More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2488 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  100 
 
 		 304 aa  622  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  78.67 
 
 		 301 aa  494  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  74.33 
 
 		 301 aa  464  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  76.57 
 
 		 309 aa  466  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  76.33 
 
 		 301 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  76.33 
 
 		 301 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  71.67 
 
 		 301 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  70.67 
 
 		 301 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  69.9 
 
 		 305 aa  434  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  64.21 
 
 		 300 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  64.21 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  64.55 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  64.55 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  63.88 
 
 		 300 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  56.25 
 
 		 289 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  54.85 
 
 		 300 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  50.68 
 
 		 292 aa  301  9e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  54.64 
 
 		 304 aa  298  8e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 285 aa  169  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2287  hypothetical protein  38.44 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5257  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 		 310 aa  159  8e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.190304  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  36.1 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1491  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 		 274 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.290492 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0417  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 		 269 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 		 270 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 269 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  35.18 
 
 		 294 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.370364  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  35.57 
 
 		 270 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.97 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  34.25 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.113929  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 269 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  31.64 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4162  oxidoreductase  41.31 
 
 		 284 aa  135  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.602267  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 267 aa  132  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  33.58 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1538  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  37.37 
 
 		 269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0217494  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 		 271 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  31.08 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  34.74 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  33.91 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  35.12 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  32.94 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 		 590 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.45 
 
 		 282 aa  122  5e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 		 273 aa  122  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.812094 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.12 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.12 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.12 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.12 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  35.12 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.12 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.12 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0894  hypothetical protein  28.83 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 		 602 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 269 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000066443  unclonable  0.000000222131 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 		 281 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.63 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.75 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  37.79 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0863  hypothetical protein  28.47 
 
 		 282 aa  116  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1808  short chain dehydrogenase  39.5 
 
 		 596 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.67175  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0128402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 595 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 595 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1796  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 		 590 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.425571  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  39.8 
 
 		 596 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  39.8 
 
 		 596 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 		 568 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  41.67 
 
 		 265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  39.8 
 
 		 596 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 		 595 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21050  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 		 592 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  34.87 
 
 		 618 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  34.48 
 
 		 276 aa  113  5e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>