More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_0316 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.23 
 
 		 1342 aa  1881    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  66.23 
 
 		 1342 aa  1881    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.07 
 
 		 1252 aa  1152    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0603  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.18 
 
 		 1272 aa  657    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.08 
 
 		 1370 aa  1646    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.67 
 
 		 1357 aa  1923    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002950  PG0394  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.12 
 
 		 1269 aa  1090    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.64 
 
 		 1167 aa  823    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.85 
 
 		 1358 aa  1969    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'  45.69 
 
 		 2837 aa  1065    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.47 
 
 		 1368 aa  1798    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.32 
 
 		 1342 aa  1847    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.31 
 
 		 1378 aa  1214    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.44 
 
 		 1377 aa  1617    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.8 
 
 		 1345 aa  1866    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  67.22 
 
 		 1357 aa  1917    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.82 
 
 		 1368 aa  1924    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.68 
 
 		 1368 aa  1921    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.22 
 
 		 1357 aa  1920    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.47 
 
 		 1372 aa  1820    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.36 
 
 		 1427 aa  1815    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0286177 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.44 
 
 		 1155 aa  692    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.33 
 
 		 1368 aa  1793    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.11 
 
 		 1380 aa  1375    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.410065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  65.61 
 
 		 1359 aa  1867    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.82 
 
 		 1380 aa  1625    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.21 
 
 		 1117 aa  660    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.85 
 
 		 1368 aa  1820    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  68.01 
 
 		 1359 aa  1919    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.73 
 
 		 1357 aa  1930    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.08 
 
 		 1377 aa  1591    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.3 
 
 		 1368 aa  1636    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.78 
 
 		 1368 aa  1812    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.05 
 
 		 1301 aa  1096    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.768715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0357  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.6 
 
 		 1300 aa  1094    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.14 
 
 		 1370 aa  1644    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.94 
 
 		 1375 aa  1447    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0288  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  65.15 
 
 		 1352 aa  1860    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.25 
 
 		 1381 aa  1222    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.25 
 
 		 1357 aa  1865    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.63 
 
 		 1393 aa  1653    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.67 
 
 		 1141 aa  739    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.78 
 
 		 1368 aa  1815    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.61 
 
 		 1422 aa  1561    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.64 
 
 		 1141 aa  697    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.4 
 
 		 1390 aa  1595    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.68 
 
 		 1392 aa  1582    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0678  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.67 
 
 		 1358 aa  1294    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.299005  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.33 
 
 		 1380 aa  1375    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.36 
 
 		 1385 aa  1576    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.65 
 
 		 1350 aa  1753    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.72 
 
 		 1361 aa  1959    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.41 
 
 		 1373 aa  1595    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0272  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.71 
 
 		 1390 aa  1849    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4442  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.02 
 
 		 1370 aa  1781    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.35 
 
 		 1368 aa  1804    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.59 
 
 		 1343 aa  1851    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.77 
 
 		 1374 aa  1607    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.44 
 
 		 1358 aa  1942    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.431195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.53 
 
 		 1380 aa  1618    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.69 
 
 		 1372 aa  1806    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.26 
 
 		 1368 aa  1784    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  63.45 
 
 		 1340 aa  1794    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.74 
 
 		 1489 aa  1407    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.56 
 
 		 1379 aa  1593    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.96 
 
 		 1392 aa  1589    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.07 
 
 		 1368 aa  1820    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0969  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.31 
 
 		 1166 aa  698    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  54.52 
 
 		 1141 aa  687    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.69 
 
 		 1342 aa  1856    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.487208  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.16 
 
 		 1379 aa  1603    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.53 
 
 		 1291 aa  1117    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.02 
 
 		 1234 aa  655    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.02 
 
 		 1234 aa  655    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.25 
 
 		 1342 aa  1851    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.46 
 
 		 1102 aa  661    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.74 
 
 		 1325 aa  1837    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.73 
 
 		 1345 aa  1865    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.42 
 
 		 1355 aa  2018    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.59 
 
 		 1343 aa  1847    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  52.91 
 
 		 1107 aa  696    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.06 
 
 		 1357 aa  1586    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.92 
 
 		 1368 aa  1819    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.16 
 
 		 1357 aa  1941    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.14 
 
 		 1202 aa  738    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.42 
 
 		 1171 aa  687    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.07 
 
 		 1368 aa  1820    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  54.76 
 
 		 1370 aa  1538    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.57 
 
 		 1360 aa  1667    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.66 
 
 		 1345 aa  1863    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.89 
 
 		 1169 aa  685    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1316  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.98 
 
 		 1379 aa  1217    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0378497  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0673  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.53 
 
 		 1499 aa  1218    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0233  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.88 
 
 		 1312 aa  1110    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.73 
 
 		 1382 aa  1563    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0711  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.17 
 
 		 1166 aa  658    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0206  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.85 
 
 		 1342 aa  1848    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.255589  hitchhiker  0.000288245 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0987  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.31 
 
 		 1172 aa  697    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.65546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  64.72 
 
 		 1346 aa  1852    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428905 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1257  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.05 
 
 		 1161 aa  695    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>