More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0115 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
278 aa  569  1e-161  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  41.27 
 
 
271 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
270 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
294 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  39.46 
 
 
270 aa  210  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1917  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
275 aa  208  7e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
269 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
269 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 
295 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 
273 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
276 aa  203  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
271 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
269 aa  201  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
276 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
267 aa  196  3e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
284 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
284 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
284 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
278 aa  189  5e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
285 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
590 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
275 aa  151  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1808  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
596 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.67175  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
596 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
596 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
596 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
275 aa  144  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1295  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 
602 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.101432  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  32.96 
 
 
295 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  32.72 
 
 
295 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
595 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
595 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
595 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4910  short chain dehydrogenase  34.88 
 
 
595 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
595 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  33.59 
 
 
305 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1359  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
602 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  34.46 
 
 
292 aa  140  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  31.56 
 
 
300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
263 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
295 aa  139  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
618 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  33.86 
 
 
289 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
278 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000000841338  hitchhiker  0.00141318 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  32.94 
 
 
292 aa  137  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  35.58 
 
 
301 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3649  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
595 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.236438  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
298 aa  137  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  32.82 
 
 
301 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  32.95 
 
 
301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  31.84 
 
 
304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  33.46 
 
 
300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  33.08 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
252 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
280 aa  133  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
268 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  30.11 
 
 
300 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 
285 aa  132  5e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
295 aa  132  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5257  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
309 aa  131  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
309 aa  131  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21050  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
592 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12242  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 
592 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0208017  normal  0.29752 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.31 
 
 
271 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  35.45 
 
 
304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  29.77 
 
 
295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  33.83 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
309 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
296 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  30.38 
 
 
300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  33.09 
 
 
315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
296 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1796  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
590 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.425571  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
258 aa  129  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  32.71 
 
 
308 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2937  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
543 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  31.44 
 
 
265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  32.71 
 
 
308 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.71 
 
 
308 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0974  acetoin reductase  35.61 
 
 
257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
308 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.71 
 
 
308 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.84 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.07 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.62 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
281 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>