More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2586 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2586  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 398 aa  819    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443653 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0164  lytic murein transglycosylase  66.94 
 
 		 389 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  62.92 
 
 		 390 aa  498  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2920  lytic murein transglycosylase  53.55 
 
 		 396 aa  446  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495206  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2113  lytic murein transglycosylase  55.38 
 
 		 405 aa  434  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29233 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2876  lytic murein transglycosylase  56.64 
 
 		 405 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2616  lytic murein transglycosylase  55.56 
 
 		 405 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.467141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  52.71 
 
 		 394 aa  391  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1725  lytic murein transglycosylase  50.8 
 
 		 412 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1404  putative peptidoglycan-binding protein  51.34 
 
 		 372 aa  384  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.671416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  40.93 
 
 		 442 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  41.75 
 
 		 462 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  41.51 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  40.65 
 
 		 434 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  40.85 
 
 		 412 aa  276  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  39.21 
 
 		 412 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  38.54 
 
 		 438 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  38.54 
 
 		 438 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  38.54 
 
 		 438 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  38.27 
 
 		 440 aa  258  9e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  37.44 
 
 		 438 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  38.86 
 
 		 438 aa  253  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  37.33 
 
 		 445 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  37.77 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  35.49 
 
 		 395 aa  250  3e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  38.38 
 
 		 427 aa  250  4e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  36.8 
 
 		 445 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  36.87 
 
 		 448 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  37.6 
 
 		 421 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  35.89 
 
 		 434 aa  243  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  35.69 
 
 		 411 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  35.69 
 
 		 436 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  35.42 
 
 		 438 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  34.1 
 
 		 396 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  34.01 
 
 		 439 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  34.78 
 
 		 395 aa  238  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  34.78 
 
 		 424 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  35.42 
 
 		 438 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  32.75 
 
 		 409 aa  238  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  34.51 
 
 		 430 aa  237  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  34.33 
 
 		 424 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  33.7 
 
 		 377 aa  236  7e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  35.06 
 
 		 410 aa  235  9e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  34.6 
 
 		 433 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  37.33 
 
 		 419 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  37.33 
 
 		 417 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  36.7 
 
 		 418 aa  233  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  35.48 
 
 		 400 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  37.13 
 
 		 430 aa  229  6e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  34.63 
 
 		 395 aa  229  7e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  36.93 
 
 		 413 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  32.98 
 
 		 428 aa  228  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  33.92 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  34.78 
 
 		 401 aa  228  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  36.66 
 
 		 418 aa  228  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  36.66 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  35.6 
 
 		 409 aa  227  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  37.03 
 
 		 400 aa  226  6e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  31.96 
 
 		 421 aa  226  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  34.5 
 
 		 454 aa  225  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  33.42 
 
 		 417 aa  225  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  36.76 
 
 		 393 aa  222  7e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  34.93 
 
 		 422 aa  222  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  32.06 
 
 		 415 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  37.14 
 
 		 400 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  32.64 
 
 		 437 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  34.76 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  35.28 
 
 		 424 aa  220  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  34.49 
 
 		 398 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  32.88 
 
 		 455 aa  219  5e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  33.67 
 
 		 398 aa  219  6e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  34.13 
 
 		 404 aa  219  6e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  35.5 
 
 		 415 aa  219  6e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  33.67 
 
 		 398 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  35.6 
 
 		 417 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  36.49 
 
 		 393 aa  218  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  34.72 
 
 		 443 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  33.95 
 
 		 474 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  34.48 
 
 		 470 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  33.77 
 
 		 466 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  32.75 
 
 		 457 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  35.58 
 
 		 429 aa  209  7e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  36.59 
 
 		 392 aa  209  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  34.22 
 
 		 434 aa  207  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  33.79 
 
 		 438 aa  208  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0286  lytic murein transglycosylase  34.73 
 
 		 474 aa  207  3e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  34.05 
 
 		 720 aa  206  4e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  38.65 
 
 		 391 aa  206  7e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  36.47 
 
 		 486 aa  204  2e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  32.4 
 
 		 398 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  32.99 
 
 		 434 aa  203  4e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  34.51 
 
 		 432 aa  203  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  34.25 
 
 		 411 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  30.81 
 
 		 427 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  31.73 
 
 		 425 aa  200  5e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  33.7 
 
 		 462 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  33.7 
 
 		 413 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0167  lytic murein transglycosylase  32.61 
 
 		 445 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000010193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  32.54 
 
 		 406 aa  197  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  34.64 
 
 		 423 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>