More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1244 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 270 aa  554  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  87.92 
 
 		 270 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  85.93 
 
 		 295 aa  488  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  86.42 
 
 		 270 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  81.65 
 
 		 271 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  82.46 
 
 		 271 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  82.46 
 
 		 269 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  82.26 
 
 		 269 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  81.51 
 
 		 269 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  79.63 
 
 		 294 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  45.62 
 
 		 273 aa  239  5e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 		 278 aa  210  2e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 		 267 aa  206  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  37.92 
 
 		 276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  42.59 
 
 		 275 aa  191  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 		 284 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 		 284 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 		 284 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  34.27 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  38.62 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  35.17 
 
 		 301 aa  159  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  35.17 
 
 		 301 aa  159  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  33.91 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 278 aa  158  7e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  33.33 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  35.8 
 
 		 300 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 285 aa  151  8.999999999999999e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  37.13 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  32.76 
 
 		 301 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  35.42 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  32.65 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  34.69 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  32.69 
 
 		 275 aa  142  6e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 		 275 aa  142  8e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  32.53 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  33.45 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  35.6 
 
 		 304 aa  139  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  33.45 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  33.1 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 257 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.73 
 
 		 281 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  35.57 
 
 		 309 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.27 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3322  short chain dehydrogenase  41.45 
 
 		 588 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178301 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3311  short chain dehydrogenase  41.45 
 
 		 588 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.768628  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3373  short chain dehydrogenase  41.45 
 
 		 588 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855673  normal  0.12205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  41.27 
 
 		 295 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.21 
 
 		 296 aa  135  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  37.95 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 		 250 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.73 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.65 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 273 aa  132  7.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  35.2 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 		 282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12242  short chain dehydrogenase  38.02 
 
 		 592 aa  129  6e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0208017  normal  0.29752 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.43 
 
 		 239 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 309 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 		 252 aa  128  8.000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 		 300 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 309 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 309 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 307 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.5 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.7 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.5 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  39.47 
 
 		 568 aa  126  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.79 
 
 		 311 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.53 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 267 aa  125  5e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  34.74 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 		 278 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2937  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 		 543 aa  125  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4322  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.79 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>