More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4881 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  88.16 
 
 		 458 aa  724    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  79.74 
 
 		 412 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  85.65 
 
 		 462 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  79.06 
 
 		 434 aa  679    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 442 aa  898    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  80.94 
 
 		 412 aa  630  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2113  lytic murein transglycosylase  49.33 
 
 		 405 aa  352  8e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29233 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1404  putative peptidoglycan-binding protein  48.51 
 
 		 372 aa  351  2e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.671416  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  49.88 
 
 		 394 aa  349  6e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1725  lytic murein transglycosylase  47.3 
 
 		 412 aa  342  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2920  lytic murein transglycosylase  44.88 
 
 		 396 aa  341  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495206  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2876  lytic murein transglycosylase  46.92 
 
 		 405 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0164  lytic murein transglycosylase  46.54 
 
 		 389 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2616  lytic murein transglycosylase  46.09 
 
 		 405 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.467141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  43.4 
 
 		 390 aa  302  8.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2586  lytic murein transglycosylase  40.93 
 
 		 398 aa  291  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443653 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  39.24 
 
 		 409 aa  276  8e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  38.81 
 
 		 395 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  36.6 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  40.91 
 
 		 438 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  40.64 
 
 		 438 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  39.05 
 
 		 428 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  36.73 
 
 		 424 aa  266  8e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 438 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  38.81 
 
 		 438 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  37.1 
 
 		 430 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 438 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  37 
 
 		 424 aa  265  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  38.67 
 
 		 436 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  36.46 
 
 		 401 aa  260  4e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  38.5 
 
 		 440 aa  260  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  37.83 
 
 		 438 aa  259  6e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  40 
 
 		 470 aa  259  6e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  38.13 
 
 		 411 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  39.8 
 
 		 457 aa  259  7e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  38.13 
 
 		 438 aa  259  8e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.37 
 
 		 433 aa  258  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  38.02 
 
 		 445 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  38.52 
 
 		 445 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  36.72 
 
 		 377 aa  258  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  38.2 
 
 		 396 aa  258  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  40.05 
 
 		 438 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  40.11 
 
 		 417 aa  255  9e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  35.95 
 
 		 439 aa  255  9e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  35.71 
 
 		 455 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  37.74 
 
 		 410 aa  255  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  40.11 
 
 		 419 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  38.54 
 
 		 415 aa  253  5.000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  37.03 
 
 		 395 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  39.62 
 
 		 409 aa  252  8.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  38.56 
 
 		 434 aa  252  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  38.3 
 
 		 415 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  36.27 
 
 		 427 aa  251  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  37.27 
 
 		 454 aa  249  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  38.61 
 
 		 448 aa  249  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  38.98 
 
 		 398 aa  249  8e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  35.82 
 
 		 417 aa  247  3e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  38.97 
 
 		 474 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3366  lytic murein transglycosylase  47.88 
 
 		 283 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  39.01 
 
 		 417 aa  244  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  38.52 
 
 		 448 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  39.04 
 
 		 466 aa  242  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  38.34 
 
 		 398 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  38.64 
 
 		 404 aa  241  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  38.48 
 
 		 421 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  39.9 
 
 		 400 aa  238  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  36.94 
 
 		 398 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  36.94 
 
 		 398 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4395  putative transglycolase  50.22 
 
 		 271 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443848 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  35.33 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  38.6 
 
 		 398 aa  233  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  32.84 
 
 		 395 aa  232  8.000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  37.23 
 
 		 430 aa  232  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  38.2 
 
 		 398 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  36.39 
 
 		 432 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  38.51 
 
 		 398 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  37.11 
 
 		 720 aa  231  3e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  36.13 
 
 		 434 aa  230  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  34.51 
 
 		 462 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3846  lytic murein transglycosylase  38.24 
 
 		 416 aa  229  6e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.977376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  39.3 
 
 		 393 aa  229  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  37.76 
 
 		 419 aa  229  8e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0286  lytic murein transglycosylase  34.84 
 
 		 474 aa  228  1e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  34.51 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  39.04 
 
 		 393 aa  227  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  37.41 
 
 		 405 aa  226  6e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  37.3 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  36.36 
 
 		 425 aa  225  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  34.88 
 
 		 424 aa  224  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1952  transglycolase  34.12 
 
 		 491 aa  223  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  36.99 
 
 		 422 aa  222  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  37.17 
 
 		 429 aa  223  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  38.65 
 
 		 429 aa  222  9e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  32.23 
 
 		 437 aa  221  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2246  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 490 aa  220  3e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.27518 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  34.85 
 
 		 443 aa  220  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  36.18 
 
 		 486 aa  219  6e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  35.22 
 
 		 451 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3393  lytic murein transglycosylase  35.79 
 
 		 409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>