169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3725 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3725  oligo_U binding protein TBRGG1  100 
 
 
296 aa  609  1e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.39 
 
 
294 aa  287  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000528528  normal  0.017184 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  29.1 
 
 
651 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.85 
 
 
802 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
763 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0337162  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
732 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.62 
 
 
1287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.52 
 
 
932 aa  130  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0610  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 
626 aa  126  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.92 
 
 
1038 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.93 
 
 
1082 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 
613 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0535  histidine kinase  27.69 
 
 
602 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.2 
 
 
1452 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003035  tetrathionate reductase sensory transduction histidine kinase  25.76 
 
 
607 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1066  histidine kinase  23.86 
 
 
585 aa  112  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0452  histidine kinase  27.2 
 
 
603 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0479  histidine kinase  27.97 
 
 
603 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0468  histidine kinase  26.95 
 
 
603 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3861  histidine kinase  27.97 
 
 
603 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1417  sensor histidine kinase  25.45 
 
 
601 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  27.41 
 
 
630 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  26.82 
 
 
607 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3040  histidine kinase  26.92 
 
 
594 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3696  histidine kinase  26.44 
 
 
592 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  25.74 
 
 
600 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0437  histidine kinase  26.44 
 
 
607 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4155  sensor histidine kinase  25.57 
 
 
601 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3182  sensor histidine kinase  24.9 
 
 
609 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.76 
 
 
1050 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0095  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  30.12 
 
 
534 aa  99.8  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.360671  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.18 
 
 
667 aa  99.8  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  26.38 
 
 
582 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  26.38 
 
 
582 aa  99.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  26.38 
 
 
582 aa  99.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  25.93 
 
 
1028 aa  99  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1998  histidine kinase  24.54 
 
 
617 aa  99  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  26.38 
 
 
582 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2089  histidine kinase  23 
 
 
596 aa  99  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  25.96 
 
 
582 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  27.04 
 
 
821 aa  92.8  6e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0665  histidine kinase  25.09 
 
 
670 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2281  histidine kinase  21.77 
 
 
558 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.278764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0636  ATPase domain-containing protein  24.71 
 
 
662 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000455288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2400  sensor histidine kinase  23.55 
 
 
608 aa  90.1  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.774596  normal  0.752012 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1970  histidine kinase  22.22 
 
 
576 aa  89.4  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.12135 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3676  histidine kinase  24.91 
 
 
682 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0592  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 
644 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.307601  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3733  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 
645 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3859  histidine kinase  24.54 
 
 
671 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0900  sensor kinase  22.87 
 
 
565 aa  87  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3664  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.67 
 
 
759 aa  86.7  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0636  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.56 
 
 
682 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000492691 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2919  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate binding protein  27.48 
 
 
309 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4304  phosphonate-binding periplasmic protein  26.89 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000531117  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0568  hypothetical protein  25.95 
 
 
301 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2903  hypothetical protein  25.7 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2151  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.37 
 
 
963 aa  77.4  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614764  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2763  ABC-type phosphate/phosphonate transport system periplasmic component-like protein  25 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.501553  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3325  phosphonate-binding periplasmic protein  27.35 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.919859  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3255  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  27.7 
 
 
289 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.992833  normal  0.261859 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4085  phosphonate-binding periplasmic protein  28.14 
 
 
302 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186944  normal  0.0769936 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0767  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate binding protein  26.83 
 
 
302 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4202  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate binding protein  26.21 
 
 
309 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.592498  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2204  phosphonate ABC transporter periplasmic phosphonate-binding protein  28.07 
 
 
291 aa  70.5  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.279489  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2236  phosphonate-binding periplasmic protein  23.44 
 
 
289 aa  69.7  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3861  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate binding protein  27.24 
 
 
308 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2055  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.54 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.065858  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1615  phosphonate-binding periplasmic protein  26.47 
 
 
287 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4362  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.44 
 
 
284 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0793113  normal  0.859242 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1723  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  25.24 
 
 
287 aa  66.2  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000026328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0865  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.81 
 
 
284 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0695  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
283 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0777245  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1439  Signal transduction histidine kinase sensor  25.81 
 
 
713 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.510885 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0180  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  26.11 
 
 
289 aa  64.7  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2186  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.24 
 
 
313 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0228  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  28.5 
 
 
314 aa  63.5  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0990439 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3535  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  28.92 
 
 
283 aa  63.2  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1991  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  26.7 
 
 
307 aa  63.2  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0851  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.44 
 
 
284 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0824  phosphonate ABC transporter periplasmic phosphonate-binding protein  24.06 
 
 
284 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  normal  0.0437115 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0598  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  31.09 
 
 
351 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00520789 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0601  phosphonate-binding periplasmic protein  25.87 
 
 
339 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2994  phosphonate-binding periplasmic protein  25.45 
 
 
292 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.567308 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2675  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  25.45 
 
 
292 aa  61.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3670  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  22.57 
 
 
307 aa  60.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2434  phosphonate-binding periplasmic protein  23.32 
 
 
283 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0761864  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1806  hypothetical protein  23.6 
 
 
285 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21175  hypothetical protein  23.6 
 
 
335 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124141  normal  0.546676 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3021  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  23.37 
 
 
283 aa  60.1  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1549  phosphonate-binding periplasmic protein  24.5 
 
 
316 aa  59.7  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.576695  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0791  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein, putative  23.32 
 
 
283 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3197  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.22 
 
 
283 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0129713 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1321  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.02 
 
 
302 aa  59.3  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.40194  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2408  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  22.8 
 
 
345 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3730  phosphonate-binding periplasmic protein  26.18 
 
 
341 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19790  Phosphonate ABC transporter, substrate-binding protein  22.42 
 
 
283 aa  57.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.134329  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0856  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  28.57 
 
 
338 aa  57.4  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0491  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.23 
 
 
283 aa  56.6  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3338  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  23.42 
 
 
294 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.368816 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>