More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2281 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2281  histidine kinase  100 
 
 
558 aa  1145    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.278764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1417  sensor histidine kinase  58.92 
 
 
601 aa  674    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2089  histidine kinase  60.28 
 
 
596 aa  700    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1970  histidine kinase  59.97 
 
 
576 aa  717    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.12135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2400  sensor histidine kinase  53.25 
 
 
608 aa  595  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.774596  normal  0.752012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  30.43 
 
 
600 aa  268  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003035  tetrathionate reductase sensory transduction histidine kinase  29.66 
 
 
607 aa  248  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1998  histidine kinase  30.05 
 
 
617 aa  244  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4155  sensor histidine kinase  28.79 
 
 
601 aa  241  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0452  histidine kinase  28.72 
 
 
603 aa  240  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  31.79 
 
 
630 aa  239  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  28.4 
 
 
607 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0437  histidine kinase  28.37 
 
 
607 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3696  histidine kinase  28.55 
 
 
592 aa  238  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0535  histidine kinase  28.72 
 
 
602 aa  237  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1066  histidine kinase  30.85 
 
 
585 aa  237  5.0000000000000005e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3040  histidine kinase  29.09 
 
 
594 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3861  histidine kinase  28.37 
 
 
603 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0479  histidine kinase  28.34 
 
 
603 aa  233  5e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0468  histidine kinase  28.34 
 
 
603 aa  232  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0610  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
626 aa  231  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 
613 aa  228  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3182  sensor histidine kinase  29.21 
 
 
609 aa  228  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  29.08 
 
 
582 aa  220  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  28.9 
 
 
582 aa  219  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  28.73 
 
 
582 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  28.55 
 
 
582 aa  216  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  28.55 
 
 
582 aa  216  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3859  histidine kinase  28.96 
 
 
671 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3676  histidine kinase  29.39 
 
 
682 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0665  histidine kinase  29.05 
 
 
670 aa  211  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3733  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 
645 aa  210  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0592  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 
644 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.307601  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0636  ATPase domain-containing protein  29.38 
 
 
662 aa  206  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000455288 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0900  sensor kinase  27.89 
 
 
565 aa  204  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0636  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 
682 aa  200  6e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000492691 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.59 
 
 
802 aa  143  8e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
519 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
902 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.44 
 
 
503 aa  136  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
511 aa  136  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.18 
 
 
494 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 
513 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 
810 aa  132  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
680 aa  131  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4100  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
484 aa  131  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 
501 aa  130  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  33.08 
 
 
885 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  33.08 
 
 
835 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  33.83 
 
 
879 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  33.83 
 
 
879 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  33.08 
 
 
835 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  33.08 
 
 
835 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  33.08 
 
 
885 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 
508 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
524 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 
527 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  32.71 
 
 
846 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
510 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
513 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
461 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
510 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
862 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1205  histidine kinase  31.98 
 
 
548 aa  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 
838 aa  127  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 
636 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
501 aa  127  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
398 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 
857 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
856 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 
857 aa  126  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
799 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 
848 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
838 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
873 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 
848 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  34.29 
 
 
1837 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
838 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 
457 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
838 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 
692 aa  124  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
838 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.08 
 
 
515 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 
838 aa  124  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
838 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
848 aa  124  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  34.68 
 
 
512 aa  124  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
729 aa  123  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
473 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3994  sensor histidine kinase  32.95 
 
 
585 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0892776 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
862 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  32.82 
 
 
623 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
662 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 
727 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  30.51 
 
 
600 aa  122  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  32.11 
 
 
356 aa  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0582  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
587 aa  121  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
871 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
498 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>