More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2248 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  543  1e-154  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3663  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
270 aa  210  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712953  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
256 aa  198  7e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.965194  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
265 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3982  putative short-chain dehydrogenase/reductase  38.87 
 
 
270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0102992 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
295 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.347777 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
272 aa  181  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
266 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
269 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6672  putative short-chain dehydrogenase/reductase  37.5 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.53 
 
 
264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
269 aa  171  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654543  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16720  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  38.39 
 
 
263 aa  170  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
269 aa  168  9e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0863327  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
258 aa  166  4e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.236452 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
318 aa  166  4e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.718315  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
263 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
264 aa  154  1e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.115187 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
266 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305038  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
253 aa  143  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.561861  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
263 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.625854  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
263 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
263 aa  143  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.428856  normal  0.173588 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209869  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
258 aa  138  8.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0109588  hitchhiker  0.00528047 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
266 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0544906  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
258 aa  125  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  29.67 
 
 
273 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  29.78 
 
 
269 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  30.49 
 
 
271 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
253 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  28.78 
 
 
271 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.89 
 
 
263 aa  108  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  28.4 
 
 
269 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
267 aa  105  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  28.62 
 
 
276 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  29.27 
 
 
294 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  28 
 
 
269 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
253 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 
270 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  31.96 
 
 
255 aa  99.8  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
250 aa  99.4  5e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
256 aa  99.4  6e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  29.41 
 
 
259 aa  99  7e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.34 
 
 
250 aa  99  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.66 
 
 
280 aa  97.8  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.23 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
285 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  27.94 
 
 
270 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
280 aa  96.3  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1758  hypothetical protein  31.77 
 
 
254 aa  96.3  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.522329  normal  0.0728091 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  28.87 
 
 
251 aa  96.3  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
244 aa  95.9  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123251 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2681  short chain dehydrogenase family protein  29.18 
 
 
273 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00380586  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  27.98 
 
 
273 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0924  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.76 
 
 
232 aa  95.9  6e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.1 
 
 
285 aa  94.7  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.76 
 
 
278 aa  94  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  30.2 
 
 
275 aa  94.4  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3193  short chain dehydrogenase  30.73 
 
 
255 aa  94  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.5 
 
 
251 aa  94  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  27.53 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  32.47 
 
 
259 aa  93.2  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.11 
 
 
252 aa  93.6  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  24.91 
 
 
295 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.61 
 
 
258 aa  92.8  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.29 
 
 
282 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 
255 aa  92.4  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
254 aa  92.4  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
253 aa  92.4  7e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
253 aa  92  8e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.93 
 
 
252 aa  92  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  28.7 
 
 
259 aa  92  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 
238 aa  90.5  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
241 aa  91.3  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.119808  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.29 
 
 
230 aa  90.1  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  28.57 
 
 
265 aa  90.1  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.14 
 
 
252 aa  89.7  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.5 
 
 
254 aa  89.4  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
262 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.29 
 
 
248 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  27.51 
 
 
289 aa  89  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.94 
 
 
260 aa  89  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1466  short-chain alcohol dehydrogenase  25.81 
 
 
267 aa  89  8e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.137862  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.96 
 
 
263 aa  88.6  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.56 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12873  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 
258 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.18 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.69 
 
 
271 aa  88.2  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  25.61 
 
 
276 aa  88.2  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
269 aa  88.6  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.68 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.68 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.08 
 
 
253 aa  87.8  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.68 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.68 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.68 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>