More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0468 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0468  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 244 aa  499  1e-140  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02240  response regulator of the LytR/AlgR family  46.58 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1994  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.36 
 
 		 236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2646  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.6 
 
 		 252 aa  112  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1167  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.29 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1752  LytTr family DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000046925  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0486  DNA-binding response regulator  27.66 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0347807  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1482  LytTr family DNA-binding response regulator  28.45 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00010327  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0498  DNA-binding response regulator  26.81 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000794566  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0033  DNA-binding response regulator  25.78 
 
 		 239 aa  99  7e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00150761  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  29.38 
 
 		 236 aa  93.6  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2270  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.5 
 
 		 234 aa  92.4  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2345  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.7 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.681344 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1697  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.6 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.325505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.44 
 
 		 253 aa  89.4  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  31.8 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  28.65 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.6 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.11 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  26.13 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  26.19 
 
 		 264 aa  76.6  0.0000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  27.85 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  27.3 
 
 		 276 aa  75.5  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  26.29 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  27.43 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 249 aa  75.1  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  27.42 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2425  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.76 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.24 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1600  LytTR family two component transcriptional regulator  22.92 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.27 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.06 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.23 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  30.21 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  27.45 
 
 		 231 aa  72  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.01 
 
 		 240 aa  71.6  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.03 
 
 		 236 aa  71.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.56 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.79 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.94 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.13 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.86 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.23 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.51 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.38 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  26.17 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.1 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  31.5 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  29.58 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  25.38 
 
 		 272 aa  69.3  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  27.93 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 270 aa  68.6  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.9 
 
 		 266 aa  68.6  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  24.02 
 
 		 251 aa  68.6  0.00000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.27 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 252 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 246 aa  67.8  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  29.92 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.87 
 
 		 256 aa  67.4  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  29.74 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  31.5 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.96 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.38 
 
 		 238 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  26.92 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12230  response regulator of the LytR/AlgR family  25.17 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  24.54 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01640  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.45 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  27.81 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  24 
 
 		 254 aa  65.9  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  29.92 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  26.89 
 
 		 246 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  31.54 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.34 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  25.85 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.99 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  25.4 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  26.79 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.71 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  27.02 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.43 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  28.92 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  28.65 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  27.62 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  24.35 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0498  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022884  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  27.46 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.4 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.24 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0583  response regulator  26.51 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.4 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0974  LytTR family two component transcriptional regulator  21.16 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.118297  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1712  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 246 aa  63.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  27.97 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>