84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1681 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3665  glycogen debranching enzyme  55.99 
 
 		 675 aa  749    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.115982  normal  0.315429 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3772  glycogen debranching enzyme  58.57 
 
 		 693 aa  751    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1681  glycogen debranching enzyme  100 
 
 		 678 aa  1406    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.132529  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2540  glycogen debranching enzyme  95.72 
 
 		 678 aa  1328    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000573314 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3855  glycogen debranching enzyme  57.97 
 
 		 693 aa  740    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.196981  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3715  glycogen debranching enzyme  57.81 
 
 		 692 aa  743    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4305  glycogen debranching enzyme  42.66 
 
 		 674 aa  473  1e-132  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.398353  normal  0.279428 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5206  glycogen debranching enzyme  40.15 
 
 		 662 aa  457  1e-127  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000110165 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0115  glycogen debranching enzyme, putative  38.35 
 
 		 659 aa  439  9.999999999999999e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3944  glycogen debranching enzyme  38.61 
 
 		 663 aa  434  1e-120  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00146651  normal  0.690389 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08610  glycogen debranching enzyme, putative  37.69 
 
 		 661 aa  433  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2589  glycogen debranching enzyme, putative  36.74 
 
 		 712 aa  429  1e-119  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3810  glycogen debranching enzyme  39.66 
 
 		 661 aa  431  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.38466 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1265  glycogen debranching enzyme, putative  41.34 
 
 		 657 aa  428  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1575  glycogen debranching protein  40.83 
 
 		 681 aa  426  1e-118  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.866543 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2288  glycogen debranching enzyme  38.82 
 
 		 663 aa  424  1e-117  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3413  glycogen debranching enzyme  39.79 
 
 		 657 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0298  glycogen debranching enzyme, putative  40.09 
 
 		 668 aa  420  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2703  glycogen debranching enzyme  39.64 
 
 		 657 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.604067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1820  glycogen debranching enzyme  38.48 
 
 		 655 aa  418  9.999999999999999e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1369  glycogen debranching enzyme  38.58 
 
 		 659 aa  414  1e-114  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2645  putative glycogen debranching enzyme, type  36.23 
 
 		 672 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3653  glycogen debranching enzyme-related protein (4-alpha-glucanotransferase)  37 
 
 		 659 aa  405  1e-111  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.507852  normal  0.0295807 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2331  glycogen debranching protein  36.77 
 
 		 672 aa  403  1e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1826  glycogen debranching protein  38.27 
 
 		 672 aa  391  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0277805  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0439  glycogen debranching protein  37.13 
 
 		 660 aa  374  1e-102  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3231  Amylo-alpha-16-glucosidase  39.11 
 
 		 659 aa  352  1e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.393416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2343  glycogen debranching enzyme  33.48 
 
 		 651 aa  352  1e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2522  glycogen debranching enzyme  36.62 
 
 		 652 aa  349  1e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0950686  normal  0.047351 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0254  glycogen debranching enzyme, putative  35.67 
 
 		 610 aa  347  6e-94  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.735444  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4614  glycogen debranching enzyme  34.92 
 
 		 687 aa  346  7e-94  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0143177  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2025  glycogen debranching protein  34.19 
 
 		 686 aa  337  2.9999999999999997e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.242432  normal  0.373695 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0213  putative glycogen debranching protein  35.37 
 
 		 660 aa  332  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2402  glycogen debranching enzyme  35.5 
 
 		 641 aa  332  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.776408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7095  Amylo-alpha-16-glucosidase  35.02 
 
 		 662 aa  330  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0471  glycogen debranching enzyme  36.56 
 
 		 720 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0780556  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1421  glycogen debranching enzyme, putative  31.62 
 
 		 611 aa  288  2e-76  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.569288  normal  0.0701501 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1969  glycogen debranching enzyme  30.87 
 
 		 614 aa  281  3e-74  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0988  Amylo-alpha-16-glucosidase  30.3 
 
 		 651 aa  256  8e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1681  glycogen debranching protein  29.65 
 
 		 658 aa  237  7e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.304262 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0888  Amylo-alpha-16-glucosidase  26.4 
 
 		 656 aa  228  3e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.376161  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1522  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  31.01 
 
