More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3050 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3050  PAS sensor protein  100 
 
 
653 aa  1326    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.78 
 
 
500 aa  167  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 
515 aa  159  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1436  histidine kinase  35.69 
 
 
617 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.98 
 
 
503 aa  156  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.74 
 
 
519 aa  154  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  28.67 
 
 
1845 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 
632 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 
632 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 
632 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  34.43 
 
 
635 aa  151  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
501 aa  151  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  40.42 
 
 
1837 aa  150  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
886 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68230  two-component sensor  31.75 
 
 
612 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0604681 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  30.19 
 
 
1833 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.86 
 
 
875 aa  148  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
553 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0914  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 
771 aa  148  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5904  two-component sensor  31.75 
 
 
599 aa  147  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.56 
 
 
513 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09680  putative two-component sensor  36 
 
 
758 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280017  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
513 aa  146  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
763 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
748 aa  145  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
851 aa  144  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5398  sensor histidine kinase  33.33 
 
 
602 aa  144  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 
845 aa  144  7e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0184  histidine kinase  33.58 
 
 
604 aa  143  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.981711  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
471 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 
630 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 
733 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.18 
 
 
512 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0289  histidine kinase  30.42 
 
 
604 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  29.44 
 
 
512 aa  142  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
692 aa  141  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 
501 aa  141  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0643  putative phosphoglycerate transport regulatory protein PgtB  32.42 
 
 
789 aa  140  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.787041  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
515 aa  141  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
534 aa  141  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
510 aa  141  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
729 aa  140  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
398 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 
473 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 
524 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 
713 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  33.93 
 
 
623 aa  139  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 
457 aa  139  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2752  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
790 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.296957  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
511 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 
508 aa  138  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  31.49 
 
 
600 aa  137  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
510 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
658 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2684  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
790 aa  137  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.181239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0264  sensor histidine kinase  33.58 
 
 
604 aa  137  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0204811 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 
1000 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 
796 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4293  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
604 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.536405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0279  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
604 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
640 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 
759 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.23 
 
 
351 aa  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  33.33 
 
 
811 aa  135  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.6 
 
 
494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4946  histidine kinase  33.21 
 
 
604 aa  135  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000919995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0131  histidine kinase  31.97 
 
 
630 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399979  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
495 aa  134  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
657 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
666 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 
975 aa  134  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0478  histidine kinase  34.95 
 
 
616 aa  134  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.936007 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 
526 aa  134  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0229  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 
668 aa  134  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.930854  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
527 aa  134  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  34.21 
 
 
1744 aa  134  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
498 aa  134  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  33.99 
 
 
1682 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0331  C4-dicarboxylate transport sensor kinase transcription regulator protein  34.05 
 
 
665 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4937  sensor histidine kinase  34.31 
 
 
604 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1815  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
583 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.308963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
461 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  35.06 
 
 
356 aa  131  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
963 aa  131  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0288  histidine kinase  32.48 
 
 
604 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.709645 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 
484 aa  132  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004046  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system  31.27 
 
 
601 aa  132  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0733416  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1104  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 
394 aa  132  3e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  36.24 
 
 
1822 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0519  histidine kinase  32.62 
 
 
666 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541835  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
624 aa  131  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.469623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
608 aa  130  6e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
471 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
636 aa  130  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
683 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1076  sensor histidine kinase  35.14 
 
 
395 aa  130  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
739 aa  130  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.08 
 
 
634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
871 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3935  histidine kinase  31.84 
 
 
667 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707276  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>