More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3965 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3965  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 272 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4119  lytic murein transglycosylase  92.28 
 
 		 272 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1493  lytic murein transglycosylase  86.03 
 
 		 272 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0984  lytic murein transglycosylase  88.02 
 
 		 269 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000226187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2862  lytic murein transglycosylase  82.86 
 
 		 272 aa  427  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2438  lytic murein transglycosylase  79.45 
 
 		 272 aa  427  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0613542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6768  hypothetical protein  78.86 
 
 		 272 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0634342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4395  putative transglycolase  52.04 
 
 		 271 aa  276  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443848 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3366  lytic murein transglycosylase  49.81 
 
 		 283 aa  260  1e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3675  lytic murein transglycosylase  50 
 
 		 271 aa  246  3e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0608775 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3343  lytic murein transglycosylase  43.41 
 
 		 271 aa  199  5e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.263637  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3909  lytic murein transglycosylase  41.3 
 
 		 273 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.813736  normal  0.195532 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4233  lytic murein transglycosylase  42.35 
 
 		 290 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  45.22 
 
 		 442 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3183  lytic murein transglycosylase  43.98 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1075  lytic murein transglycosylase  41 
 
 		 275 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.179022  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1828  lytic murein transglycosylase, putative  40.61 
 
 		 275 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1759  putative lytic murein transglycosylase  40.61 
 
 		 275 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.89395  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  35.69 
 
 		 412 aa  194  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  35.92 
 
 		 412 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4364  hypothetical protein  40.82 
 
 		 316 aa  188  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.554925  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  45.18 
 
 		 422 aa  185  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  42.45 
 
 		 434 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  44.1 
 
 		 462 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  35.83 
 
 		 458 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  41.98 
 
 		 400 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  41.83 
 
 		 438 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  41.83 
 
 		 438 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  41.83 
 
 		 438 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  43.78 
 
 		 400 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  41.35 
 
 		 438 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  40 
 
 		 395 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  38.63 
 
 		 409 aa  177  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2920  lytic murein transglycosylase  39.65 
 
 		 396 aa  176  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495206  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  42.92 
 
 		 405 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  41.08 
 
 		 448 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2163  lytic murein transglycosylase, putative  39.61 
 
 		 267 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281139  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  41 
 
 		 407 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  36.74 
 
 		 381 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0836  lytic murein transglycosylase, putative  39.61 
 
 		 267 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0459329  normal  0.93917 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0825  membrane-bound lytic murein transglycosylase B-like protein  40.08 
 
 		 247 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.4948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  41.35 
 
 		 438 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  41.94 
 
 		 448 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  43.18 
 
 		 417 aa  172  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2113  lytic murein transglycosylase  41.01 
 
 		 405 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29233 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  42.53 
 
 		 407 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6390  putative lytic murein transglycosylase  40.48 
 
 		 254 aa  171  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.45 
 
 		 421 aa  171  9e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  39.91 
 
 		 415 aa  171  9e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  41.35 
 
 		 445 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  39.47 
 
 		 396 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  43.35 
 
 		 401 aa  170  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1158  hypothetical protein  38.72 
 
 		 273 aa  170  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.441792  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  42.15 
 
 		 455 aa  170  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  36.73 
 
 		 392 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0431  hypothetical protein  39.38 
 
 		 265 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0845206  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  44.34 
 
 		 418 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  42.49 
 
 		 413 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  42.74 
 
 		 393 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  41.35 
 
 		 445 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  44.33 
 
 		 377 aa  169  5e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  43.24 
 
 		 413 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  42.04 
 
 		 393 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  41.6 
 
 		 394 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  40.93 
 
 		 434 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  41.55 
 
 		 390 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  42.56 
 
 		 428 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0346  hypothetical protein  40.47 
 
 		 264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  40.45 
 
 		 474 aa  166  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  41.01 
 
 		 470 aa  166  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  41.67 
 
 		 395 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  42.4 
 
 		 421 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  41.35 
 
 		 457 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  40.39 
 
 		 454 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  40.78 
 
 		 430 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1178  hypothetical protein  38.89 
 
 		 261 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  38.92 
 
 		 439 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  39.64 
 
 		 437 aa  163  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  38.42 
 
 		 438 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  38.92 
 
 		 433 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  38.42 
 
 		 438 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1049  hypothetical protein  38.89 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.916678  normal  0.0196665 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  38.42 
 
 		 411 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  42.44 
 
 		 438 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  41.23 
 
 		 429 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  39.64 
 
 		 419 aa  161  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0024  lytic murein transglycosylase  39.06 
 
 		 330 aa  161  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567632  normal  0.0161595 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  37.93 
 
 		 436 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  39.73 
 
 		 466 aa  160  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2846  hypothetical protein  36.48 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3558  lytic murein transglycosylase  39.64 
 
 		 400 aa  160  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  39.22 
 
 		 398 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1019  hypothetical protein  35.46 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.658652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0994  hypothetical protein  39.61 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  41.01 
 
 		 417 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  40.47 
 
 		 418 aa  159  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2586  lytic murein transglycosylase  36.77 
 
 		 398 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443653 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3436  lytic murein transglycosylase  46.08 
 
 		 412 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.9 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  41.01 
 
 		 419 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>