More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2708 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 405 aa  833    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  72.97 
 
 		 407 aa  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  71.99 
 
 		 407 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3727  lytic murein transglycosylase  68.77 
 
 		 405 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  57.25 
 
 		 412 aa  467  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  56.49 
 
 		 408 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  54.71 
 
 		 412 aa  451  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2740  lytic murein transglycosylase  56.06 
 
 		 407 aa  435  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.788715  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  50.75 
 
 		 418 aa  400  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  43.95 
 
 		 438 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  43.95 
 
 		 438 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  43.69 
 
 		 445 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  44.3 
 
 		 427 aa  311  9e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  43.68 
 
 		 438 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  43.03 
 
 		 455 aa  311  2e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  43.18 
 
 		 445 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  43.68 
 
 		 438 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  42.89 
 
 		 418 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  45.14 
 
 		 417 aa  302  8.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  44.65 
 
 		 448 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  43.64 
 
 		 413 aa  301  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  42.75 
 
 		 413 aa  299  7e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  45.05 
 
 		 415 aa  297  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  43.86 
 
 		 448 aa  296  6e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  41.33 
 
 		 461 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3356  lytic murein transglycosylase  43.26 
 
 		 430 aa  292  8e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  42.49 
 
 		 398 aa  292  9e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 		 409 aa  291  1e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  41.95 
 
 		 440 aa  290  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  42.75 
 
 		 398 aa  290  4e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  41.22 
 
 		 438 aa  289  6e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  45.48 
 
 		 423 aa  289  8e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  43.73 
 
 		 429 aa  288  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  43 
 
 		 398 aa  288  2e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  42.86 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  40.53 
 
 		 451 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  40.8 
 
 		 464 aa  285  7e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  43.16 
 
 		 421 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  43.35 
 
 		 418 aa  285  8e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  40.53 
 
 		 464 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  41.52 
 
 		 405 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  40.69 
 
 		 419 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  40.53 
 
 		 469 aa  279  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  40.41 
 
 		 404 aa  279  7e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  40.16 
 
 		 481 aa  277  3e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  42.48 
 
 		 435 aa  276  4e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  40.32 
 
 		 470 aa  273  3e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  41.73 
 
 		 417 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  37.96 
 
 		 443 aa  272  7e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  41.47 
 
 		 419 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  40.27 
 
 		 400 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  41.34 
 
 		 413 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  41.93 
 
 		 430 aa  270  4e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  39.22 
 
 		 422 aa  268  8.999999999999999e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  42.04 
 
 		 470 aa  268  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  41.27 
 
 		 438 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  40.96 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  42.06 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  39.25 
 
 		 398 aa  266  5e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  42.13 
 
 		 392 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  38.83 
 
 		 398 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  39.1 
 
 		 398 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  38.9 
 
 		 398 aa  265  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  42.02 
 
 		 393 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  39.16 
 
 		 514 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  43.39 
 
 		 391 aa  261  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  42.4 
 
 		 462 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  42.4 
 
 		 413 aa  259  8e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  39.49 
 
 		 434 aa  258  9e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  40.05 
 
 		 409 aa  258  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  42.25 
 
 		 411 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 		 432 aa  257  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  40.33 
 
 		 410 aa  256  4e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  39.84 
 
 		 720 aa  256  5e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  41.76 
 
 		 393 aa  256  5e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  41.01 
 
 		 474 aa  256  6e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  41.14 
 
 		 406 aa  256  6e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0039  lytic murein transglycosylase  42.16 
 
 		 396 aa  256  7e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3436  lytic murein transglycosylase  38.78 
 
 		 412 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4073  lytic murein transglycosylase  38.57 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4393  lytic murein transglycosylase  39.05 
 
 		 477 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  36.28 
 
 		 486 aa  252  7e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1952  transglycolase  37.16 
 
 		 491 aa  252  1e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135275  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  41.88 
 
 		 390 aa  250  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3846  lytic murein transglycosylase  36.8 
 
 		 416 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.977376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  41.38 
 
 		 466 aa  249  5e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  39.05 
 
 		 454 aa  249  8e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  38.23 
 
 		 396 aa  249  9e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4092  lytic murein transglycosylase  38.81 
 
 		 411 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.590731  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2246  lytic murein transglycosylase  40.4 
 
 		 490 aa  247  2e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.27518 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0024  lytic murein transglycosylase  38.29 
 
 		 419 aa  247  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  37.62 
 
 		 437 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3558  lytic murein transglycosylase  40.11 
 
 		 400 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1644  lytic murein transglycosylase  35.78 
 
 		 407 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3093  lytic murein transglycosylase  37.56 
 
 		 422 aa  245  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.666163  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4124  lytic murein transglycosylase  37.35 
 
 		 414 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215257  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  38.73 
 
 		 429 aa  244  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.33 
 
 		 434 aa  243  3e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0286  lytic murein transglycosylase  37.09 
 
 		 474 aa  243  3e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  37.93 
 
 		 425 aa  242  7e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>