More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2754 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  560  1.0000000000000001e-159  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
295 aa  177  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  40.22 
 
 
590 aa  176  5e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  34.66 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  43.28 
 
 
596 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  43.28 
 
 
596 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  43.28 
 
 
596 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
296 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  33.57 
 
 
295 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1808  short chain dehydrogenase  42.16 
 
 
596 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.67175  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4910  short chain dehydrogenase  42.22 
 
 
595 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
276 aa  161  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
276 aa  160  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
602 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  41.48 
 
 
618 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
276 aa  159  7e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
312 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
595 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
296 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
281 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
311 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
309 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
309 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
296 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
312 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
307 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 
308 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.53 
 
 
308 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.53 
 
 
308 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.53 
 
 
308 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 
308 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
595 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
595 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
280 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
279 aa  153  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1295  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 
602 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.101432  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
595 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3649  short chain dehydrogenase  39.78 
 
 
595 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.236438  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  38.64 
 
 
276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12242  short chain dehydrogenase  38.08 
 
 
592 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0208017  normal  0.29752 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1359  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
602 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
307 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21050  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
592 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
263 aa  150  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.91 
 
 
588 aa  149  4e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
302 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1796  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 
590 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.425571  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
271 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
302 aa  145  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
275 aa  145  6e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  36.16 
 
 
276 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
278 aa  144  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
278 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  33.33 
 
 
302 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
302 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
302 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
568 aa  143  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
271 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
269 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 
275 aa  142  4e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
309 aa  142  5e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
267 aa  142  5e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
302 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
302 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
302 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
302 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
275 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2937  short chain dehydrogenase  41.46 
 
 
543 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
266 aa  139  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
300 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
300 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
285 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3576  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
538 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129186  normal  0.037556 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3322  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 
588 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.178301 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3311  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 
588 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.768628  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3373  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 
588 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855673  normal  0.12205 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  31.2 
 
 
292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
282 aa  132  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
253 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
282 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
273 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
317 aa  129  4.0000000000000003e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0106138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>