More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1879 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 249 aa  518  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2171  two component transcriptional regulator, LytTR family  94.78 
 
 		 249 aa  494  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0294549  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  79.92 
 
 		 244 aa  408  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  75.9 
 
 		 244 aa  397  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  76.31 
 
 		 244 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  76.31 
 
 		 244 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  76.31 
 
 		 244 aa  392  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  76.31 
 
 		 244 aa  392  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  76.31 
 
 		 244 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  76.31 
 
 		 244 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  76.31 
 
 		 244 aa  392  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  75.9 
 
 		 244 aa  393  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  74.7 
 
 		 245 aa  392  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  72.51 
 
 		 245 aa  381  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  63.05 
 
 		 243 aa  324  6e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  63.05 
 
 		 243 aa  324  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  63.05 
 
 		 243 aa  324  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  62.65 
 
 		 243 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  62.65 
 
 		 243 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  62.65 
 
 		 243 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.42 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  32.8 
 
 		 249 aa  152  4e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 240 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  35.86 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  35.46 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  35.46 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  35.46 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  35.46 
 
 		 246 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  35.86 
 
 		 246 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 262 aa  149  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 253 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  35.06 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  34.14 
 
 		 246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  33.86 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  34.66 
 
 		 246 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  34.96 
 
 		 247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  34.66 
 
 		 246 aa  144  9e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.81 
 
 		 265 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  32.8 
 
 		 254 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.98 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 247 aa  139  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  32.11 
 
 		 250 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.32 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2025  two-component response regulator  34.52 
 
 		 252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0183  response regulator  34.02 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  29.32 
 
 		 237 aa  134  9e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  33.86 
 
 		 243 aa  133  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  32.8 
 
 		 246 aa  131  7.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  32.8 
 
 		 246 aa  131  7.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  30.77 
 
 		 244 aa  128  7.000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  29.15 
 
 		 238 aa  128  7.000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 		 237 aa  125  5e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  28.91 
 
 		 269 aa  122  4e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.11 
 
 		 237 aa  122  4e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  28.91 
 
 		 269 aa  122  4e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.44 
 
 		 257 aa  122  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.8 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  28.91 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  29.34 
 
 		 263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  29.34 
 
 		 263 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  29.53 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  28.29 
 
 		 226 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 254 aa  115  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.41 
 
 		 275 aa  115  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  27.91 
 
 		 268 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.44 
 
 		 251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  28.9 
 
 		 262 aa  115  7.999999999999999e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.67 
 
 		 246 aa  115  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02054  predicted response regulator in two-component system withYehU  30.16 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.16 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.16 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1522  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.16 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  30.16 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.16 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.16 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.3 
 
 		 266 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.56 
 
 		 239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1621  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 257 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0919  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.16 
 
 		 239 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  28.74 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.8 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  27.46 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.37 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  29.2 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  30.95 
 
 		 269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  29.1 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  29.15 
 
 		 254 aa  109  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  28.97 
 
 		 248 aa  109  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 265 aa  109  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.69 
 
 		 242 aa  109  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.1 
 
 		 233 aa  109  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>