More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4216 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4216  cyclic peptide transporter  100 
 
 
552 aa  1125    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2862  pyoverdine biosynthesis protein PvdE  64.29 
 
 
550 aa  759    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.519418  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2153  pyoverdine ABC transporter, ATP-binding/permease protein  62.39 
 
 
554 aa  708    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105223  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1963  cyclic peptide transporter  62.27 
 
 
558 aa  709    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.787784  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1850  cyclic peptide transporter  73.81 
 
 
552 aa  842    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3540  cyclic peptide transporter  76.92 
 
 
551 aa  888    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.495743  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4089  cyclic peptide transporter  69.93 
 
 
550 aa  787    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0319097  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1681  cyclic peptide transporter  72.19 
 
 
562 aa  813    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33690  pyoverdine biosynthesis protein PvdE  69.95 
 
 
549 aa  818    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00697095  hitchhiker  0.00612682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1091  pyoverdine ABC transporter permease/ATP-binding protein  56.69 
 
 
564 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3724  cyclic peptide transporter  52.93 
 
 
564 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3736  cyclic peptide transporter  52.36 
 
 
563 aa  575  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4746  cyclic peptide transporter  54.46 
 
 
571 aa  557  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235902 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1928  ABC cyclic peptide efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  49.26 
 
 
564 aa  531  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00990563  normal  0.428537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1531  cyclic peptide transporter  48.98 
 
 
554 aa  511  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229527  normal  0.420973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3313  cyclic peptide transporter  47.84 
 
 
558 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473343  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1497  cyclic peptide transporter  47.35 
 
 
557 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.353256  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3437  cyclic peptide transporter  47.57 
 
 
556 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3118  cyclic peptide transporter  47.06 
 
 
556 aa  435  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.150881  normal  0.779975 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5068  cyclic peptide transporter  38.12 
 
 
546 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26810  pyoverdine synthetase E, pdvE  39.62 
 
 
553 aa  368  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0505  cyclic peptide transporter  37.5 
 
 
548 aa  352  8e-96  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1823  cyclic peptide transporter  37.06 
 
 
555 aa  345  1e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774131  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2419  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  36.38 
 
 
562 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.232259  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0524  ABC cyclic peptide efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  36.11 
 
 
562 aa  340  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1307  cyclic peptide transporter  37.26 
 
 
560 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1940  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein MbaE  36.03 
 
 
562 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0387498  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4071  cyclic peptide transporter  35.91 
 
 
588 aa  336  7e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.324358 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2788  cyclic peptide transporter  38 
 
 
581 aa  336  7.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.441384  normal  0.126304 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1626  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  35.85 
 
 
562 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.667512  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1614  cyclic peptide transporter  35.7 
 
 
607 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170963  normal  0.0520134 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0872  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  35.85 
 
 
562 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0361195  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1183  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  35.85 
 
 
562 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141269  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1926  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein MbaE  35.85 
 
 
562 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0312938  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2085  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  35.85 
 
 
562 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130982  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0289  cyclic peptide ABC transporter, ATP-binding protein  35.85 
 
 
562 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.243685  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1159  cyclic peptide transporter  35.6 
 
 
607 aa  333  6e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.216015  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1639  cyclic peptide transporter  35.6 
 
 
607 aa  333  6e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0715869  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4785  ABC cyclic peptide/siderophore export pump, fused ATPase and inner membrane subunits  34.89 
 
 
581 aa  332  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.257895  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2613  cyclic peptide transporter  34.01 
 
 
566 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.104435  normal  0.36301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1599  cyclic peptide transporter  35.13 
 
 
581 aa  330  6e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181378  hitchhiker  0.00126952 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1557  cyclic peptide transporter  34.35 
 
 
581 aa  327  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.931443  normal  0.535209 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1536  cyclic peptide transporter  34.17 
 
 
581 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345189  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4040  cyclic peptide transporter  35.26 
 
 
597 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3315  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  36.02 
 
 
548 aa  310  4e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1039  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.61 
 
