 
 
 
557 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.353256  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1757  ABC transporter ATP-binding protein YojI  26.65 
 
 
514 aa  150  5e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.78 
 
 
574 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.78 
 
 
574 aa  127  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  23.45 
 
 
592 aa  127  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  24.27 
 
 
587 aa  117  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  23.17 
 
 
594 aa  117  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0971  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  24.9 
 
 
594 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2533  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  23.67 
 
 
590 aa  113  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.611222  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1207  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  23.91 
 
 
574 aa  113  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1912  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  23.91 
 
 
574 aa  113  9e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0734969  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0328  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  23.91 
 
 
575 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  24.69 
 
 
597 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0985  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  23.53 
 
 
596 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.426098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>