More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3436 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3436  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 412 aa  833    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4073  lytic murein transglycosylase  69.83 
 
 		 423 aa  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4393  lytic murein transglycosylase  69.83 
 
 		 477 aa  609  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0157  lytic murein transglycosylase  69.7 
 
 		 418 aa  589  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0024  lytic murein transglycosylase  58.58 
 
 		 419 aa  507  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0031  transglycosylase, putative  58.93 
 
 		 427 aa  498  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0704571  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0031  putative transglycosylase  58.67 
 
 		 427 aa  495  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.206754  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4092  lytic murein transglycosylase  58.27 
 
 		 411 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.590731  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2479  lytic murein transglycosylase  44 
 
 		 419 aa  318  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0304253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4124  lytic murein transglycosylase  43.44 
 
 		 414 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215257  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2907  lytic murein transglycosylase  45.31 
 
 		 419 aa  316  4e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00384292  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1924  lytic murein transglycosylase  45.38 
 
 		 411 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6247  putative transglycosylase  42.78 
 
 		 393 aa  310  4e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2140  lytic murein transglycosylase  44.97 
 
 		 415 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.074873  hitchhiker  0.00848991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3393  lytic murein transglycosylase  44.03 
 
 		 409 aa  305  9.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3449  lytic murein transglycosylase  40.25 
 
 		 442 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.139295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  42.89 
 
 		 417 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  42.89 
 
 		 419 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  42.89 
 
 		 421 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  40.83 
 
 		 427 aa  273  3e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  41.15 
 
 		 438 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  41.41 
 
 		 438 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  43.3 
 
 		 417 aa  272  8.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  40.89 
 
 		 438 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 		 438 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  39.28 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  37.31 
 
 		 409 aa  259  7e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  37.62 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  39.02 
 
 		 438 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  38.55 
 
 		 412 aa  256  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  39.48 
 
 		 443 aa  256  8e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  40.52 
 
 		 448 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  37.62 
 
 		 407 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  38.83 
 
 		 407 aa  254  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  41.71 
 
 		 462 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  39.2 
 
 		 448 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  39.32 
 
 		 445 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  39.48 
 
 		 445 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  41.71 
 
 		 413 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  39.54 
 
 		 415 aa  251  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  37.15 
 
 		 408 aa  251  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  38.8 
 
 		 440 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  42.67 
 
 		 393 aa  251  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  38.76 
 
 		 424 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  42.41 
 
 		 393 aa  250  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  39 
 
 		 405 aa  249  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  42.93 
 
 		 400 aa  248  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  40.21 
 
 		 438 aa  248  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  39.58 
 
 		 457 aa  246  6.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.06 
 
 		 401 aa  246  8e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  42.12 
 
 		 392 aa  246  8e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  39.12 
 
 		 405 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2740  lytic murein transglycosylase  39.52 
 
 		 407 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.788715  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  40.1 
 
 		 418 aa  243  5e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  41.76 
 
 		 413 aa  243  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  39.9 
 
 		 470 aa  242  7e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  39.16 
 
 		 430 aa  242  9e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  38.68 
 
 		 409 aa  241  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  43.92 
 
 		 413 aa  242  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  39.24 
 
 		 432 aa  241  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  37.47 
 
 		 413 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  40.27 
 
 		 411 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  37.92 
 
 		 434 aa  238  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.22 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.84 
 
 		 421 aa  237  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  42.12 
 
 		 391 aa  236  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  35.79 
 
 		 398 aa  236  6e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3093  lytic murein transglycosylase  39.11 
 
 		 422 aa  236  8e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.666163  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  35.82 
 
 		 396 aa  235  8e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  35.79 
 
 		 398 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  36.32 
 
 		 455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  41.11 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  40.95 
 
 		 400 aa  233  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  36.12 
 
 		 404 aa  232  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  38.93 
 
 		 429 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3727  lytic murein transglycosylase  37.68 
 
 		 405 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  37.05 
 
 		 419 aa  231  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  36.79 
 
 		 398 aa  230  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  37.24 
 
 		 425 aa  229  8e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  37.73 
 
 		 381 aa  228  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  40.06 
 
 		 474 aa  228  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  38.19 
 
 		 400 aa  228  2e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0039  lytic murein transglycosylase  41.36 
 
 		 396 aa  227  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  39.77 
 
 		 466 aa  225  9e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  39.63 
 
 		 377 aa  224  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  40.1 
 
 		 423 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  40.72 
 
 		 486 aa  224  3e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  35.97 
 
 		 398 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2246  lytic murein transglycosylase  41.38 
 
 		 490 aa  223  4e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.27518 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1952  transglycolase  41.38 
 
 		 491 aa  223  6e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  37.85 
 
 		 514 aa  223  6e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  36.83 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  36.6 
 
 		 398 aa  220  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  36.17 
 
 		 464 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  35.64 
 
 		 461 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  38.76 
 
 		 398 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  36.97 
 
 		 433 aa  219  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  38.7 
 
 		 720 aa  219  7e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  36.36 
 
 		 424 aa  219  7e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  34.84 
 
 		 422 aa  219  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>