More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3736 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3736  cyclic peptide transporter  100 
 
 
563 aa  1135    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4746  cyclic peptide transporter  75.98 
 
 
571 aa  770    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235902 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3724  cyclic peptide transporter  76.13 
 
 
564 aa  834    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3540  cyclic peptide transporter  53.9 
 
 
551 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.495743  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1850  cyclic peptide transporter  54.81 
 
 
552 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4216  cyclic peptide transporter  52.36 
 
 
552 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33690  pyoverdine biosynthesis protein PvdE  52.64 
 
 
549 aa  590  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00697095  hitchhiker  0.00612682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4089  cyclic peptide transporter  54.46 
 
 
550 aa  588  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0319097  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1681  cyclic peptide transporter  52.74 
 
 
562 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2862  pyoverdine biosynthesis protein PvdE  52.62 
 
 
550 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.519418  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2153  pyoverdine ABC transporter, ATP-binding/permease protein  52.42 
 
 
554 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105223  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1091  pyoverdine ABC transporter permease/ATP-binding protein  53.96 
 
 
564 aa  554  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1963  cyclic peptide transporter  50.36 
 
 
558 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.787784  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1928  ABC cyclic peptide efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  47.65 
 
 
564 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00990563  normal  0.428537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1531  cyclic peptide transporter  46.25 
 
 
554 aa  456  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229527  normal  0.420973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1497  cyclic peptide transporter  46.9 
 
 
557 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.353256  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3313  cyclic peptide transporter  44.03 
 
 
558 aa  409  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473343  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3118  cyclic peptide transporter  42.96 
 
 
556 aa  392  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.150881  normal  0.779975 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3437  cyclic peptide transporter  43.49 
 
 
556 aa  393  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5068  cyclic peptide transporter  36.7 
 
 
546 aa  351  2e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1823  cyclic peptide transporter  36.35 
 
 
555 aa  344  2.9999999999999997e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774131  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1307  cyclic peptide transporter  40.26 
 
 
560 aa  340  5e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2419  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  40.04 
 
 
562 aa  335  9e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.232259  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1599  cyclic peptide transporter  38.15 
 
 
581 aa  332  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181378  hitchhiker  0.00126952 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26810  pyoverdine synthetase E, pdvE  36.71 
 
 
553 aa  330  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0505  cyclic peptide transporter  37.5 
 
 
548 aa  330  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1940  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein MbaE  39.66 
 
 
562 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0387498  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1183  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  39.66 
 
 
562 aa  330  6e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141269  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2085  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  39.66 
 
 
562 aa  330  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130982  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0872  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  39.66 
 
 
562 aa  330  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0361195  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0289  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  39.66 
 
 
562 aa  330  6e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.243685  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1926  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein MbaE  39.66 
 
 
562 aa  330  6e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0312938  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1626  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  39.66 
 
 
562 aa  330  6e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.667512  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1159  cyclic peptide transporter  38.74 
 
 
607 aa  329  7e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.216015  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1639  cyclic peptide transporter  38.74 
 
 
607 aa  329  7e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0715869  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0524  ABC cyclic peptide efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  39.05 
 
 
562 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1614  cyclic peptide transporter  38.74 
 
 
607 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170963  normal  0.0520134 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4071  cyclic peptide transporter  38.74 
 
 
588 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.324358 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4785  ABC cyclic peptide/siderophore export pump, fused ATPase and inner membrane subunits  37.94 
 
 
581 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.257895  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1557  cyclic peptide transporter  38.09 
 
 
581 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.931443  normal  0.535209 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1536  cyclic peptide transporter  37.94 
 
 
581 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345189  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2788  cyclic peptide transporter  40.49 
 
 
581 aa  318  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.441384  normal  0.126304 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2613  cyclic peptide transporter  33.93 
 
 
566 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104435  normal  0.36301 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4040  cyclic peptide transporter  38.39 
 
 
597 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6469  cyclic peptide transporter  33.09 
 
 
567 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1039  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  36.01 
 
