More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3573 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 381 aa  767    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1864  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  69.79 
 
 		 370 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.498098 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  55.85 
 
 		 413 aa  391  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  56.91 
 
 		 411 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  55.85 
 
 		 462 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  51.05 
 
 		 425 aa  358  9e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  49.73 
 
 		 415 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  49.06 
 
 		 455 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  50 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  47.36 
 
 		 417 aa  333  2e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  46.6 
 
 		 424 aa  333  3e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  49.73 
 
 		 419 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  41.76 
 
 		 440 aa  296  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  43.75 
 
 		 417 aa  295  6e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  40.33 
 
 		 445 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  41.5 
 
 		 434 aa  285  8e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  41.08 
 
 		 409 aa  284  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  39.68 
 
 		 438 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  44.17 
 
 		 438 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  41.16 
 
 		 445 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  45.48 
 
 		 514 aa  283  4.0000000000000003e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  39.91 
 
 		 438 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  42.23 
 
 		 438 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  39.44 
 
 		 438 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  41.21 
 
 		 438 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  40.86 
 
 		 427 aa  277  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  39.86 
 
 		 430 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  42.36 
 
 		 470 aa  275  8e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  41.65 
 
 		 448 aa  275  8e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  42.28 
 
 		 457 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  41.79 
 
 		 448 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.53 
 
 		 421 aa  264  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  37.14 
 
 		 409 aa  264  2e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  42.66 
 
 		 418 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  38.24 
 
 		 432 aa  261  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  44 
 
 		 393 aa  259  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  44.32 
 
 		 393 aa  258  9e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  40.81 
 
 		 419 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  43.78 
 
 		 400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  40.54 
 
 		 466 aa  253  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  38.42 
 
 		 413 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  43.01 
 
 		 392 aa  253  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  40.54 
 
 		 474 aa  253  6e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  40.64 
 
 		 407 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3727  lytic murein transglycosylase  40.31 
 
 		 405 aa  245  8e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  44.2 
 
 		 391 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  39.78 
 
 		 429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 407 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  40 
 
 		 398 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  40 
 
 		 398 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  34.05 
 
 		 430 aa  241  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  40.83 
 
 		 406 aa  240  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  34.05 
 
 		 424 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  42.14 
 
 		 400 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  36.99 
 
 		 464 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 424 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 		 405 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  38.95 
 
 		 410 aa  238  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  37.07 
 
 		 454 aa  237  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  37.69 
 
 		 404 aa  237  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  37.2 
 
 		 451 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  40.32 
 
 		 405 aa  236  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  39.3 
 
 		 398 aa  236  7e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  37.37 
 
 		 395 aa  235  9e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  39.63 
 
 		 412 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  35.31 
 
 		 433 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  36.36 
 
 		 464 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  36.29 
 
 		 461 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  35.36 
 
 		 396 aa  232  9e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  35.12 
 
 		 439 aa  231  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  35.2 
 
 		 377 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  36.12 
 
 		 428 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  39.89 
 
 		 412 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  39.06 
 
 		 413 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 481 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  36.36 
 
 		 443 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0039  lytic murein transglycosylase  43.72 
 
 		 396 aa  229  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  40.94 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  39.1 
 
 		 408 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  34.71 
 
 		 395 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  40.94 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3436  lytic murein transglycosylase  37.73 
 
 		 412 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  36.15 
 
 		 469 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  35.95 
 
 		 470 aa  226  6e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  38.5 
 
 		 413 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  33.91 
 
 		 411 aa  225  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.88 
 
 		 401 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  37.29 
 
 		 434 aa  224  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  37.97 
 
 		 398 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2740  lytic murein transglycosylase  40.69 
 
 		 407 aa  224  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.788715  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  37.57 
 
 		 400 aa  223  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  32.39 
 
 		 438 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  34.69 
 
 		 438 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  36.8 
 
 		 398 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  37.97 
 
 		 418 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  34.69 
 
 		 436 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  33.78 
 
 		 395 aa  220  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2246  lytic murein transglycosylase  39.57 
 
 		 490 aa  220  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.27518 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  37.78 
 
 		 422 aa  219  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  42.4 
 
 		 423 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>