More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0304 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
309 aa  637    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  52.3 
 
 
295 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  51.59 
 
 
295 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.69 
 
 
307 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
311 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.66 
 
 
312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
309 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
309 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.52 
 
 
295 aa  285  7e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.31 
 
 
296 aa  285  8e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.66 
 
 
309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.66 
 
 
296 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.66 
 
 
296 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  49.47 
 
 
308 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
308 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.47 
 
 
308 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  49.47 
 
 
308 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.47 
 
 
308 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
312 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  49.82 
 
 
315 aa  279  5e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.63 
 
 
302 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  49.63 
 
 
302 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.63 
 
 
302 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.26 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.26 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.26 
 
 
302 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.26 
 
 
302 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.26 
 
 
302 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  47.14 
 
 
307 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.47 
 
 
302 aa  266  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.45 
 
 
300 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
300 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.35 
 
 
300 aa  259  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.62 
 
 
300 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.62 
 
 
300 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.62 
 
 
308 aa  254  9e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.26 
 
 
308 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
271 aa  252  7e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
279 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.62 
 
 
278 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  45.26 
 
 
276 aa  242  7e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  45.91 
 
 
279 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
281 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  45.26 
 
 
276 aa  233  3e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
276 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
276 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
276 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.96 
 
 
276 aa  231  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
276 aa  223  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
271 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
273 aa  222  6e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.03 
 
 
276 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.22 
 
 
275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.89 
 
 
280 aa  212  7e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
275 aa  205  1e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
282 aa  204  1e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.94 
 
 
282 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 
275 aa  193  3e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.16 
 
 
274 aa  192  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
273 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.21 
 
 
274 aa  186  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.21 
 
 
274 aa  185  8e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
321 aa  181  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
269 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
273 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
281 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.9 
 
 
313 aa  157  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.638785  decreased coverage  0.00000422955 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
276 aa  147  3e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
275 aa  145  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
267 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
269 aa  136  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  30.72 
 
 
290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  32.85 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  33.99 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.69 
 
 
322 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.16655  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 
568 aa  124  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
264 aa  124  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
280 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
270 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  30.27 
 
 
290 aa  123  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
261 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.69 
 
 
271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  33.21 
 
 
275 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4618  putative short-chain dehydrogenase  30.72 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.100713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  38.07 
 
 
270 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 
295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  28.67 
 
 
285 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
264 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  38.07 
 
 
270 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  27.51 
 
 
590 aa  119  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.18 
 
 
276 aa  118  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  28.33 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  28.33 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>