More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1019 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1019  hypothetical protein  100 
 
 		 270 aa  558  1e-158  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.658652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2163  lytic murein transglycosylase, putative  63.64 
 
 		 267 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281139  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0836  lytic murein transglycosylase, putative  63.64 
 
 		 267 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0459329  normal  0.93917 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0825  membrane-bound lytic murein transglycosylase B-like protein  65.57 
 
 		 247 aa  344  8e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.4948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1158  hypothetical protein  59.93 
 
 		 273 aa  318  7e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.441792  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3343  lytic murein transglycosylase  55.13 
 
 		 271 aa  296  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.263637  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3909  lytic murein transglycosylase  52.77 
 
 		 273 aa  285  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.813736  normal  0.195532 
 
 
-
 
NC_004310  BR1828  lytic murein transglycosylase, putative  52.09 
 
 		 275 aa  275  4e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1759  putative lytic murein transglycosylase  52.09 
 
 		 275 aa  275  4e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.89395  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4233  lytic murein transglycosylase  52.36 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1075  lytic murein transglycosylase  50.95 
 
 		 275 aa  267  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.179022  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6390  putative lytic murein transglycosylase  53.25 
 
 		 254 aa  265  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4364  hypothetical protein  51.85 
 
 		 316 aa  262  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.554925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2079  hypothetical protein  52.48 
 
 		 266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0289282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0431  hypothetical protein  50.59 
 
 		 265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0845206  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0994  hypothetical protein  53.01 
 
 		 261 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3674  hypothetical protein  49.06 
 
 		 272 aa  251  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0658375 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3183  lytic murein transglycosylase  50.62 
 
 		 273 aa  250  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0346  hypothetical protein  52.03 
 
 		 264 aa  249  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1049  hypothetical protein  53.66 
 
 		 265 aa  248  9e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.916678  normal  0.0196665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1178  hypothetical protein  53.66 
 
 		 261 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1493  lytic murein transglycosylase  36.06 
 
 		 272 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3366  lytic murein transglycosylase  36.36 
 
 		 283 aa  165  8e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4395  putative transglycolase  34.44 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443848 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4119  lytic murein transglycosylase  36.84 
 
 		 272 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6768  hypothetical protein  36.84 
 
 		 272 aa  161  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0634342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2438  lytic murein transglycosylase  34.13 
 
 		 272 aa  160  3e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0613542 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3965  lytic murein transglycosylase  35.22 
 
 		 272 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3675  lytic murein transglycosylase  35.91 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0608775 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0984  lytic murein transglycosylase  34.73 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000226187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2862  lytic murein transglycosylase  34.01 
 
 		 272 aa  149  7e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  38.76 
 
 		 417 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  38.6 
 
 		 417 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  38.28 
 
 		 419 aa  142  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  38.28 
 
 		 421 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  34.4 
 
 		 428 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  36.4 
 
 		 474 aa  136  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  34.65 
 
 		 394 aa  135  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  35.96 
 
 		 466 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1725  lytic murein transglycosylase  33.99 
 
 		 412 aa  135  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  32.44 
 
 		 381 aa  134  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  35.97 
 
 		 415 aa  133  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1864  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.21 
 
 		 370 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.498098 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1404  putative peptidoglycan-binding protein  33.33 
 
 		 372 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.671416  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  34.65 
 
 		 457 aa  128  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  32.75 
 
 		 438 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  33.19 
 
 		 438 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  33.19 
 
 		 438 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  36.32 
 
 		 412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  33.19 
 
 		 438 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  34.35 
 
 		 396 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  34.01 
 
 		 434 aa  125  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  32.86 
 
 		 455 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  33.97 
 
 		 425 aa  122  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2754  lytic murein transglycosylase  33.49 
 
 		 346 aa  122  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000102797  hitchhiker  0.000133589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  35.29 
 
 		 395 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  36.49 
 
 		 429 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  32.89 
 
 		 415 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  32.56 
 
 		 448 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  32.39 
 
 		 401 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  30.09 
 
 		 409 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  37.64 
 
 		 377 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  34.47 
 
 		 438 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 410 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  29.41 
 
 		 361 aa  119  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  36.04 
 
 		 390 aa  118  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2396  lytic murein transglycosylase  28.99 
 
 		 362 aa  118  9e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0276595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  32.42 
 
 		 427 aa  118  9e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  33.5 
 
 		 454 aa  118  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2008  lytic murein transglycosylase  28.99 
 
 		 362 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000275571  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  33.01 
 
 		 440 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  35.44 
 
 		 462 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  33 
 
 		 400 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  34.62 
 
 		 470 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 434 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0662  lytic murein transglycosylase  31.98 
 
 		 433 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00608172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  33.65 
 
 		 395 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2846  hypothetical protein  31.68 
 
 		 320 aa  115  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  32.52 
 
 		 432 aa  115  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  32.52 
 
 		 448 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  30.88 
 
 		 417 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2988  hypothetical protein  31.68 
 
 		 320 aa  115  8.999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  33.73 
 
 		 442 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.67 
 
 		 434 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  33.01 
 
 		 430 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  32.06 
 
 		 445 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  36.23 
 
 		 462 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  35.65 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0164  lytic murein transglycosylase  35.78 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  36.23 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1944  lytic murein transglycosylase  32.46 
 
 		 339 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.723266  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  34.12 
 
 		 412 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  35.08 
 
 		 437 aa  113  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  29.65 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  32.84 
 
 		 427 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  30.17 
 
 		 433 aa  112  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  30.91 
 
 		 438 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  30.77 
 
 		 438 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  30.63 
 
 		 411 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  30.91 
 
 		 436 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>