More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4527 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
311 aa  637    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.93 
 
 
307 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.89 
 
 
309 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.89 
 
 
309 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.57 
 
 
309 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.46 
 
 
312 aa  560  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.78 
 
 
312 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  81.67 
 
 
308 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  81.67 
 
 
308 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.67 
 
 
308 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  81.67 
 
 
308 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  81.67 
 
 
308 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  77.56 
 
 
315 aa  495  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.88 
 
 
302 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  72.54 
 
 
307 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.89 
 
 
296 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.47 
 
 
296 aa  414  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.81 
 
 
296 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  59.52 
 
 
295 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  58.84 
 
 
295 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.82 
 
 
295 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.88 
 
 
300 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.67 
 
 
300 aa  328  6e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.77 
 
 
300 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.34 
 
 
300 aa  326  3e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.34 
 
 
300 aa  326  3e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
308 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
308 aa  325  9e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.08 
 
 
302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.08 
 
 
302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.18 
 
 
302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.18 
 
 
302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.56 
 
 
302 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  55.56 
 
 
302 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.56 
 
 
302 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.32 
 
 
302 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
309 aa  288  8e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.99 
 
 
271 aa  277  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.9 
 
 
278 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.29 
 
 
276 aa  261  8.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.7 
 
 
276 aa  260  2e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
275 aa  260  3e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.04 
 
 
276 aa  256  4e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.04 
 
 
276 aa  256  4e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.04 
 
 
276 aa  256  4e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.15 
 
 
276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  46.83 
 
 
276 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  47.83 
 
 
276 aa  248  7e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.7 
 
 
275 aa  248  1e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.01 
 
 
280 aa  245  6e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 
279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  44.21 
 
 
279 aa  229  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.91 
 
 
281 aa  220  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
271 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.52 
 
 
282 aa  218  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.17 
 
 
286 aa  207  1e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 
273 aa  207  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
275 aa  196  4.0000000000000005e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
282 aa  191  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
321 aa  187  1e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
274 aa  176  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
274 aa  175  8e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
274 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
273 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
281 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
269 aa  161  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
313 aa  159  6e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.638785  decreased coverage  0.00000422955 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
277 aa  155  6e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
275 aa  155  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
322 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
273 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 
322 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.16655  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
267 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.4 
 
 
275 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
309 aa  139  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
276 aa  139  4.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.58 
 
 
267 aa  139  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
267 aa  138  8.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
290 aa  135  8e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
269 aa  133  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
298 aa  133  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.72 
 
 
294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4618  putative short-chain dehydrogenase  34.14 
 
 
305 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.100713 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
590 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2657  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
322 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0750048 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
278 aa  130  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
285 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  32.05 
 
 
301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  36.63 
 
 
292 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  32.81 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  32.81 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  39.79 
 
 
270 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.77 
 
 
272 aa  127  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333155 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
275 aa  127  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0241632 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  32.35 
 
 
273 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2951  short chain dehydrogenase  31.77 
 
 
276 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
270 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.19 
 
 
271 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  35.1 
 
 
309 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.643398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>