More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2691 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 322 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.16655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.23 
 
 		 322 aa  547  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2657  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.44 
 
 		 322 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0750048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4618  putative short-chain dehydrogenase  73.77 
 
 		 305 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.100713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  36.88 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  35.88 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 		 312 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169146  normal  0.55969 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1790  short chain dehydrogenase  38.91 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000125648 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 		 295 aa  155  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176242  normal  0.778008 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1472  short chain dehydrogenase  36.6 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.730562  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.396312  normal  0.215379 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0880635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1346  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.62 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2524  short chain dehydrogenase  35.62 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1008  short chain dehydrogenase  35.62 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.388516  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0827865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1269  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.62 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1144  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.151567  normal  0.117156 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 		 275 aa  152  8e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00962961  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 		 276 aa  151  1e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.596903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 		 276 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 		 276 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 		 276 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 		 311 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.207166 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.49 
 
 		 275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.95 
 
 		 276 aa  145  6e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.58 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.58 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.97 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.97 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  35.97 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.97 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.97 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  33.89 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.64 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.64 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.91 
 
 		 300 aa  138  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.56 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 		 281 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.68 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.074209  normal  0.817715 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 		 278 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 		 279 aa  129  7.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.44 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.172953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  32.69 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  36.8 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1820  short chain dehydrogenase  38.03 
 
 		 267 aa  126  6e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.187339 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  37.61 
 
 		 292 aa  125  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  38.46 
 
 		 276 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 		 271 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  33.22 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  34.38 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  33.19 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  31.62 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  35.34 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 		 269 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  32.99 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  35.02 
 
 		 300 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  34.56 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  36.07 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  35.65 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.99 
 
 		 267 aa  108  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.23 
 
 		 262 aa  106  5e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.948025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  35.94 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 		 267 aa  106  6e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  35.94 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.9 
 
 		 241 aa  105  8e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.9 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.9 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.19239 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  33.19 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  37.91 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 		 269 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 		 277 aa  103  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.248176  normal  0.05597 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 		 276 aa  102  6e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 		 280 aa  102  6e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0817481  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  30.99 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  34.08 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.06 
 
 		 280 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 		 286 aa  100  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1020  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 		 273 aa  99.8  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.812094 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  31.37 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.01 
 
 		 273 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  33 
 
 		 275 aa  98.6  1e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1491  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 		 274 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.290492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2287  hypothetical protein  33.83 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>