 
557 aa  290  6e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2571  cyclic peptide transporter  34.16 
 
 
552 aa  285  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0512743  normal  0.0935023 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1783  cyclic peptide transporter  31.38 
 
 
1055 aa  282  1e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1007  cyclic peptide transporter  32.36 
 
 
551 aa  275  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2389  cyclic peptide transporter  31.79 
 
 
1032 aa  271  2.9999999999999997e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1501  cyclic peptide transporter  31.56 
 
 
557 aa  264  4e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3315  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  33.82 
 
 
548 aa  263  4.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2925  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  34.24 
 
 
553 aa  263  6e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0995  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  34.46 
 
 
548 aa  263  8e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64415  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2327  cyclic peptide transporter  34.06 
 
 
579 aa  261  2e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0354402  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3708  putative ABC transporter ATP-binding protein  32.85 
 
 
557 aa  258  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.835875  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2791  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  33.02 
 
 
547 aa  258  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.46753  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2872  cyclic peptide transporter  35.19 
 
 
558 aa  258  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.27305 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2333  cyclic peptide transporter  33.03 
 
 
650 aa  256  6e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3852  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  33.88 
 
 
550 aa  256  7e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.604854  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2510  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.47 
 
 
547 aa  253  9.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121773  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1439  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.47 
 
 
547 aa  253  9.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.216906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02138  fused predicted multidrug transport subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  32.47 
 
 
547 aa  252  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1447  cyclic peptide transporter  32.47 
 
 
547 aa  252  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.638888  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2350  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.47 
 
 
547 aa  252  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3349  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.47 
 
 
547 aa  252  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.271374  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02097  hypothetical protein  32.47 
 
 
547 aa  252  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0729  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.47 
 
 
547 aa  252  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.723573  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2360  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.47 
 
 
547 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1675  cyclic peptide transporter  30.58 
 
 
551 aa  249  9e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1758  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.39 
 
 
543 aa  249  1e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1938  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.6 
 
 
543 aa  248  1e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2503  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.4 
 
 
547 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.45068  hitchhiker  0.000119936 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1575  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.39 
 
 
543 aa  248  3e-64  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2447  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.4 
 
 
547 aa  247  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2489  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.22 
 
 
547 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2399  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.22 
 
 
547 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3060  cyclic peptide transporter  29.82 
 
 
576 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2606  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  32.22 
 
 
547 aa  246  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.421304  normal  0.757942 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1956  cyclic peptide transporter  31.1 
 
 
544 aa  243  5e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.154959  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1528  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  29.6 
 
 
542 aa  236  1.0000000000000001e-60  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1655  ABC transporter ATP-binding protein YojI  28.7 
 
 
544 aa  229  1e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03729  ABC transporter ATP-binding protein  34.62 
 
 
555 aa  223  8e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.525568  normal  0.456711 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1530  ABC transporter ATP-binding protein YojI  31.04 
 
 
546 aa  220  3.9999999999999997e-56  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2101  cyclic peptide transporter  27.99 
 
 
541 aa  208  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3420  cyclic peptide transporter  25.93 
 
 
554 aa  204  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00388229  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1757  ABC transporter ATP-binding protein YojI  28.06 
 
 
514 aa  187  5e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5194  ABC transporter related  27.92 
 
 
549 aa  161  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202589  normal  0.0685542 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  24.73 
 
 
587 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  27.38 
 
 
589 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  26.33 
 
 
592 aa  114  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  26.69 
 
 
592 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25.54 
 
 
574 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25.54 
 
 
574 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1891  multidrug ABC transporter  24.5 
 
 
598 aa  110  6e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06161  putative multidrug efflux ABC transporter  24.1 
 
 
598 aa  110  7.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.898813  normal  0.601088 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6252  ABC transporter related  27.99 
 
 
1436 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1722  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  26.92 
 
 
594 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.031974 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2077  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.93 
 
 
597 aa  108  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0851764  normal  0.0377374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  25.65 
 
 
597 aa  106  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>