More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0386 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0386  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
273 aa  555  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  59.76 
 
 
340 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  59.76 
 
 
340 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  57.99 
 
 
340 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  59.76 
 
 
340 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  57.06 
 
 
346 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  55.21 
 
 
344 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  65.67 
 
 
1193 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  47.83 
 
 
626 aa  91.3  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  30.49 
 
 
332 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  32.28 
 
 
1101 aa  69.3  0.00000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.89 
 
 
1355 aa  64.7  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
1350 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.82 
 
 
726 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0079  signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 
909 aa  60.8  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.79 
 
 
1111 aa  61.2  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4412  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.82 
 
 
726 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6270  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 
952 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.988146  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.23 
 
 
897 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000208588 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.89 
 
 
1148 aa  60.5  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2638  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
1246 aa  60.1  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406251  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  37.21 
 
 
721 aa  60.1  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1739  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 
841 aa  60.1  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.165697  normal  0.509542 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  37.36 
 
 
3706 aa  60.1  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  38.67 
 
 
1177 aa  59.7  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
628 aa  59.7  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2837  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
716 aa  59.7  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.29 
 
 
431 aa  59.7  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
1390 aa  59.7  0.00000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_935  sensor histidine kinase  35.87 
 
 
1226 aa  59.3  0.00000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.82 
 
 
483 aa  58.9  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1747  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 
850 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.346291  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1676  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 
850 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.109527  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2200  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 
848 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00863508  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.08 
 
 
637 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.1 
 
 
693 aa  58.5  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  39.08 
 
 
1289 aa  57.8  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2710  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.53 
 
 
585 aa  57.4  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.132036  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
1791 aa  57.8  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
2072 aa  58.2  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.33 
 
 
1051 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 
962 aa  57.8  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2092  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.79 
 
 
841 aa  57.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0705515  normal  0.145006 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0648  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.27 
 
 
661 aa  57  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.173169  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 
670 aa  56.6  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.03 
 
 
746 aa  56.2  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  24.9 
 
 
1268 aa  56.2  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 
593 aa  55.8  0.0000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.62 
 
 
639 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 
641 aa  55.8  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1135  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.22 
 
 
716 aa  55.8  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.749109 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
1426 aa  55.8  0.0000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
1229 aa  55.8  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3538  hypothetical protein  36.71 
 
 
754 aa  55.5  0.0000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0655709  normal  0.940328 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
939 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  33.65 
 
 
771 aa  55.5  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.44 
 
 
583 aa  55.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2466  putative PAS/PAC sensor protein  43.1 
 
 
558 aa  54.3  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.73 
 
 
843 aa  54.7  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
1741 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 
884 aa  54.3  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
635 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3519  putative PAS/PAC sensor protein  37.21 
 
 
757 aa  54.7  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.324252  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0266  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
736 aa  53.9  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 
1039 aa  53.1  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1289  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
1168 aa  53.5  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
1977 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 
651 aa  53.1  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.73 
 
 
1047 aa  52.8  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.92 
 
 
704 aa  52.8  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0912  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
903 aa  52.8  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.644945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3312  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1226 aa  52.8  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.54 
 
 
659 aa  52.4  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.17 
 
 
944 aa  52.4  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2207  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 
866 aa  52.4  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0530  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.66 
 
 
579 aa  52  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.82222  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1005  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.61 
 
 
747 aa  51.6  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  33.67 
 
 
1023 aa  52  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1166  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
507 aa  52  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3503  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.68 
 
 
1043 aa  51.6  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.47 
 
 
1721 aa  52  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.29 
 
 
660 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.7 
 
 
738 aa  50.8  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 
1122 aa  51.2  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.76 
 
 
1021 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1596 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  39.33 
 
 
526 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0011  putative PAS/PAC sensor protein  26.03 
 
 
969 aa  51.2  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161167  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2750  putative PAS/PAC sensor protein  36.23 
 
 
883 aa  51.2  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 
468 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 
1009 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0295  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
655 aa  51.2  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4271  histidine kinase  32.62 
 
 
692 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.0625064 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0201  iron dependent repressor  32.95 
 
 
715 aa  51.2  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.132112  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 
761 aa  50.8  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.62 
 
 
596 aa  51.2  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000445726  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 
1051 aa  50.8  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1124 aa  50.8  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5761  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 
1204 aa  50.1  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.122146 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0740  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
698 aa  50.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>