More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1124 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1124  histidine kinase  100 
 
 
483 aa  936    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.7316  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.86 
 
 
512 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1551  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 
529 aa  222  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573003  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1620  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.57 
 
 
559 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.96029  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
842 aa  154  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.14 
 
 
457 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1205  histidine kinase  34.43 
 
 
548 aa  149  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.17 
 
 
858 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4100  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
484 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2979  histidine kinase  34.92 
 
 
622 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0797138 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  38.33 
 
 
857 aa  143  5e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4281  histidine kinase  34.35 
 
 
514 aa  143  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.57 
 
 
519 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.91 
 
 
494 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4177  histidine kinase  35.29 
 
 
620 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.661658  normal  0.571454 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 
870 aa  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
871 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.55 
 
 
845 aa  140  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 
666 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2718  histidine kinase  33.91 
 
 
623 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.17 
 
 
379 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
511 aa  139  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 
508 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 
510 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.13 
 
 
661 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.24 
 
 
519 aa  137  5e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 
502 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0302487  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1970  histidine kinase  38.66 
 
 
502 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.7 
 
 
461 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 
534 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3795  histidine kinase  33.93 
 
 
610 aa  136  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 
500 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 
527 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 
513 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.17 
 
 
501 aa  134  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1167  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
551 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.13 
 
 
634 aa  134  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1457  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 
618 aa  133  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.798107  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 
512 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
503 aa  133  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0343  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
689 aa  133  9e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.135812 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 
632 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
515 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  39.37 
 
 
512 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 
632 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 
632 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
630 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
733 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  34.47 
 
 
1845 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
526 aa  130  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
553 aa  130  7.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1993  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.39 
 
 
457 aa  130  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.61631  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
729 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0184  histidine kinase  33.33 
 
 
604 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.981711  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 
661 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 
661 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
513 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
851 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
473 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.26 
 
 
524 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
398 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
692 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 
635 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0131  histidine kinase  36.47 
 
 
630 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399979  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1413  ATPase domain-containing protein  32.81 
 
 
603 aa  128  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0324  sensory box histidine kinase, putative  38.27 
 
 
433 aa  127  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 
662 aa  127  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1360  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 
603 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1425  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 
603 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.524026  normal  0.827969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
472 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  32.17 
 
 
600 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  31.14 
 
 
1710 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
510 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1697  histidine kinase  32.46 
 
 
317 aa  126  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000828952  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0813  histidine kinase  31.31 
 
 
587 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  35.23 
 
 
1836 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 
491 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 
640 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
501 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.75 
 
 
597 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0801303  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2388  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
552 aa  125  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.245714  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3935  histidine kinase  33.18 
 
 
667 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707276  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0368  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.19 
 
 
620 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
602 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0079  histidine kinase  33.47 
 
 
710 aa  124  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.480201  normal  0.629381 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
631 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0267  histidine kinase  32.1 
 
 
517 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0229879 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0282  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 
494 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
763 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
803 aa  124  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  34.07 
 
 
355 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 
838 aa  123  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
514 aa  123  6e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  33.87 
 
 
355 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 
636 aa  123  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0750  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
390 aa  123  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.87 
 
 
963 aa  123  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1054  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
552 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000699137 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
506 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1775  histidine kinase  34.82 
 
 
615 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.520686  normal  0.0542298 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>