More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0486 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_0486  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 238 aa  474  1e-133  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0347807  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0498  DNA-binding response regulator  96.64 
 
 		 238 aa  464  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000794566  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1600  LytTR family two component transcriptional regulator  34.03 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1482  LytTr family DNA-binding response regulator  31.95 
 
 		 236 aa  121  8e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00010327  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1167  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.77 
 
 		 245 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1752  LytTr family DNA-binding response regulator  31.12 
 
 		 236 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000046925  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0033  DNA-binding response regulator  31.76 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00150761  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2345  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.88 
 
 		 240 aa  115  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.681344 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0468  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.66 
 
 		 244 aa  110  1.0000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  30.18 
 
 		 236 aa  105  6e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1994  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.54 
 
 		 236 aa  105  7e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1697  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.11 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.325505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2646  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.06 
 
 		 252 aa  97.4  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02240  response regulator of the LytR/AlgR family  23.31 
 
 		 237 aa  97.4  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  26.67 
 
 		 248 aa  95.9  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  27.75 
 
 		 253 aa  96.3  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  24.68 
 
 		 264 aa  92.4  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.92 
 
 		 241 aa  92.4  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.27 
 
 		 250 aa  92  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 240 aa  91.7  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  28.45 
 
 		 232 aa  91.7  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  23.5 
 
 		 239 aa  90.1  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  25.81 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  25.79 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.6 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  28.02 
 
 		 235 aa  89.7  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.02 
 
 		 237 aa  89.4  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.118297  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  27.51 
 
 		 250 aa  89.4  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.69 
 
 		 243 aa  88.6  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 262 aa  88.2  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  28.1 
 
 		 236 aa  88.6  9e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.69 
 
 		 250 aa  88.6  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.28 
 
 		 237 aa  88.2  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2270  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.8 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.31 
 
 		 254 aa  87  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2425  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.45 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  26 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  25.2 
 
 		 246 aa  86.3  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  25.2 
 
 		 246 aa  86.3  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  25.2 
 
 		 246 aa  86.3  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  25.2 
 
 		 246 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.88 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.65 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  25.2 
 
 		 246 aa  85.9  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  31.12 
 
 		 241 aa  85.5  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.35 
 
 		 281 aa  85.5  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  27.43 
 
 		 238 aa  85.5  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  25.79 
 
 		 250 aa  85.1  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01640  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.32 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.89 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  27.31 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  27.03 
 
 		 229 aa  84.7  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.67 
 
 		 235 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  24.8 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  24.8 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0428  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.9 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.472628  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  25 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.83 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.75 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.9 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.08 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.18 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  27.42 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.32 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.81 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  23.33 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  24 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.93 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.98 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  32.47 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  27.59 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 246 aa  81.6  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  25.24 
 
 		 272 aa  81.3  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 252 aa  81.3  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.58 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  23.2 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  25.81 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  24 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.88 
 
 		 256 aa  79.7  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.04 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.83 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.21 
 
 		 253 aa  79  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.47 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  25.4 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.4 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  25.4 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  25.4 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  25.4 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  25.4 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  25.4 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.19 
 
 		 268 aa  78.6  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  25.5 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.89 
 
 		 232 aa  78.6  0.00000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.32 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00984  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.76 
 
 		 242 aa  78.6  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.76 
 
 		 231 aa  78.2  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  25.68 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>