More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2257 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
275 aa  556  1e-157  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80 
 
 
275 aa  456  1e-127  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.45 
 
 
276 aa  355  3.9999999999999996e-97  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.7 
 
 
276 aa  320  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.67 
 
 
276 aa  318  5e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.67 
 
 
276 aa  318  5e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.67 
 
 
276 aa  318  5e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  57.74 
 
 
276 aa  315  5e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  56.46 
 
 
276 aa  312  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.62 
 
 
276 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  53.73 
 
 
295 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  53.36 
 
 
295 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.92 
 
 
307 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.37 
 
 
280 aa  262  4.999999999999999e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.46 
 
 
312 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
309 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
309 aa  259  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
311 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.44 
 
 
295 aa  259  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.64 
 
 
271 aa  259  5.0000000000000005e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
309 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
312 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.45 
 
 
296 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
300 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
282 aa  247  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  49.08 
 
 
315 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.35 
 
 
308 aa  244  8e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.35 
 
 
308 aa  244  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  48.35 
 
 
308 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  48.35 
 
 
308 aa  244  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.35 
 
 
308 aa  244  8e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
279 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
296 aa  241  7e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.33 
 
 
302 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.33 
 
 
302 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.33 
 
 
302 aa  241  9e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  48.33 
 
 
302 aa  241  9e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.33 
 
 
302 aa  241  9e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.33 
 
 
302 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.33 
 
 
302 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
296 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.06 
 
 
300 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.06 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.06 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.58 
 
 
302 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.33 
 
 
308 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.33 
 
 
308 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.2 
 
 
302 aa  238  8e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.44 
 
 
300 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  47.84 
 
 
307 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.65 
 
 
278 aa  229  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  44.23 
 
 
279 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
286 aa  198  6e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.28 
 
 
281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 
309 aa  192  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
282 aa  192  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
275 aa  186  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.18 
 
 
271 aa  184  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.84 
 
 
273 aa  179  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
273 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
274 aa  169  4e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.23 
 
 
321 aa  168  8e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
276 aa  167  2e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.14 
 
 
274 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
274 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
322 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
267 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
269 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
269 aa  154  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
262 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.948025  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.19239 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
275 aa  145  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  41.03 
 
 
292 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.6 
 
 
281 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
266 aa  143  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
273 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
277 aa  142  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.49 
 
 
322 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.16655  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
267 aa  139  6e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
366 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
285 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.638785  decreased coverage  0.00000422955 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  32.8 
 
 
285 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  32.8 
 
 
285 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13074  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
287 aa  132  6e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.486367 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 
261 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  32.21 
 
 
590 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4618  putative short-chain dehydrogenase  32.13 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.100713 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  38.69 
 
 
568 aa  128  8.000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.66 
 
 
247 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2657  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.49 
 
 
322 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0750048 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  32 
 
 
290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
252 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.07 
 
 
278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.82 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>