More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_2425 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_2425  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 242 aa  503  1e-141  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2646  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.74 
 
 		 252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  27.92 
 
 		 236 aa  113  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1167  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.93 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1697  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.81 
 
 		 240 aa  99  7e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.325505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1600  LytTR family two component transcriptional regulator  26.47 
 
 		 245 aa  93.6  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0033  DNA-binding response regulator  26.56 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00150761  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1994  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.42 
 
 		 236 aa  89  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0486  DNA-binding response regulator  28.45 
 
 		 238 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0347807  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  31.41 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1482  LytTr family DNA-binding response regulator  27.8 
 
 		 236 aa  86.7  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00010327  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0498  DNA-binding response regulator  28.03 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000794566  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  29.76 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.62 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1752  LytTr family DNA-binding response regulator  26.97 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000046925  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  24.5 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0583  response regulator  24.6 
 
 		 236 aa  80.1  0.00000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  25.82 
 
 		 236 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.3 
 
 		 281 aa  79  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2345  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.08 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.681344 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  24.29 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  28 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.65 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  30.22 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1621  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 245 aa  75.1  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0468  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.76 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.41 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  25.12 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2270  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.32 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  23.26 
 
 		 250 aa  72  0.000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.4 
 
 		 244 aa  71.6  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.79 
 
 		 232 aa  71.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  24.52 
 
 		 252 aa  71.2  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.47 
 
 		 224 aa  71.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  24.67 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.82 
 
 		 237 aa  70.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.86 
 
 		 237 aa  70.5  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  27.12 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.68 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.32 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1924  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.01 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.2 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.59 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1869  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000208305  normal  0.145854 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  23.56 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.73 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0498  LytTR family two component transcriptional regulator  26.42 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022884  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.99 
 
 		 277 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02240  response regulator of the LytR/AlgR family  21.23 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  25 
 
 		 236 aa  67.8  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.27 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.37 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  22.86 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  25.88 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.68 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.19 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.42 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.38 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  24.75 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.25 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  29.51 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  38.75 
 
 		 273 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.77 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  22.96 
 
 		 250 aa  65.1  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  27.09 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  23.47 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.12 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2766  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.66 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.4 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2400  response regulator receiver protein  26.95 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.14107  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  24.27 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  23.98 
 
 		 249 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  25.84 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 252 aa  63.5  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.18 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2143  response regulator receiver protein  24.81 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390763  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  20.28 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.65 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  25.58 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  25.58 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.58 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  25.58 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  25.58 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  25.58 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  25.58 
 
 		 244 aa  62  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.54 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 255 aa  62  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.33 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.49 
 
 		 238 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  27.64 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3686  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.47 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4304  response regulator receiver and SARP domain protein  45.9 
 
 		 349 aa  61.6  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  27.14 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.63 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>