More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0327 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 434 aa  868    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  73.43 
 
 		 432 aa  608  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  68.61 
 
 		 409 aa  562  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  66.42 
 
 		 438 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  61.08 
 
 		 457 aa  481  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  63.86 
 
 		 470 aa  473  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  57 
 
 		 474 aa  444  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  57.25 
 
 		 466 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  57.42 
 
 		 430 aa  439  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  49.52 
 
 		 448 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  49.29 
 
 		 448 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  48 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  45.86 
 
 		 445 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  46.79 
 
 		 438 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  46.54 
 
 		 438 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  46.54 
 
 		 438 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  47.71 
 
 		 427 aa  362  7.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  45.71 
 
 		 440 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  45.73 
 
 		 445 aa  359  7e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  46.62 
 
 		 438 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  46.75 
 
 		 421 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  47.63 
 
 		 417 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  46.77 
 
 		 419 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  44.5 
 
 		 413 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  44.55 
 
 		 417 aa  337  2.9999999999999997e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  50 
 
 		 418 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  45.35 
 
 		 438 aa  336  5e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  45.26 
 
 		 455 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  43.58 
 
 		 409 aa  319  5e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  43.94 
 
 		 424 aa  317  3e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  48.49 
 
 		 462 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  48.49 
 
 		 413 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  46.72 
 
 		 400 aa  316  4e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  45.95 
 
 		 514 aa  313  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  47.95 
 
 		 434 aa  311  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  47.95 
 
 		 411 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  42.18 
 
 		 454 aa  307  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  39.79 
 
 		 421 aa  306  6e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  43.94 
 
 		 417 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  45.58 
 
 		 406 aa  304  2.0000000000000002e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  38.39 
 
 		 430 aa  302  9e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  42.01 
 
 		 428 aa  300  3e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  38.15 
 
 		 424 aa  300  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  38.15 
 
 		 424 aa  299  6e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  43.6 
 
 		 429 aa  299  7e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  43.17 
 
 		 425 aa  295  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  40.72 
 
 		 377 aa  293  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  46.34 
 
 		 392 aa  292  7e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3356  lytic murein transglycosylase  45.19 
 
 		 430 aa  292  8e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  45.53 
 
 		 393 aa  292  8e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  47.03 
 
 		 390 aa  292  9e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  42.74 
 
 		 410 aa  290  4e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  45.53 
 
 		 393 aa  290  4e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  39.9 
 
 		 439 aa  290  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  44.18 
 
 		 413 aa  289  7e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  39.81 
 
 		 464 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  43.94 
 
 		 429 aa  288  9e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  45.53 
 
 		 400 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  42.74 
 
 		 395 aa  287  2.9999999999999996e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  41.15 
 
 		 381 aa  286  4e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  37.76 
 
 		 438 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  36.97 
 
 		 433 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  37.73 
 
 		 438 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  43.39 
 
 		 413 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  39.89 
 
 		 395 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  41.46 
 
 		 398 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  47.78 
 
 		 391 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  42.86 
 
 		 464 aa  283  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  42.86 
 
 		 398 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  42.86 
 
 		 398 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  43.15 
 
 		 461 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.27 
 
 		 418 aa  281  1e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  38.11 
 
 		 411 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.44 
 
 		 434 aa  280  3e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  44.94 
 
 		 398 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  39.8 
 
 		 436 aa  279  6e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  45.45 
 
 		 398 aa  279  7e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0167  lytic murein transglycosylase  42.22 
 
 		 445 aa  279  7e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000010193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  42.86 
 
 		 469 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  42.67 
 
 		 418 aa  276  6e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  38.15 
 
 		 396 aa  276  7e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  41.54 
 
 		 422 aa  273  3e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  43.32 
 
 		 720 aa  274  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0662  lytic murein transglycosylase  38.19 
 
 		 433 aa  273  3e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00608172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  39.74 
 
 		 401 aa  274  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  37.91 
 
 		 395 aa  271  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  41.5 
 
 		 470 aa  271  2e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  41.23 
 
 		 481 aa  269  8.999999999999999e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  40.11 
 
 		 398 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  40.47 
 
 		 407 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  40.86 
 
 		 435 aa  268  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  40.47 
 
 		 407 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  41.37 
 
 		 451 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  40.11 
 
 		 404 aa  265  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  41.69 
 
 		 398 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  44.97 
 
 		 400 aa  262  8e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  43.49 
 
 		 423 aa  262  8e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  37.5 
 
 		 415 aa  261  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  39.2 
 
 		 412 aa  261  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  39.1 
 
 		 412 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>