 		 565 aa  215  2.9999999999999995e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.644798 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0851  Amylo-alpha-16-glucosidase  28.35 
 
 		 1433 aa  196  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.203263  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74319  glycogen debranching enzyme  23.59 
 
 		 1526 aa  87.4  7e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10060  glycogen debranching enzyme Gdb1, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02140)  24.51 
 
 		 1537 aa  87.4  8e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.633222 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ03090  Glycogen debranching enzyme, putative  22.12 
 
 		 1593 aa  71.6  0.00000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1771  Amylo-alpha-16-glucosidase  25.77 
 
 		 718 aa  64.3  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000954501 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3942  Amylo-alpha-16-glucosidase  24.42 
 
 		 685 aa  62  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0814  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  26.98 
 
 		 776 aa  60.8  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0704029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3563  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  24.16 
 
 		 685 aa  60.1  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2856  amylo-alpha-16-glucosidase  24.26 
 
 		 737 aa  58.5  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.816237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4489  Amylo-alpha-16-glucosidase  26.37 
 
 		 741 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2703  Amylo-alpha-16-glucosidase  24.69 
 
 		 751 aa  55.5  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.690991  normal  0.724789 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2979  hypothetical protein  24.69 
 
 		 712 aa  52.8  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1962  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  24.68 
 
 		 722 aa  52.8  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.857705  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4880  Amylo-alpha-16-glucosidase  25.12 
 
 		 740 aa  52.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220077  hitchhiker  0.0000000000344612 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3435  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  24.88 
 
 		 740 aa  52  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000283292  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4932  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  24.88 
 
 		 740 aa  52  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0018634  normal  0.0241273 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1771  amylo-alpha-1,6-glucosidase family  25.25 
 
 		 758 aa  52  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0110772  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2125  Amylo-alpha-16-glucosidase  25.96 
 
 		 732 aa  51.2  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.964235 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0706  Amylo-alpha-16-glucosidase  25.99 
 
 		 726 aa  51.2  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0759  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  25 
 
 		 740 aa  51.2  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043283  decreased coverage  0.0000165021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4363  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  24.63 
 
 		 741 aa  50.8  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00718041  hitchhiker  0.000723282 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0945  amylo-alpha-1,6-glucosidase  25 
 
 		 770 aa  50.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00012577  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0852  amylo-alpha-1,6-glucosidase  25 
 
 		 797 aa  50.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200365  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2198  amylo-alpha-1,6-glucosidase family  25 
 
 		 770 aa  50.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000221198  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5355  Amylo-alpha-16-glucosidase  24.63 
 
 		 740 aa  50.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000277082  decreased coverage  0.00794917 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8127  glycogen debranching protein  26.77 
 
 		 706 aa  49.3  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.196485 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0360  amylo-alpha-1,6-glucosidase  28.17 
 
 		 734 aa  48.5  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4174  hypothetical protein  25.56 
 
 		 729 aa  48.1  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121441  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1143  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  23.81 
 
 		 732 aa  48.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0995661 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0822  hypothetical protein  24.75 
 
 		 675 aa  48.1  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0538951  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0038  amylo-alpha-1,6-glucosidase  24.75 
 
 		 776 aa  48.1  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000580185  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0199  hypothetical protein  27.66 
 
 		 723 aa  48.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1583  amylo-alpha-1,6-glucosidase  24.75 
 
 		 776 aa  48.1  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000129612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1939  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  25.13 
 
 		 700 aa  46.2  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2675  Amylo-alpha-16-glucosidase  24.68 
 
 		 741 aa  45.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1553  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  23.43 
 
 		 723 aa  44.7  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.92527  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1034  Amylo-alpha-1,6-glucosidase  24.1 
 
 		 731 aa  45.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0912  Amylo-alpha-16-glucosidase  23.72 
 
 		 746 aa  45.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1726  Amylo-alpha-16-glucosidase  22.62 
 
 		 698 aa  45.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4021  Amylo-alpha-16-glucosidase  25.52 
 
 		 734 aa  45.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0066  hypothetical protein  23.87 
 
 		 584 aa  44.7  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.365274  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3686  Amylo-alpha-16-glucosidase  26.04 
 
 		 740 aa  44.3  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.844906  normal  0.767005 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>