More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3516 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4155  sensor histidine kinase  92.32 
 
 
601 aa  1150    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0610  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.3 
 
 
626 aa  793    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0479  histidine kinase  88.33 
 
 
603 aa  1112    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0452  histidine kinase  88.87 
 
 
603 aa  1118    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.02 
 
 
613 aa  820    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3861  histidine kinase  88.33 
 
 
603 aa  1113    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0468  histidine kinase  88.33 
 
 
603 aa  1112    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  100 
 
 
607 aa  1254    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0437  histidine kinase  98.51 
 
 
607 aa  1229    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3696  histidine kinase  94.92 
 
 
592 aa  1168    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3182  sensor histidine kinase  56.97 
 
 
609 aa  660    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0535  histidine kinase  87.38 
 
 
602 aa  1080    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3040  histidine kinase  52.11 
 
 
594 aa  617  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1998  histidine kinase  52.02 
 
 
617 aa  617  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003035  tetrathionate reductase sensory transduction histidine kinase  38.09 
 
 
607 aa  424  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0665  histidine kinase  37.4 
 
 
670 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3733  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 
645 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0592  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 
644 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.307601  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3676  histidine kinase  36.71 
 
 
682 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3859  histidine kinase  36.54 
 
 
671 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0636  ATPase domain-containing protein  38.08 
 
 
662 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000455288 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0636  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.14 
 
 
682 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000492691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1066  histidine kinase  31.76 
 
 
585 aa  278  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  32.47 
 
 
582 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  32.18 
 
 
582 aa  270  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  32.07 
 
 
582 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  32.07 
 
 
582 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  32.01 
 
 
582 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2089  histidine kinase  29.18 
 
 
596 aa  251  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1417  sensor histidine kinase  26.78 
 
 
601 aa  243  6e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  29.78 
 
 
600 aa  240  6.999999999999999e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  31.36 
 
 
630 aa  238  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0900  sensor kinase  27.9 
 
 
565 aa  236  6e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1970  histidine kinase  28.93 
 
 
576 aa  236  8e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.12135 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2281  histidine kinase  28.4 
 
 
558 aa  231  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.278764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2400  sensor histidine kinase  27.35 
 
 
608 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.774596  normal  0.752012 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1439  Signal transduction histidine kinase sensor  26.33 
 
 
713 aa  193  1e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.510885 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 
802 aa  157  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  25.85 
 
 
651 aa  157  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 
763 aa  156  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0337162  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.31 
 
 
1287 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 
732 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
862 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 
871 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.85 
 
 
1082 aa  133  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
858 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
842 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.21 
 
 
932 aa  131  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.77 
 
 
857 aa  130  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  29.85 
 
 
1028 aa  130  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 
870 aa  130  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
845 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
810 aa  128  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.27 
 
 
1038 aa  126  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
632 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
632 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
632 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 
856 aa  123  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 
680 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
862 aa  121  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2151  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.52 
 
 
963 aa  122  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614764  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
848 aa  121  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.664527  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 
733 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.43 
 
 
667 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
471 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1775  histidine kinase  33.08 
 
 
615 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.520686  normal  0.0542298 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  32.18 
 
 
879 aa  118  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  32.18 
 
 
879 aa  118  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  32.18 
 
 
885 aa  118  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  32.18 
 
 
846 aa  118  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  32.18 
 
 
885 aa  118  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.76 
 
 
495 aa  118  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  32.18 
 
 
835 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  32.18 
 
 
835 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  32.18 
 
 
835 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
553 aa  117  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.93 
 
 
857 aa  117  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 
524 aa  117  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2673  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 
873 aa  117  8.999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0861202  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 
461 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
857 aa  116  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
841 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 
799 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 
841 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
838 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
846 aa  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145258  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 
666 aa  115  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  34.62 
 
 
600 aa  115  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1723  histidine kinase  27.05 
 
 
608 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.10547 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1269  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
839 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.834147 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
848 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
838 aa  114  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
848 aa  114  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
975 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3050  PAS sensor protein  32.13 
 
 
653 aa  113  8.000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
838 aa  113  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
838 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  30 
 
 
1710 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
658 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
838 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>