More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2140 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2479  lytic murein transglycosylase  75.19 
 
 		 419 aa  645    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0304253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2140  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 415 aa  840    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.074873  hitchhiker  0.00848991 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3449  lytic murein transglycosylase  76.11 
 
 		 442 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.139295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2907  lytic murein transglycosylase  76.27 
 
 		 419 aa  656    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00384292  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4124  lytic murein transglycosylase  75.87 
 
 		 414 aa  643    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215257  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6247  putative transglycosylase  76.76 
 
 		 393 aa  629  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1924  lytic murein transglycosylase  79.68 
 
 		 411 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3393  lytic murein transglycosylase  76.46 
 
 		 409 aa  609  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4092  lytic murein transglycosylase  43.14 
 
 		 411 aa  324  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.590731  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3436  lytic murein transglycosylase  43.66 
 
 		 412 aa  323  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0031  transglycosylase, putative  40.62 
 
 		 427 aa  320  3e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0704571  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0024  lytic murein transglycosylase  40.73 
 
 		 419 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0031  putative transglycosylase  42.51 
 
 		 427 aa  318  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.206754  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0157  lytic murein transglycosylase  42.53 
 
 		 418 aa  309  5.9999999999999995e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4073  lytic murein transglycosylase  40.1 
 
 		 423 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4393  lytic murein transglycosylase  40.62 
 
 		 477 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  40.05 
 
 		 412 aa  252  8.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  39.74 
 
 		 454 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  41.54 
 
 		 393 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3093  lytic murein transglycosylase  37.95 
 
 		 422 aa  245  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.666163  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  40.93 
 
 		 393 aa  243  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  36.71 
 
 		 427 aa  243  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  41.94 
 
 		 400 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  37.53 
 
 		 412 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  36.75 
 
 		 443 aa  236  8e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  41.05 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  37.29 
 
 		 408 aa  234  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  40.58 
 
 		 391 aa  230  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3558  lytic murein transglycosylase  39.34 
 
 		 400 aa  230  4e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  36.99 
 
 		 405 aa  230  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 438 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2740  lytic murein transglycosylase  38.65 
 
 		 407 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.788715  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  38.62 
 
 		 400 aa  228  2e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  37.06 
 
 		 455 aa  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  39.06 
 
 		 470 aa  227  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  37.2 
 
 		 438 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.06 
 
 		 418 aa  227  3e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  40.51 
 
 		 415 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  36.94 
 
 		 438 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.01 
 
 		 401 aa  225  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  35.92 
 
 		 470 aa  223  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  39.74 
 
 		 417 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  37.66 
 
 		 407 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  36.91 
 
 		 438 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  35.1 
 
 		 451 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  39.48 
 
 		 419 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  35.86 
 
 		 439 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  39.9 
 
 		 429 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  39.73 
 
 		 448 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  35.35 
 
 		 469 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  36.57 
 
 		 417 aa  220  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  34.13 
 
 		 437 aa  221  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  35.16 
 
 		 424 aa  221  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  38.74 
 
 		 400 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  38.86 
 
 		 421 aa  220  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  35.16 
 
 		 430 aa  219  6e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  35.58 
 
 		 434 aa  219  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  34.9 
 
 		 424 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  37.31 
 
 		 407 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  35.91 
 
 		 481 aa  218  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  35.25 
 
 		 461 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  37.2 
 
 		 438 aa  217  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  34.6 
 
 		 464 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  35.07 
 
 		 464 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  38.08 
 
 		 413 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  38.22 
 
 		 413 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  37.88 
 
 		 448 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  36.64 
 
 		 430 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0039  lytic murein transglycosylase  39.9 
 
 		 396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  32.75 
 
 		 421 aa  213  5.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  35.32 
 
 		 377 aa  212  9e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  34.16 
 
 		 395 aa  212  9e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  33.95 
 
 		 433 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  37.96 
 
 		 418 aa  209  5e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  37.72 
 
 		 418 aa  210  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 417 aa  209  7e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  36.21 
 
 		 405 aa  209  7e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  36.25 
 
 		 410 aa  209  8e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  38.37 
 
 		 486 aa  208  1e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3727  lytic murein transglycosylase  35.99 
 
 		 405 aa  207  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  33.57 
 
 		 413 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  34.98 
 
 		 395 aa  208  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  36.36 
 
 		 474 aa  208  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  32.52 
 
 		 409 aa  208  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  35.94 
 
 		 424 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 429 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  34.92 
 
 		 436 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  33.16 
 
 		 428 aa  207  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  34.66 
 
 		 438 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  32.67 
 
 		 396 aa  206  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  35.03 
 
 		 445 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  36.48 
 
 		 466 aa  206  6e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  34.66 
 
 		 438 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  35.95 
 
 		 438 aa  206  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  34.66 
 
 		 411 aa  206  8e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  38.18 
 
 		 457 aa  205  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  35.04 
 
 		 412 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  33.42 
 
 		 442 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  36.97 
 
 		 440 aa  203  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  35.36 
 
 		 434 aa  202  9e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>