More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1752 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1752  LytTr family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 236 aa  476  1e-133  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000046925  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1482  LytTr family DNA-binding response regulator  97.03 
 
 		 236 aa  463  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00010327  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1994  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0033  DNA-binding response regulator  33.05 
 
 		 239 aa  128  8.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00150761  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02240  response regulator of the LytR/AlgR family  27.04 
 
 		 237 aa  123  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0498  DNA-binding response regulator  31.54 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000794566  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0486  DNA-binding response regulator  31.12 
 
 		 238 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0347807  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1600  LytTR family two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.9 
 
 		 240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2345  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.69 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.681344 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0468  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1167  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.36 
 
 		 245 aa  109  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2270  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.31 
 
 		 234 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  32.11 
 
 		 236 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1697  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.19 
 
 		 240 aa  99.4  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.325505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.99 
 
 		 237 aa  99  6e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.67 
 
 		 231 aa  98.6  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.2 
 
 		 253 aa  96.3  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.69 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  33.16 
 
 		 249 aa  95.1  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  28.57 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.94 
 
 		 224 aa  93.2  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.04 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.25 
 
 		 235 aa  93.2  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.12 
 
 		 236 aa  93.2  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  27.9 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 238 aa  92.4  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2400  response regulator receiver protein  30.24 
 
 		 236 aa  91.7  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.14107  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.32 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.14 
 
 		 281 aa  91.7  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  26.97 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.97 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  26.97 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  26.97 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  26.97 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  26.97 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  26.97 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  26.97 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 240 aa  90.1  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 252 aa  90.1  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2171  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.8 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0294549  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.57 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  25.51 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 235 aa  90.1  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  29.35 
 
 		 261 aa  89.7  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.69 
 
 		 244 aa  89  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.45 
 
 		 243 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.88 
 
 		 233 aa  89.4  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.25 
 
 		 231 aa  89  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  28.04 
 
 		 254 aa  89  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  33.33 
 
 		 241 aa  89  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  26.45 
 
 		 243 aa  88.6  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  26.45 
 
 		 243 aa  88.6  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  26.75 
 
 		 245 aa  88.6  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  28.65 
 
 		 244 aa  88.6  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  26.45 
 
 		 243 aa  88.2  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0583  response regulator  28.15 
 
 		 236 aa  88.6  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  29.52 
 
 		 229 aa  88.2  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.11 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.82 
 
 		 244 aa  87  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.39 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  27.35 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  26.45 
 
 		 243 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  27.75 
 
 		 236 aa  86.7  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  26.45 
 
 		 243 aa  86.7  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 236 aa  86.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.24 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01640  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.59 
 
 		 238 aa  86.3  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.97 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.39 
 
 		 237 aa  85.9  4e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  28.32 
 
 		 231 aa  85.5  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.9 
 
 		 240 aa  85.5  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.87 
 
 		 265 aa  85.5  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  27.27 
 
 		 255 aa  85.9  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  29.74 
 
 		 264 aa  85.5  7e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 255 aa  85.5  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  26.69 
 
 		 263 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.64 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.23 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.23 
 
 		 244 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  27.23 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  27.85 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.77 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  28.28 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.19 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2646  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.86 
 
 		 252 aa  82.4  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.55 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  27.13 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0428  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.45 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.472628  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 237 aa  81.6  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  27.75 
 
 		 250 aa  81.6  0.000000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  27.23 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0498  LytTR family two component transcriptional regulator  29.67 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022884  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0974  LytTR family two component transcriptional regulator  25.57 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.118297  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2425  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.97 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.48 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  25 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>