More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1970 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2089  histidine kinase  56.47 
 
 		 596 aa  655    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1970  histidine kinase  100 
 
 		 576 aa  1181    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.12135 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2281  histidine kinase  59.97 
 
 		 558 aa  692    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.278764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1417  sensor histidine kinase  54.64 
 
 		 601 aa  624  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2400  sensor histidine kinase  51.74 
 
 		 608 aa  560  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.774596  normal  0.752012 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3040  histidine kinase  28.96 
 
 		 594 aa  259  1e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  29.89 
 
 		 600 aa  246  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  32.01 
 
 		 630 aa  244  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003035  tetrathionate reductase sensory transduction histidine kinase  31.77 
 
 		 607 aa  242  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0535  histidine kinase  29.29 
 
 		 602 aa  242  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 		 613 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0479  histidine kinase  29.3 
 
 		 603 aa  237  4e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0452  histidine kinase  29.12 
 
 		 603 aa  237  4e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3696  histidine kinase  28.93 
 
 		 592 aa  237  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4155  sensor histidine kinase  29.11 
 
 		 601 aa  236  8e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  28.93 
 
 		 607 aa  236  8e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0437  histidine kinase  28.57 
 
 		 607 aa  236  9e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0592  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 		 644 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.307601  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3733  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 		 645 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3861  histidine kinase  29.3 
 
 		 603 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0610  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.62 
 
 		 626 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0468  histidine kinase  29.12 
 
 		 603 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3859  histidine kinase  31.34 
 
 		 671 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3676  histidine kinase  30.99 
 
 		 682 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1998  histidine kinase  27.56 
 
 		 617 aa  226  7e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0665  histidine kinase  30.74 
 
 		 670 aa  226  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0636  ATPase domain-containing protein  30.6 
 
 		 662 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000455288 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1066  histidine kinase  30.68 
 
 		 585 aa  217  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3182  sensor histidine kinase  28.2 
 
 		 609 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0636  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.85 
 
 		 682 aa  216  9e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000492691 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0900  sensor kinase  27.59 
 
 		 565 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  29.03 
 
 		 582 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  29.03 
 
 		 582 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  28.37 
 
 		 582 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  28.67 
 
 		 582 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  28.37 
 
 		 582 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.22 
 
 		 802 aa  139  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 		 902 aa  137  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 519 aa  134  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 		 501 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4097  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 		 766 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4002  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 		 765 aa  130  9.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0248889  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  28.41 
 
 		 651 aa  130  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 		 680 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 		 841 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 		 508 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 		 501 aa  128  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 		 398 aa  128  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  35.55 
 
 		 511 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 		 503 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07091  histidine kinase  31.27 
 
 		 637 aa  127  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 		 457 aa  127  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  31.75 
 
 		 846 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 		 862 aa  126  9e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 		 838 aa  126  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 		 471 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 		 838 aa  126  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 		 838 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1080  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 585 aa  125  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.572324  normal  0.76853 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 		 473 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 841 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  32.12 
 
 		 857 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 		 513 aa  125  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 858 aa  125  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.08 
 
 		 461 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 838 aa  125  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001013  signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 		 624 aa  124  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 		 838 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  33.47 
 
 		 835 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 534 aa  124  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  33.47 
 
 		 835 aa  124  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  33.47 
 
 		 835 aa  124  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 		 494 aa  124  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  33.47 
 
 		 885 aa  124  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 838 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  33.47 
 
 		 885 aa  124  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 838 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  33.47 
 
 		 879 aa  123  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  33.47 
 
 		 879 aa  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 		 842 aa  124  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 		 838 aa  124  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 		 484 aa  123  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4764  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 560 aa  123  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  30.52 
 
 		 600 aa  123  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 662 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.78 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 		 515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1731  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 621 aa  122  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.144225  normal  0.746753 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 		 408 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 		 810 aa  122  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  33.06 
 
 		 811 aa  121  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1620  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 		 559 aa  121  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.96029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  33.19 
 
 		 1837 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 		 871 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 		 500 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.76 
 
 		 727 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1439  Signal transduction histidine kinase sensor  23.99 
 
 		 713 aa  120  6e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.510885 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 		 526 aa  120  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.04 
 
 		 799 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 		 471 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>