More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4281 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4281  histidine kinase  100 
 
 
514 aa  994    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4100  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  49.19 
 
 
484 aa  375  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2790  histidine kinase  48.68 
 
 
499 aa  336  7e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.12989  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1205  histidine kinase  44.62 
 
 
548 aa  304  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4962  histidine kinase  36.29 
 
 
481 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.412893  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3198  histidine kinase  36.29 
 
 
481 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.474153  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4220  histidine kinase  35.39 
 
 
478 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.310357  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1551  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 
529 aa  160  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573003  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
512 aa  159  9e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1124  histidine kinase  34.55 
 
 
483 aa  157  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.7316  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3795  histidine kinase  36.4 
 
 
610 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
495 aa  149  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.18 
 
 
845 aa  146  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 
680 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  39.48 
 
 
358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
902 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.84 
 
 
727 aa  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  35.68 
 
 
356 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 
519 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.54 
 
 
1211 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  33.58 
 
 
1845 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
713 aa  136  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 
608 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  30.38 
 
 
1710 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
632 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
632 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
632 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.37 
 
 
503 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
351 aa  134  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  33.19 
 
 
357 aa  134  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  33.2 
 
 
1744 aa  134  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0515  histidine kinase  33.57 
 
 
299 aa  134  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.80747 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  31.07 
 
 
635 aa  134  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  34.68 
 
 
1822 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
636 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1552  histidine kinase  35.77 
 
 
382 aa  131  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0041  sensor histidine kinase  34.39 
 
 
356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2537  two-component hybrid sensor and regulator  35.59 
 
 
225 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.88 
 
 
461 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 
640 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 
494 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
862 aa  130  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
799 aa  130  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0037  sensor histidine kinase  33.99 
 
 
337 aa  129  9.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 
1000 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  34.57 
 
 
512 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  33.33 
 
 
355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
1211 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
515 aa  128  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  31.98 
 
 
406 aa  128  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
484 aa  127  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 
511 aa  126  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 
689 aa  126  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4539  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.66 
 
 
637 aa  126  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0810573  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
975 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 
803 aa  126  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
838 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
707 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
398 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 
748 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
871 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  31.71 
 
 
1833 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.18 
 
 
510 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  31.05 
 
 
1712 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
510 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
796 aa  123  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  36.67 
 
 
630 aa  123  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 
630 aa  123  7e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
851 aa  123  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
501 aa  123  8e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
848 aa  123  9e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  36.86 
 
 
857 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
838 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
848 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
838 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
810 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0643  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtB  32.82 
 
 
789 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.787041  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
870 aa  123  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1457  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 
618 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.798107  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
838 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
838 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1417  sensor histidine kinase  31.23 
 
 
601 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  32.85 
 
 
1685 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
553 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
838 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1248  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
628 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  31.34 
 
 
355 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
963 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  32.02 
 
 
1697 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1096  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.35 
 
 
634 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
729 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
838 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2089  histidine kinase  29.94 
 
 
596 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  33.82 
 
 
1685 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
845 aa  121  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
848 aa  121  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
708 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 
842 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
471 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>