More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1417 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2281  histidine kinase  58.92 
 
 		 558 aa  650    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.278764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1417  sensor histidine kinase  100 
 
 		 601 aa  1239    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2089  histidine kinase  56.06 
 
 		 596 aa  649    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1970  histidine kinase  54.64 
 
 		 576 aa  624  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.12135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2400  sensor histidine kinase  50.86 
 
 		 608 aa  598  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.774596  normal  0.752012 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  35.19 
 
 		 630 aa  281  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  30.07 
 
 		 600 aa  271  4e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003035  tetrathionate reductase sensory transduction histidine kinase  29.78 
 
 		 607 aa  254  3e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0535  histidine kinase  28.01 
 
 		 602 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0610  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 626 aa  250  4e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0452  histidine kinase  28.11 
 
 		 603 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0479  histidine kinase  28.12 
 
 		 603 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0437  histidine kinase  27.49 
 
 		 607 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0468  histidine kinase  28.12 
 
 		 603 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3696  histidine kinase  27.64 
 
 		 592 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3861  histidine kinase  28.29 
 
 		 603 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  26.78 
 
 		 607 aa  243  6e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4155  sensor histidine kinase  28.17 
 
 		 601 aa  243  7e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3182  sensor histidine kinase  28.57 
 
 		 609 aa  239  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 		 613 aa  234  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3040  histidine kinase  27.82 
 
 		 594 aa  232  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1998  histidine kinase  27.77 
 
 		 617 aa  228  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1066  histidine kinase  30.52 
 
 		 585 aa  222  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3676  histidine kinase  30.25 
 
 		 682 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3733  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 		 645 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0592  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 		 644 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.307601  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0665  histidine kinase  30.02 
 
 		 670 aa  218  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0636  ATPase domain-containing protein  30.07 
 
 		 662 aa  218  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000455288 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  30.45 
 
 		 582 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  30.45 
 
 		 582 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  30.45 
 
 		 582 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  30.63 
 
 		 582 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3859  histidine kinase  29.42 
 
 		 671 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  30.27 
 
 		 582 aa  216  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0636  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 682 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000492691 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0900  sensor kinase  27.99 
 
 		 565 aa  214  3.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 662 aa  150  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 		 799 aa  146  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 		 902 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 		 501 aa  144  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 		 871 aa  143  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 		 680 aa  143  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 651 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 		 513 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 727 aa  140  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 		 519 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 		 842 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 		 802 aa  138  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  34.5 
 
 		 857 aa  137  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 		 503 aa  137  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 		 870 aa  136  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 		 858 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 		 457 aa  135  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 		 810 aa  134  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  36.14 
 
 		 511 aa  133  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  33.82 
 
 		 623 aa  133  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  30.37 
 
 		 835 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  30.37 
 
 		 879 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  30.37 
 
 		 879 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  30.37 
 
 		 885 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  30.37 
 
 		 885 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  30.37 
 
 		 835 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  30.37 
 
 		 835 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  30.37 
 
 		 846 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 		 494 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 		 713 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 		 845 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 		 471 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 632 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 		 512 aa  128  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 632 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 632 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1439  Signal transduction histidine kinase sensor  23.57 
 
 		 713 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.510885 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1723  histidine kinase  30.77 
 
 		 608 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.10547 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2911  ATPase domain-containing protein  32.43 
 
 		 613 aa  127  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 		 692 aa  127  7e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 838 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1096  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 		 634 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 		 873 aa  126  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  30.47 
 
 		 594 aa  126  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 		 838 aa  126  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.26 
 
 		 838 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.26 
 
 		 838 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 		 398 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.44 
 
 		 975 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.26 
 
 		 838 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2212  putative two-component sensor histidine kinase protein  33.83 
 
 		 600 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 		 841 aa  125  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1443  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 		 607 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  32.92 
 
 		 356 aa  124  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 838 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 		 838 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0184  histidine kinase  31.85 
 
 		 604 aa  124  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.981711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 		 657 aa  124  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 		 841 aa  124  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 		 856 aa  124  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.14 
 
 		 501 aa  124  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.04 
 
 		 733 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>