More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1864 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1864  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 370 aa  728    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.498098 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  66.49 
 
 		 381 aa  489  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  56.08 
 
 		 462 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  51.41 
 
 		 425 aa  373  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  56.08 
 
 		 413 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  56.02 
 
 		 411 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  44.77 
 
 		 424 aa  319  3.9999999999999996e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  49.6 
 
 		 421 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  46.09 
 
 		 455 aa  315  6e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  46.15 
 
 		 415 aa  315  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  48.79 
 
 		 417 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  49.06 
 
 		 419 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  43.17 
 
 		 417 aa  298  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  40.21 
 
 		 440 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  42.28 
 
 		 438 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  39.39 
 
 		 445 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  39.13 
 
 		 445 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  42.74 
 
 		 470 aa  259  4e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  44.81 
 
 		 514 aa  259  6e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  38.35 
 
 		 430 aa  255  7e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  41.19 
 
 		 434 aa  255  8e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  39.56 
 
 		 427 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 		 438 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 		 432 aa  251  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  40 
 
 		 409 aa  251  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  41.49 
 
 		 418 aa  250  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  39.9 
 
 		 448 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  38.62 
 
 		 438 aa  245  9e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  35.37 
 
 		 409 aa  245  9e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  41.41 
 
 		 410 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  41.92 
 
 		 454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  41.56 
 
 		 466 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  38.05 
 
 		 438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  41 
 
 		 457 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  38.36 
 
 		 438 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  39.36 
 
 		 448 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  37.53 
 
 		 438 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  37.13 
 
 		 377 aa  240  4e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  41.3 
 
 		 474 aa  239  5e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  38.44 
 
 		 395 aa  238  8e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  35.43 
 
 		 430 aa  236  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  36.16 
 
 		 424 aa  236  4e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  36.16 
 
 		 424 aa  236  7e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  36.31 
 
 		 439 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  33.79 
 
 		 438 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  33.79 
 
 		 438 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  35.73 
 
 		 411 aa  233  6e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  36.71 
 
 		 436 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  39.43 
 
 		 395 aa  231  1e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  35.31 
 
 		 433 aa  230  4e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  34.16 
 
 		 421 aa  229  4e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  39.13 
 
 		 429 aa  230  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  43.38 
 
 		 393 aa  229  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  43.82 
 
 		 400 aa  229  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  35.96 
 
 		 395 aa  228  9e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  37.81 
 
 		 413 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  35 
 
 		 396 aa  227  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  43.1 
 
 		 393 aa  228  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  42.94 
 
 		 392 aa  227  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  41.78 
 
 		 406 aa  227  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  35.47 
 
 		 428 aa  224  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  41.51 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  40.73 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  38.79 
 
 		 461 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  34 
 
 		 415 aa  223  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  41.23 
 
 		 429 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  38.18 
 
 		 464 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  38.79 
 
 		 470 aa  220  3e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  39.09 
 
 		 469 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  40.06 
 
 		 405 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  36.68 
 
 		 417 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  38.83 
 
 		 434 aa  218  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  36.97 
 
 		 451 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  38.85 
 
 		 412 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  38.48 
 
 		 481 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  38.3 
 
 		 464 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  37.35 
 
 		 443 aa  216  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  38.1 
 
 		 405 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  36.93 
 
 		 407 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  43.84 
 
 		 391 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  40.86 
 
 		 413 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  36.95 
 
 		 412 aa  215  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  38.58 
 
 		 401 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  35.23 
 
 		 437 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  36.76 
 
 		 398 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  40.86 
 
 		 413 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  40.29 
 
 		 418 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  37.43 
 
 		 398 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0662  lytic murein transglycosylase  36.24 
 
 		 433 aa  210  3e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00608172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  37.4 
 
 		 407 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.68 
 
 		 434 aa  209  5e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  38.79 
 
 		 398 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  36.45 
 
 		 408 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  36.83 
 
 		 398 aa  208  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  36.83 
 
 		 398 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  36.39 
 
 		 419 aa  207  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2740  lytic murein transglycosylase  40.27 
 
 		 407 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.788715  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0039  lytic murein transglycosylase  46.22 
 
 		 396 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  38.48 
 
 		 398 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.83 
 
 		 418 aa  206  4e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>