More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4066 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4155  sensor histidine kinase  64.9 
 
 		 601 aa  810    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0452  histidine kinase  67.01 
 
 		 603 aa  810    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0468  histidine kinase  66.72 
 
 		 603 aa  808    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0479  histidine kinase  66.9 
 
 		 603 aa  808    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0535  histidine kinase  65.82 
 
 		 602 aa  817    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 613 aa  1276    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3861  histidine kinase  66.72 
 
 		 603 aa  809    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0610  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  69.15 
 
 		 626 aa  840    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  65.02 
 
 		 607 aa  820    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0437  histidine kinase  64.8 
 
 		 607 aa  821    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3696  histidine kinase  66.5 
 
 		 592 aa  820    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1998  histidine kinase  52.09 
 
 		 617 aa  627  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3182  sensor histidine kinase  53.21 
 
 		 609 aa  618  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3040  histidine kinase  50.41 
 
 		 594 aa  608  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003035  tetrathionate reductase sensory transduction histidine kinase  36.02 
 
 		 607 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0636  ATPase domain-containing protein  35.56 
 
 		 662 aa  395  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000455288 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0665  histidine kinase  34.52 
 
 		 670 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0592  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 		 644 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.307601  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3733  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 		 645 aa  379  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3676  histidine kinase  33.73 
 
 		 682 aa  379  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3859  histidine kinase  33.73 
 
 		 671 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0636  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 		 682 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000492691 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  30.95 
 
 		 582 aa  274  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  30.77 
 
 		 582 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  30.77 
 
 		 582 aa  273  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  30.77 
 
 		 582 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  30.77 
 
 		 582 aa  272  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1066  histidine kinase  30.16 
 
 		 585 aa  260  5.0000000000000005e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  29.72 
 
 		 600 aa  249  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0900  sensor kinase  29.6 
 
 		 565 aa  243  7e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  30.6 
 
 		 630 aa  242  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2089  histidine kinase  28.98 
 
 		 596 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1970  histidine kinase  28.11 
 
 		 576 aa  241  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.12135 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1417  sensor histidine kinase  26.77 
 
 		 601 aa  234  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2281  histidine kinase  28.42 
 
 		 558 aa  216  8e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.278764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2400  sensor histidine kinase  25.93 
 
 		 608 aa  195  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.774596  normal  0.752012 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1439  Signal transduction histidine kinase sensor  24.21 
 
 		 713 aa  187  5e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.510885 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.61 
 
 		 763 aa  164  6e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0337162  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 651 aa  153  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.1 
 
 		 802 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.91 
 
 		 932 aa  137  5e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 		 870 aa  136  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 		 858 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 		 871 aa  134  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 		 842 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000528528  normal  0.017184 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 		 732 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  34.29 
 
 		 857 aa  131  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.08 
 
 		 1038 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 		 838 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 		 841 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 838 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1645  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 810 aa  120  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.321761 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 838 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3050  PAS sensor protein  32.44 
 
 		 653 aa  120  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 		 862 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1775  histidine kinase  31.99 
 
 		 615 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.520686  normal  0.0542298 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 		 879 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 		 885 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 		 879 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 		 835 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 		 838 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 		 885 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2151  Hpt sensor hybrid histidine kinase  23.86 
 
 		 963 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614764  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 		 838 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 		 835 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 		 835 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 838 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 		 846 aa  118  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 		 838 aa  118  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 		 838 aa  118  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 		 845 aa  118  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  29.62 
 
 		 1028 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 902 aa  117  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.27 
 
 		 1082 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27 
 
 		 680 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.96 
 
 		 841 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 		 553 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.04 
 
 		 498 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3725  oligo_U binding protein TBRGG1  29.28 
 
 		 296 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 		 862 aa  114  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508108  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 		 1287 aa  114  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 		 662 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 		 727 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 		 519 aa  111  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 		 848 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 		 708 aa  110  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 		 461 aa  111  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 		 848 aa  110  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4177  histidine kinase  31.02 
 
 		 620 aa  110  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.661658  normal  0.571454 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0184  histidine kinase  27.78 
 
 		 604 aa  110  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.981711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 		 857 aa  109  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 632 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 632 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 632 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1436  histidine kinase  28.8 
 
 		 617 aa  109  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.68 
 
 		 667 aa  108  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  29 
 
 		 600 aa  108  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 		 398 aa  108  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>