More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6390 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  509  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.561861  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.965194  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
269 aa  171  7.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0863327  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
266 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
264 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.115187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
269 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
263 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
258 aa  163  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.236452 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6672  putative short-chain dehydrogenase/reductase  36.47 
 
 
264 aa  158  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
263 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3663  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
270 aa  153  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712953  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
265 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16720  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  39.37 
 
 
263 aa  152  5.9999999999999996e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
318 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.718315  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
272 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.8 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
264 aa  143  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209869  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3982  putative short-chain dehydrogenase/reductase  35.34 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0102992 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.32 
 
 
266 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0544906  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
295 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.347777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
269 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654543  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
263 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
263 aa  125  7e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.428856  normal  0.173588 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
263 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
263 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.625854  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305038  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
253 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  34.92 
 
 
254 aa  116  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  33.68 
 
 
259 aa  115  5e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
255 aa  113  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.57 
 
 
253 aa  113  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  33.68 
 
 
255 aa  112  6e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
258 aa  110  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0109588  hitchhiker  0.00528047 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  35.79 
 
 
258 aa  109  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
254 aa  109  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
268 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
253 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
255 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
248 aa  106  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
257 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
252 aa  105  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
254 aa  105  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
253 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1634  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
265 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.213832  normal  0.261977 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
254 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
260 aa  102  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.34 
 
 
261 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.19 
 
 
275 aa  102  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
253 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.27 
 
 
252 aa  102  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3076  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
285 aa  102  7e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 
253 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  32.5 
 
 
265 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 
253 aa  101  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000418477  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 
256 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  31.38 
 
 
253 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
253 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  32.99 
 
 
257 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.91 
 
 
247 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
251 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_006684  CNB00370  fatty acid beta-oxidation-related protein, putative  29.95 
 
 
292 aa  100  3e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.170907  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  29.88 
 
 
253 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  31.44 
 
 
259 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12720  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  28.87 
 
 
262 aa  99.8  4e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  30.81 
 
 
256 aa  99.8  4e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  29.44 
 
 
259 aa  99.8  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
269 aa  99.4  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115705  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.78 
 
 
285 aa  99.4  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
251 aa  99.4  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3955  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.15 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.572818  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.49 
 
 
248 aa  99  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
261 aa  99  6e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
261 aa  99  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.77 
 
 
251 aa  98.6  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
277 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
262 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.59 
 
 
255 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.42 
 
 
263 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000362562 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 
257 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
250 aa  97.4  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
263 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 
261 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.402238  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 
256 aa  97.4  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1800  short chain dehydrogenase  35.57 
 
 
260 aa  96.7  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.837228 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
283 aa  96.7  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
275 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0241632 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
244 aa  96.7  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 
248 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
260 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.480627 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>