More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1924 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1924  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 411 aa  828    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3449  lytic murein transglycosylase  80.2 
 
 		 442 aa  675    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.139295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4124  lytic murein transglycosylase  78.74 
 
 		 414 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215257  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2907  lytic murein transglycosylase  75.18 
 
 		 419 aa  632  1e-180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00384292  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2479  lytic murein transglycosylase  73.7 
 
 		 419 aa  616  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0304253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2140  lytic murein transglycosylase  79.68 
 
 		 415 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.074873  hitchhiker  0.00848991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6247  putative transglycosylase  71.98 
 
 		 393 aa  590  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3393  lytic murein transglycosylase  74.41 
 
 		 409 aa  579  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3436  lytic murein transglycosylase  44.42 
 
 		 412 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4092  lytic murein transglycosylase  43.14 
 
 		 411 aa  312  7.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.590731  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0031  transglycosylase, putative  41.19 
 
 		 427 aa  311  1e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0704571  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0157  lytic murein transglycosylase  44.29 
 
 		 418 aa  311  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0024  lytic murein transglycosylase  41.33 
 
 		 419 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0031  putative transglycosylase  41.84 
 
 		 427 aa  310  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.206754  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4393  lytic murein transglycosylase  42.23 
 
 		 477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4073  lytic murein transglycosylase  40.89 
 
 		 423 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  39.61 
 
 		 412 aa  249  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  38.6 
 
 		 427 aa  241  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  39.69 
 
 		 454 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  38.61 
 
 		 412 aa  239  5.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3093  lytic murein transglycosylase  37.89 
 
 		 422 aa  235  9e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.666163  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  41.69 
 
 		 400 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3558  lytic murein transglycosylase  39.64 
 
 		 400 aa  234  3e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  40.62 
 
 		 393 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  40.62 
 
 		 393 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  38.37 
 
 		 408 aa  231  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  40.52 
 
 		 392 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  38.93 
 
 		 417 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  38.68 
 
 		 438 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  38.68 
 
 		 438 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  38.42 
 
 		 438 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2740  lytic murein transglycosylase  39.8 
 
 		 407 aa  229  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.788715  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  37.69 
 
 		 405 aa  228  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  38.68 
 
 		 438 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  34.77 
 
 		 418 aa  226  6e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  35.84 
 
 		 481 aa  226  6e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  35.84 
 
 		 451 aa  226  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  39.8 
 
 		 421 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  34.51 
 
 		 443 aa  224  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  35.53 
 
 		 470 aa  223  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  40.79 
 
 		 429 aa  223  6e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  39.69 
 
 		 470 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  40.05 
 
 		 417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  34.61 
 
 		 464 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  37.5 
 
 		 407 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  39.79 
 
 		 419 aa  218  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  34.69 
 
 		 469 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  40.1 
 
 		 391 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  35.7 
 
 		 461 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  38.16 
 
 		 438 aa  216  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  37.68 
 
 		 407 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  37.4 
 
 		 455 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3727  lytic murein transglycosylase  36.02 
 
 		 405 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  39.09 
 
 		 415 aa  210  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  34.47 
 
 		 413 aa  209  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  33.5 
 
 		 464 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  37.2 
 
 		 448 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  38.01 
 
 		 405 aa  207  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  35.79 
 
 		 400 aa  207  3e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  33.58 
 
 		 439 aa  206  6e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  33.83 
 
 		 430 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  37.85 
 
 		 457 aa  204  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  33.58 
 
 		 424 aa  204  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  37.28 
 
 		 429 aa  203  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  37.8 
 
 		 418 aa  203  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  33.58 
 
 		 424 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  35.6 
 
 		 440 aa  202  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  37.2 
 
 		 409 aa  202  9e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0039  lytic murein transglycosylase  39.74 
 
 		 396 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  38.7 
 
 		 466 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  34.41 
 
 		 396 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  38.12 
 
 		 474 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  34.55 
 
 		 434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  37.2 
 
 		 448 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  31.99 
 
 		 421 aa  200  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  36.3 
 
 		 413 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  37.24 
 
 		 410 aa  199  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  35.79 
 
 		 432 aa  199  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  36.81 
 
 		 400 aa  199  6e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  34.21 
 
 		 433 aa  199  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  33.85 
 
 		 409 aa  199  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  35.56 
 
 		 413 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  35.11 
 
 		 395 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  34.29 
 
 		 428 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  36.39 
 
 		 438 aa  197  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  36.05 
 
 		 434 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  34.3 
 
 		 401 aa  196  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  37.5 
 
 		 486 aa  196  6e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  33.08 
 
 		 417 aa  196  6e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  34.19 
 
 		 377 aa  196  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  33.68 
 
 		 438 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  34.67 
 
 		 419 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  35 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  33.93 
 
 		 411 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  36.46 
 
 		 424 aa  193  4e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1864  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.25 
 
 		 370 aa  192  6e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.498098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  33.92 
 
 		 445 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  35.04 
 
 		 430 aa  192  8e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  33.42 
 
 		 436 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  33.68 
 
 		 438 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>