More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3360 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
296 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.99 
 
 
296 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.32 
 
 
296 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  72.53 
 
 
308 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  72.89 
 
 
315 aa  417  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  72.53 
 
 
308 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  72.53 
 
 
308 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  72.53 
 
 
308 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.53 
 
 
308 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.47 
 
 
307 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.34 
 
 
302 aa  408  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.79 
 
 
312 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  70.38 
 
 
307 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.06 
 
 
309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.43 
 
 
309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.7 
 
 
312 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.43 
 
 
309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.33 
 
 
311 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  59.66 
 
 
295 aa  349  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  60.43 
 
 
295 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
295 aa  335  5e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.27 
 
 
300 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.54 
 
 
302 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.54 
 
 
302 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.54 
 
 
302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.54 
 
 
302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.92 
 
 
300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.92 
 
 
300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.2 
 
 
302 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.2 
 
 
302 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  52.2 
 
 
302 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.74 
 
 
308 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.39 
 
 
308 aa  298  6e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.3 
 
 
302 aa  298  7e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.8 
 
 
300 aa  298  9e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.74 
 
 
300 aa  297  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.25 
 
 
271 aa  282  5.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.21 
 
 
309 aa  280  3e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
278 aa  278  8e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.34 
 
 
276 aa  251  1e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.89 
 
 
279 aa  244  9e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.88 
 
 
276 aa  241  1e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 
275 aa  239  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
275 aa  240  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
280 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.33 
 
 
276 aa  236  4e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.49 
 
 
276 aa  235  6e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.49 
 
 
276 aa  235  6e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.49 
 
 
276 aa  235  6e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  44.06 
 
 
279 aa  229  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  44.53 
 
 
276 aa  227  2e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
281 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
273 aa  223  4e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.62 
 
 
286 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
271 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  43.33 
 
 
276 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.82 
 
 
275 aa  211  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.05 
 
 
282 aa  209  5e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
282 aa  206  3e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
321 aa  194  2e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
274 aa  189  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.169711  normal  0.0760952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
274 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.858139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
274 aa  185  9e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719073  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
273 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.51 
 
 
269 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.54 
 
 
322 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
313 aa  161  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.638785  decreased coverage  0.00000422955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
273 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00031135 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
275 aa  155  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
267 aa  151  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
277 aa  149  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
322 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.16655  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4618  putative short-chain dehydrogenase  35.64 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.100713 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
269 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
276 aa  145  8.000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
267 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
267 aa  142  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  39.45 
 
 
300 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  39.45 
 
 
289 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4313  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 
290 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  32.87 
 
 
285 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
267 aa  137  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  33.08 
 
 
301 aa  136  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1810  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
285 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1244  short chain dehydrogenase  39.21 
 
 
270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.542872  normal  0.404553 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1857  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
285 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.12 
 
 
275 aa  135  9e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.14 
 
 
271 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21640  short chain dehydrogenase  40.62 
 
 
270 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2657  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0750048 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  40.62 
 
 
270 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  37.2 
 
 
292 aa  132  5e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  39.55 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 
294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  37.74 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  38.86 
 
 
300 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
278 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  33.71 
 
 
301 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4106  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.779242  normal  0.448814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>