More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2714 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 294 aa  600  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5257  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  41.34 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.113929  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 		 310 aa  189  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.190304  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.85 
 
 		 280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.370364  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  38.41 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  37.32 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  37.32 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  39.5 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 		 285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 		 273 aa  171  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.812094 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  37.23 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  36 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  36.67 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  38.38 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  37.96 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.01 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.469183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  39.31 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  37.23 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  37.23 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  37.5 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 		 273 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659885 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  35.48 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  35.84 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  37.41 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  38.19 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  37.36 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  39.27 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2287  hypothetical protein  40.98 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 		 275 aa  149  6e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 267 aa  146  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  32.85 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.12 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  40.84 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.19 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.19 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.19 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  32.13 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.66 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.66 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 		 312 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.66 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.91 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  39.64 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.66 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.19 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  39.19 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  39.19 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.19 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.77 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.77 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  31.77 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  37.76 
 
 		 276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.1 
 
 		 271 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  42.27 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 		 280 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  35.16 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.87 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 		 281 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 		 269 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 		 278 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 285 aa  132  7.999999999999999e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  37.04 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  37.57 
 
 		 269 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  32.81 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  38.66 
 
 		 269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  32.42 
 
 		 285 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 		 271 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  32.03 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  32.03 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>