More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3674 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3674  hypothetical protein  100 
 
 		 272 aa  546  1e-154  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0658375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0431  hypothetical protein  68.3 
 
 		 265 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0845206  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2079  hypothetical protein  70.71 
 
 		 266 aa  351  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0289282 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1049  hypothetical protein  68.34 
 
 		 265 aa  349  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.916678  normal  0.0196665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1178  hypothetical protein  68.34 
 
 		 261 aa  350  2e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6390  putative lytic murein transglycosylase  67.34 
 
 		 254 aa  347  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0346  hypothetical protein  70.2 
 
 		 264 aa  346  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0994  hypothetical protein  70.54 
 
 		 261 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_004310  BR1828  lytic murein transglycosylase, putative  62.74 
 
 		 275 aa  318  5e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1759  putative lytic murein transglycosylase  62.74 
 
 		 275 aa  318  5e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.89395  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1075  lytic murein transglycosylase  60.67 
 
 		 275 aa  313  9.999999999999999e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.179022  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3909  lytic murein transglycosylase  57.85 
 
 		 273 aa  305  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.813736  normal  0.195532 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3183  lytic murein transglycosylase  60.98 
 
 		 273 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4233  lytic murein transglycosylase  58.73 
 
 		 290 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3343  lytic murein transglycosylase  56.72 
 
 		 271 aa  300  1e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.263637  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4364  hypothetical protein  58.44 
 
 		 316 aa  296  3e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.554925  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0836  lytic murein transglycosylase, putative  53.85 
 
 		 267 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0459329  normal  0.93917 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2163  lytic murein transglycosylase, putative  53.85 
 
 		 267 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281139  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0825  membrane-bound lytic murein transglycosylase B-like protein  54.29 
 
 		 247 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.4948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1019  hypothetical protein  49.06 
 
 		 270 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.658652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1158  hypothetical protein  50.2 
 
 		 273 aa  228  9e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.441792  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3366  lytic murein transglycosylase  40.3 
 
 		 283 aa  191  9e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3675  lytic murein transglycosylase  39.68 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0608775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4395  putative transglycolase  36.43 
 
 		 271 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443848 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6768  hypothetical protein  37.9 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0634342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2438  lytic murein transglycosylase  35.71 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0613542 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2862  lytic murein transglycosylase  36.84 
 
 		 272 aa  146  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1493  lytic murein transglycosylase  34.72 
 
 		 272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4119  lytic murein transglycosylase  35.89 
 
 		 272 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0984  lytic murein transglycosylase  34.69 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000226187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3965  lytic murein transglycosylase  35.48 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2754  lytic murein transglycosylase  33.64 
 
 		 346 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000102797  hitchhiker  0.000133589 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  36.02 
 
 		 394 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  33.93 
 
 		 455 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1725  lytic murein transglycosylase  34.33 
 
 		 412 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1404  putative peptidoglycan-binding protein  34.31 
 
 		 372 aa  123  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.671416  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  37.98 
 
 		 417 aa  123  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  31.16 
 
 		 361 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2396  lytic murein transglycosylase  31.16 
 
 		 362 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0276595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2008  lytic murein transglycosylase  31.16 
 
 		 362 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000275571  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  33.78 
 
 		 421 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  35.89 
 
 		 417 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  35.96 
 
 		 434 aa  119  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  35.41 
 
 		 419 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01141  putative transglycosylase  30.4 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.629651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  36.6 
 
 		 434 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  31.82 
 
 		 381 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  36.89 
 
 		 415 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1864  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.05 
 
 		 370 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.498098 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  35.27 
 
 		 412 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  35.5 
 
 		 442 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2801  lytic murein transglycosylase  30.58 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  28.96 
 
 		 409 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  34.21 
 
 		 457 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  29.52 
 
 		 347 aa  108  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  31.5 
 
 		 428 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  32.86 
 
 		 401 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  37.08 
 
 		 412 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  34.98 
 
 		 395 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  32.91 
 
 		 458 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  35 
 
 		 462 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  34.27 
 
 		 466 aa  106  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  34.08 
 
 		 474 aa  106  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 438 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  33.82 
 
 		 377 aa  106  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  33.5 
 
 		 417 aa  105  7e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  32.34 
 
 		 421 aa  105  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0164  lytic murein transglycosylase  33.8 
 
 		 389 aa  105  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  32.7 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  30.43 
 
 		 410 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  32.85 
 
 		 438 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1069  hypothetical protein  28.51 
 
 		 324 aa  103  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.912642  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  33.01 
 
 		 438 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1944  lytic murein transglycosylase  34.42 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.723266  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  32.85 
 
 		 438 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 438 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  32.06 
 
 		 445 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  31.44 
 
 		 445 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  31.55 
 
 		 440 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  34.16 
 
 		 454 aa  102  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2113  lytic murein transglycosylase  34.72 
 
 		 405 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29233 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  32.52 
 
 		 432 aa  102  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  28.29 
 
 		 323 aa  102  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2920  lytic murein transglycosylase  34.81 
 
 		 396 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495206  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 390 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  30.58 
 
 		 425 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  32.27 
 
 		 448 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  27.27 
 
 		 323 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  36.67 
 
 		 470 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  32.59 
 
 		 448 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  30.85 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  27.8 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  32.14 
 
 		 424 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  32.51 
 
 		 400 aa  99.8  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  33 
 
 		 395 aa  99.8  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  31.03 
 
 		 430 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2586  lytic murein transglycosylase  31.84 
 
 		 398 aa  99  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443653 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  32.14 
 
 		 424 aa  98.6  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0662  lytic murein transglycosylase  32.17 
 
 		 433 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00608172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  30.23 
 
 		 438 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>