More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4364 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4364  hypothetical protein  100 
 
 		 316 aa  652    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.554925  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4233  lytic murein transglycosylase  73.8 
 
 		 290 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3909  lytic murein transglycosylase  71.59 
 
 		 273 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.813736  normal  0.195532 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3183  lytic murein transglycosylase  71.55 
 
 		 273 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1828  lytic murein transglycosylase, putative  63.94 
 
 		 275 aa  358  8e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1759  putative lytic murein transglycosylase  63.94 
 
 		 275 aa  358  8e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.89395  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1075  lytic murein transglycosylase  61.71 
 
 		 275 aa  350  1e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.179022  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3343  lytic murein transglycosylase  64.52 
 
 		 271 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.263637  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0994  hypothetical protein  64.52 
 
 		 261 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1049  hypothetical protein  60.81 
 
 		 265 aa  316  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.916678  normal  0.0196665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1178  hypothetical protein  62.89 
 
 		 261 aa  315  9e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0431  hypothetical protein  58.8 
 
 		 265 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0845206  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3674  hypothetical protein  57.3 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0658375 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0346  hypothetical protein  60.32 
 
 		 264 aa  301  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2079  hypothetical protein  59.84 
 
 		 266 aa  299  5e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0289282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6390  putative lytic murein transglycosylase  54.33 
 
 		 254 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0836  lytic murein transglycosylase, putative  54.47 
 
 		 267 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0459329  normal  0.93917 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2163  lytic murein transglycosylase, putative  54.47 
 
 		 267 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281139  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1019  hypothetical protein  49.81 
 
 		 270 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.658652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0825  membrane-bound lytic murein transglycosylase B-like protein  54.47 
 
 		 247 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.4948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1158  hypothetical protein  50 
 
 		 273 aa  240  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.441792  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4395  putative transglycolase  41.39 
 
 		 271 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0443848 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3366  lytic murein transglycosylase  40.93 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.332711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2438  lytic murein transglycosylase  41.04 
 
 		 272 aa  193  3e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0613542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1493  lytic murein transglycosylase  41.86 
 
 		 272 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3675  lytic murein transglycosylase  42.17 
 
 		 271 aa  191  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0608775 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2862  lytic murein transglycosylase  41.63 
 
 		 272 aa  189  4e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0984  lytic murein transglycosylase  41.63 
 
 		 269 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000226187 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3965  lytic murein transglycosylase  40.65 
 
 		 272 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4119  lytic murein transglycosylase  40.24 
 
 		 272 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6768  hypothetical protein  40.65 
 
 		 272 aa  182  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0634342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0371  lytic murein transglycosylase  41.96 
 
 		 390 aa  176  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0164  lytic murein transglycosylase  41.31 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2113  lytic murein transglycosylase  41.18 
 
 		 405 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  38.46 
 
 		 434 aa  160  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  33.05 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2754  lytic murein transglycosylase  36.28 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000102797  hitchhiker  0.000133589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  37.93 
 
 		 438 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2920  lytic murein transglycosylase  37.14 
 
 		 396 aa  156  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495206  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2586  lytic murein transglycosylase  39.01 
 
 		 398 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000443653 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  34.91 
 
 		 409 aa  155  8e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  36.33 
 
 		 442 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  34.66 
 
 		 440 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  34.88 
 
 		 448 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  37.44 
 
 		 438 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  37.44 
 
 		 438 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  36.95 
 
 		 438 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4055  lytic murein transglycosylase  37.13 
 
 		 462 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15879  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2008  lytic murein transglycosylase  34.42 
 
 		 362 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000275571  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2396  lytic murein transglycosylase  34.42 
 
 		 362 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0276595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  35.86 
 
 		 448 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  36.8 
 
 		 458 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  33.95 
 
 		 361 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  40.3 
 
 		 415 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01141  putative transglycosylase  33.04 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.629651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  37.17 
 
 		 412 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  33.7 
 
 		 455 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  37.05 
 
 		 412 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2988  hypothetical protein  35.85 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  33.82 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  32.13 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  34.72 
 
 		 432 aa  143  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1404  putative peptidoglycan-binding protein  39.41 
 
 		 372 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.671416  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  34.6 
 
 		 438 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  37.81 
 
 		 377 aa  143  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  37.04 
 
 		 428 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  37.81 
 
 		 395 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2616  lytic murein transglycosylase  39.01 
 
 		 405 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.467141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  32.11 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  38.54 
 
 		 470 aa  142  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  34.47 
 
 		 445 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  34.6 
 
 		 436 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  35.82 
 
 		 438 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  35.82 
 
 		 411 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2846  hypothetical protein  35.38 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  35.96 
 
 		 434 aa  142  6e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  35.47 
 
 		 454 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  35.75 
 
 		 396 aa  142  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  35.96 
 
 		 438 aa  142  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  37.95 
 
 		 394 aa  142  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  37.38 
 
 		 395 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  33.99 
 
 		 417 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1069  hypothetical protein  32.77 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.912642  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  36 
 
 		 395 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  32.58 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  34.47 
 
 		 445 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2876  lytic murein transglycosylase  39.46 
 
 		 405 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1725  lytic murein transglycosylase  36.63 
 
 		 412 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  34.1 
 
 		 412 aa  139  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  36.24 
 
 		 457 aa  138  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  36.45 
 
 		 430 aa  139  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  34.13 
 
 		 381 aa  139  8.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  32.45 
 
 		 427 aa  138  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  37.73 
 
 		 415 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  35.27 
 
 		 421 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  34.45 
 
 		 429 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  39.22 
 
 		 401 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  35.24 
 
 		 474 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  35.58 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  35.09 
 
 		 421 aa  136  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>