 
557 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6469  cyclic peptide transporter  33.15 
 
 
567 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2489  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.65 
 
 
547 aa  302  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0995  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.83 
 
 
548 aa  301  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64415  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2606  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.46 
 
 
547 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.421304  normal  0.757942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2399  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.46 
 
 
547 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2503  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.46 
 
 
547 aa  300  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.45068  hitchhiker  0.000119936 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3349  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  34.95 
 
 
547 aa  299  8e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.271374  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2447  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.46 
 
 
547 aa  299  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2510  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  34.95 
 
 
547 aa  297  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.121773  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1783  cyclic peptide transporter  33.58 
 
 
1055 aa  297  3e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1439  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  34.95 
 
 
547 aa  297  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.216906 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0729  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.38 
 
 
547 aa  297  3e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.723573  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2791  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.08 
 
 
547 aa  297  4e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.46753  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02138  fused predicted multidrug transport subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  34.95 
 
 
547 aa  296  5e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1447  cyclic peptide transporter  34.95 
 
 
547 aa  296  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.638888  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2350  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  34.95 
 
 
547 aa  296  5e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02097  hypothetical protein  34.95 
 
 
547 aa  296  5e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2389  cyclic peptide transporter  34.39 
 
 
1032 aa  295  1e-78  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1501  cyclic peptide transporter  33.52 
 
 
557 aa  294  3e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2360  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  34.58 
 
 
547 aa  294  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2925  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.57 
 
 
553 aa  291  3e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3852  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  35.02 
 
 
550 aa  286  5e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.604854  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1007  cyclic peptide transporter  33.71 
 
 
551 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1758  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  33.14 
 
 
543 aa  278  2e-73  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1575  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  33.14 
 
 
543 aa  277  4e-73  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1938  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  33.33 
 
 
543 aa  276  1.0000000000000001e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1675  cyclic peptide transporter  32.99 
 
 
551 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2333  cyclic peptide transporter  33.89 
 
 
650 aa  271  2.9999999999999997e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1528  multidrug transporter membrane component/ATP-binding component  31.08 
 
 
542 aa  271  2.9999999999999997e-71  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1956  cyclic peptide transporter  31.51 
 
 
544 aa  271  2.9999999999999997e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.154959  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3060  cyclic peptide transporter  31.5 
 
 
576 aa  265  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.640427  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2327  cyclic peptide transporter  34.39 
 
 
579 aa  265  2e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0354402  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2872  cyclic peptide transporter  34.68 
 
 
558 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.27305 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2571  cyclic peptide transporter  32.05 
 
 
552 aa  257  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0512743  normal  0.0935023 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1655  ABC transporter ATP-binding protein YojI  32.29 
 
 
544 aa  251  3e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03729  ABC transporter ATP-binding protein  36.05 
 
 
555 aa  248  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.525568  normal  0.456711 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1530  ABC transporter ATP-binding protein YojI  32.22 
 
 
546 aa  248  2e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3708  putative ABC transporter ATP-binding protein  31.95 
 
 
557 aa  243  6e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.835875  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2101  cyclic peptide transporter  28.9 
 
 
541 aa  227  5.0000000000000005e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3420  cyclic peptide transporter  27.12 
 
 
554 aa  219  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00388229  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1757  ABC transporter ATP-binding protein YojI  28.01 
 
 
514 aa  196  8.000000000000001e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5194  ABC transporter related  26.58 
 
 
549 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202589  normal  0.0685542 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  26.24 
 
 
589 aa  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1461  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  25.76 
 
 
605 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25.68 
 
 
587 aa  124  5e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1246  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.55 
 
 
606 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25 
 
 
605 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  25.55 
 
 
587 aa  117  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  24.42 
 
 
592 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2307  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.59 
 
 
583 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2330  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  23.59 
 
 
593 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273025 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0895  ABC transporter related  23.23 
 
 
534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1695  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  23.59 
 
 
623 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.733558  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0100  ABC transporter related  22.56 
 
 
584 aa  115  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.995912  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>