More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3183 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3183  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 273 aa  554  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4233  lytic murein transglycosylase  71.32 
 
 		 290 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3909  lytic murein transglycosylase  67.65 
 
 		 273 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.813736  normal  0.195532 
 
 
-
 
NC_004310  BR1828  lytic murein transglycosylase, putative  70.34 
 
 		 275 aa  389  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1759  putative lytic murein transglycosylase  70.34 
 
 		 275 aa  389  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.89395  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1075  lytic murein transglycosylase  68.44 
 
 		 275 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.179022  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4364  hypothetical protein  71.6 
 
 		 316 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.554925  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3343  lytic murein transglycosylase  67.82 
 
 		 271 aa  360  1e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.263637  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1049  hypothetical protein  65.31 
 
 		 265 aa  335  5e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.916678  normal  0.0196665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1178  hypothetical protein  65.31 
 
 		 261 aa  335  5e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0994  hypothetical protein  67.6 
 
 		 261 aa  331  6e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2079  hypothetical protein  67.48 
 
 		 266 aa  323  1e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0289282 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3674  hypothetical protein  60.84 
 
 		 272 aa  323  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0658375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0431  hypothetical protein  62.92 
 
 		 265 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0845206  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0346  hypothetical protein  63.2 
 
 		 264 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6390  putative lytic murein transglycosylase  58.8 
 
 		 254 aa  301  6.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0836  lytic murein transglycosylase, putative  57.31 
 
 		 267 aa  291  8e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0459329  normal  0.93917 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2163  lytic murein transglycosylase, putative  57.31 
 
 		 267 aa  291  8e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281139  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0825  membrane-bound lytic murein transglycosylase B-like protein  58.3 
 
 		 247 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.4948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1019  hypothetical protein  49.63 
 
 		 270 aa  270  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.658652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1158  hypothetical protein  52.19 
 
 		 273 aa  265  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.441792  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4395  putative transglycolase  46.59 
 
 		 271 aa  236  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443848 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3366  lytic murein transglycosylase  45.35 
 
 		 283 aa  231  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3675  lytic murein transglycosylase  46.79 
 
 		 271 aa  217  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0608775 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2438  lytic murein transglycosylase  43.08 
 
 		 272 aa  207  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0613542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1493  lytic murein transglycosylase  43.33 
 
 		 272 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2862  lytic murein transglycosylase  45.34 
 
 		 272 aa  206  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0984  lytic murein transglycosylase  44.96 
 
 		 269 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000226187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4119  lytic murein transglycosylase  43.33 
 
 		 272 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6768  hypothetical protein  44.35 
 
 		 272 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0634342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3965  lytic murein transglycosylase  43.51 
 
 		 272 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2754  lytic murein transglycosylase  38.25 
 
 		 346 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000102797  hitchhiker  0.000133589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  40.29 
 
 		 438 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  40.29 
 
 		 438 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  40.29 
 
 		 438 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  41.38 
 
 		 440 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  38.64 
 
 		 412 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  39.25 
 
 		 396 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  36.74 
 
 		 361 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2008  lytic murein transglycosylase  36.28 
 
 		 362 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000275571  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2396  lytic murein transglycosylase  36.28 
 
 		 362 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0276595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0164  lytic murein transglycosylase  40.85 
 
 		 389 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  37 
 
 		 349 aa  159  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  39.41 
 
 		 438 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  38.22 
 
 		 395 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  38.29 
 
 		 438 aa  156  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  37.72 
 
 		 390 aa  155  6e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  38.43 
 
 		 434 aa  155  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2586  lytic murein transglycosylase  38.84 
 
 		 398 aa  155  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443653 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  40.3 
 
 		 377 aa  155  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  38.92 
 
 		 395 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  37.27 
 
 		 412 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  35.98 
 
 		 427 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  39.41 
 
 		 445 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  34.51 
 
 		 409 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2920  lytic murein transglycosylase  38.7 
 
 		 396 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495206  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  41.26 
 
 		 470 aa  152  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  37.96 
 
 		 458 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  35.47 
 
 		 442 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  39.47 
 
 		 394 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2113  lytic murein transglycosylase  39.91 
 
 		 405 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29233 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  39.11 
 
 		 474 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  32.76 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  38.42 
 
 		 445 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  39.11 
 
 		 466 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  35.4 
 
 		 448 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  32.44 
 
 		 323 aa  148  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  37 
 
 		 462 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  36.95 
 
 		 428 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  39.42 
 
 		 415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  36.51 
 
 		 448 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01141  putative transglycosylase  35.27 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.629651  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  32.9 
 
 		 415 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  33.78 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  37.38 
 
 		 421 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  38.68 
 
 		 401 aa  146  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1069  hypothetical protein  33.78 
 
 		 324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.912642  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  34.22 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  35.75 
 
 		 417 aa  145  5e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  35.61 
 
 		 434 aa  145  8.000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  33.92 
 
 		 455 aa  145  9e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  38.53 
 
 		 457 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  36.59 
 
 		 395 aa  144  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 438 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2988  hypothetical protein  33.92 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  35.51 
 
 		 432 aa  142  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  33.18 
 
 		 438 aa  142  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  33.18 
 
 		 436 aa  142  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  33.18 
 
 		 411 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  35.32 
 
 		 407 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  34.48 
 
 		 433 aa  141  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2616  lytic murein transglycosylase  39.52 
 
 		 405 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.467141  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2846  hypothetical protein  33.48 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  37.32 
 
 		 417 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  36.33 
 
 		 434 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  35.84 
 
 		 437 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  34.96 
 
 		 421 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1725  lytic murein transglycosylase  35.24 
 
 		 412 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  36.41 
 
 		 419 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2801  lytic murein transglycosylase  31.73 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>