More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1209 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  557  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80 
 
 
275 aa  456  1e-127  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.28 
 
 
276 aa  365  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  61.89 
 
 
276 aa  328  4e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.77 
 
 
276 aa  318  7e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  58.3 
 
 
276 aa  316  2e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.56 
 
 
276 aa  312  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.56 
 
 
276 aa  312  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.56 
 
 
276 aa  312  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
276 aa  307  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  51.67 
 
 
295 aa  277  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  51.67 
 
 
295 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.14 
 
 
280 aa  261  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
271 aa  258  9e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.7 
 
 
295 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
279 aa  251  8.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.33 
 
 
307 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
282 aa  249  3e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.7 
 
 
311 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.55 
 
 
312 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
309 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
309 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.51 
 
 
302 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.94 
 
 
302 aa  246  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.51 
 
 
302 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  48.51 
 
 
302 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.94 
 
 
302 aa  246  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.94 
 
 
302 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.94 
 
 
302 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.21 
 
 
309 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.73 
 
 
278 aa  244  9e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.19 
 
 
302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.1 
 
 
312 aa  242  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.34 
 
 
296 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.96 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.94 
 
 
300 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  46.79 
 
 
315 aa  238  8e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.71 
 
 
308 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  45.71 
 
 
308 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  45.71 
 
 
308 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.94 
 
 
300 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
308 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.94 
 
 
300 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.71 
 
 
308 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.94 
 
 
300 aa  235  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.84 
 
 
308 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.84 
 
 
308 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.5 
 
 
296 aa  231  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
302 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  45.64 
 
 
307 aa  224  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.59 
 
 
309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  41.26 
 
 
279 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
286 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
275 aa  199  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
271 aa  188  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
282 aa  186  5e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
273 aa  186  5e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
273 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
274 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.4 
 
 
321 aa  172  5e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 
274 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 
274 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.45 
 
 
269 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.54 
 
 
267 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
276 aa  160  3e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
273 aa  159  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
322 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
269 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
281 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
262 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.948025  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
277 aa  150  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
262 aa  148  8e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.19239 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
262 aa  148  8e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  41.12 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.16655  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 
275 aa  142  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  31.79 
 
 
287 aa  142  5e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
286 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4618  putative short-chain dehydrogenase  36.33 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.100713 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.638785  decreased coverage  0.00000422955 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  31.43 
 
 
285 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
267 aa  138  1e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  31.07 
 
 
285 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  31.07 
 
 
285 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
366 aa  136  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3735  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  30.22 
 
 
290 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
266 aa  132  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
285 aa  132  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  30.94 
 
 
290 aa  131  9e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2657  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0750048 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 
595 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.11 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
250 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 
595 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 
595 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 
595 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
280 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>